左光斗意識到，再這樣下去，魏忠賢、許顯純一夥勢必用酷刑直至把他們整死。他不甘心這樣被了結，與他的同志們商議，是否屈承罪狀，“冀下法司，得少緩死為後圖”｛151｝。這是因為，自從朱棣以來，詔獄便是超越於法律之上的秘密監獄，生殺予奪，一切可以不依程式，當犯人罪行被確定之後，才移交刑部等司法部門定罪。左光斗的建議，就是抱此一線希望，先逃脫許顯純毒手，再圖後舉。這提議，其他五人均表同意；他們當中一半人原先職務與司法有關，顯然，是依據經驗認為可行。他們的天真在於，面對窮兇極惡之魏黨，仍然以為程式可以起作用。於是，“諸人俱自誣服”。
可是他們所期待的情形根本不曾發生，六人的認罪，讓魏忠賢喜出望外，益覺立於不敗之地，繼續羈押六人於詔獄，並迅即轉入“追贓”的下一階段———“令顯純五日一追比，不下法司，諸人始悔失計”。追比，即給完贓規定日期，到期不完者用刑；五日一追比，就是以五天為一期限，不能如數繳款，到期用刑一次。
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難兄難弟：由校和由檢（36）
這些東林黨人，大多為官清廉，家境也很清寒。魏大中“宦遊十載，家徒四壁”；周順昌“出入京華，唯一肩行李；涉歷宦途，止廿畝山田”；李應升“廉名遠布，宦橐蕭然”。｛152｝
楊漣更是家境“素貧”，所有家產充公，尚“不及千金”。他下獄之後，年邁老母流浪在外、寄宿譙樓，兩個兒子以乞討餬口和奉養祖母。“徵贓令急”，楊漣根本拿不出錢來，“鄉人競出貲助之，下至賣菜傭亦為輸助”｛153｝，仍是杯水車薪。根據許顯純的奏報，追比的成果不過是：七月八日追得三百五十餘兩，七月十三日追得四百餘兩｛154｝……而栽在楊漣名下的贓款數額是二萬兩！以此速度，最後完贓將追比多少次可想而知———他是斷無活命之望的。
尤有甚者，朱由校感覺五日一追比還不過癮，特命加重處罰，改為“逐日追比”。
楊漣等贓私狼藉，著逐日研刑【細緻、深刻用刑】追比若干。著五日一回奏。待追贓完日，送刑部擬罪。｛155｝
這個朱由校，且不說作為一國之君，即便從任何日常為人的基本道義看，都可稱狼心狗肺。他寵任客氏、魏忠賢等，驅逐朝中正人，甚至將楊、左等逮捕下獄，我們皆可置之不問；然而，他竟以“逐日追比”慘毒無比的方式對待楊、左，完全超出於“愚闇【暗】”之外，唯以天良喪盡可堪解釋。當年，楊漣於“移宮案”中，為他帝位不保憂心如焚，日夜焦思，“六日鬚髮盡白”｛156｝。這種光景，我們僅見於阻於昭關的伍子胥，所不同者，伍子胥乃為自己性命不保、家仇難報至此，楊漣卻是為他矢志效忠的君主和國家如此。對這樣的忠臣和恩人，朱由校竟然似欲食肉寢皮而後快，普天之下心肝爛掉的人，他可算頭一個。
有此嚴旨，而楊、左又無法完贓，其斃於獄中的命運已然註定。在打無可打、打得已無人形之時，公元1625年，天啟五年七月二十六日，深夜，楊漣、左光斗、魏大中三人，被許顯純秘密處死於詔獄。楊漣時年五十四，左光斗五十一。人們見到他們的屍體時，血肉模糊，潰爛不可識，“屍供蠅蛆，身被重傷，僅以血濺舊衣，裹置棺內”｛157｝。
八月、九月，首批投入詔獄的“六君子”中餘下的三位，袁化中、周朝瑞、顧大章，也先後遇害。
以吳中東林黨代表人物為主的第二批遭迫害者，周起元、繆昌期、周順昌、周宗建、黃尊素、李應升等，於天啟六年四月至九月間，同樣在飽受酷刑之後，盡數斃於獄中。
另有前刑部右侍郎王之寀，以另案先期死於獄中。王是“三案”之第一案“梃擊案”主要辦案官員之一，時任刑部主事。他堅持事實，而事實對鄭貴妃等極不利。當時，萬曆皇帝已有二十五年不曾露面，就因為王之寀就“梃擊案”提出的證據相當有力，牽涉鄭貴妃，才逼得朱翊鈞二十五年後首次接見朝臣，親自為鄭貴妃辯解。此事轟動一時。後來，王在黨爭中遭到陷害，削職。天啟朝初復出，戰鬥力不減，就“紅丸”“移宮”案，猛烈攻擊群小。天啟五年，修《三朝要典》，列王之寀為“三案”罪首，“遂逮下詔獄，坐贓八千”｛158｝。
細思之，天啟黨禍，對明朝命運並無決定意義。黨禍發生，誠然起到了助紂為虐之效；但設若不發生，諒亦無改國勢頹壞之趨向。整個事件中，我們只發現一點積極因素，即民心向背，拘捕東林黨人時，各地迸發出來的在古代難得