就隨時準備逃跑。他不僅自己逃跑。還幫助一些高官及其子女外逃。
賴昌星走私的幾年中，公安部門進出境管理處也像是設在遠華的內部，僅是給遠華集團的香港單程證就有一百五十張。所以，在案發之後，很多人就是大大方方地離開了，給抓捕增加了很多的困難。
廈門遠華特大走私案調查的時間超過了一年，1999年8月中旬，中央紀委會同監察部、海關總署、公安部、最高人民檢察院、最高人民法院、國家稅務總局、中央金融工委等組成中央專案組，對廈門特大走私案展開全面調查。2000年9月13日，這件走私案的首批案件在廈門、福州、泉州、漳州、莆田5市的中級人民法院開庭審理。
11月8日，這起新中國成立以來涉案金額特別巨大、案情極為複雜、危害極其嚴重的廈門特大走私案一審公開宣判，共有14人被判處死刑，而賴昌星的胞兄胞弟卻逃過了死刑，原因是他們有立功的表現，做出了適當的減刑。
賴昌星的哥哥賴水強是遠華集團走私香菸的主犯，在審訊的過程中，他坦白交代犯罪的情節，有重大立功表現，被判處有期徒刑7年，罰金人民幣2000萬元。
賴昌星的弟弟賴昌圖是遠華集團的骨幹分子，他因為投案自首和重大立功表現，也受到了較輕的處罰，被判處有期徒刑15年，並處以沒收全部財產的處罰。
賴昌星及兩名主要的涉案人員逃到國外之後，就在國外秘密指揮銷燬罪證，這增加了專案組取證的艱難程度。
而被羈押的一些官員也為了自己能少受點法律的懲罰，不斷地翻供，這使得本來查獲的800億元的走私案值大幅度地下降。經過廈門海關偵查局取證認定的走私總額約400億人民幣，案值一下子就下降了一半，很多人將會逃脫法律的制裁。
遠華特大走私案中涉及的軍方、公安、政府官員已經達到數百人，除原公安部副部長李紀周和原總參情報部負責人姬勝德外，剩餘的基本上都是地市廳局級以下官員。原廈門市副市長藍甫在專案組“雙規”中攜家眷潛逃國外，安頓好家眷之後回到廈門投案自首。
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“陳氏家族”浮出水面
2005年4月的一天，一家外企的報關員與武漢一名海關關員，閒下來沒事的時候，東拉西談，說到了自己平日的工作。
那名報關員說：“我發現了一件怪事，在登入海關電子口岸企業端時，我在今年9月從天津外港海關報關進口兩臺日產陸地巡洋艦越野車，但是我很清楚地記得我從來就沒有辦過這樣的手續，也沒有看到過公司有這樣型別的車，你說奇怪不奇怪？”
海關關員聽了之後驚了一下，說：“是嗎，我之前知道這樣的怪事也在湖北安陸市發生過，你說這是電子口岸資料出錯了，還是企業的賬號被人冒用了？”
報關員回答說：“不管是哪種情況，後果都挺嚴重的，我們將自己知道的情況上報吧，應該將這件事情調查一下了。”
海關關員也同意他的意見，兩人迅速上報武漢海關緝私局。緝私局的人得知這個訊息之後，立即採取了行動，派出偵查員四處奔波，明察暗訪，緝私局發現了越來越多的疑點，這類越野車是國外生產、專銷中東的車型，在中國的4S店中是根本沒有銷售的，如果要進口，是需要外資企業到省商務廳申請《自動進口許可證》（俗稱“小貿證”）的。
在短短的3年時間內，武漢、孝感等地區就有十幾家外資企業進口了50多輛這種車，經過調查這些企業的規模不大，並不具備購買高價越野車的經濟實力。而更為奇怪的是，這些車沒有在湖北登記上牌。這所有的疑點顯示一隻幕後黑手在操縱著這些車輛的流動。
緝私局立即向海關調來了50多輛涉嫌車輛報關時的電子單證，將合同、收貨單位、進口目的地等作出了一一對比，結果顯示，其中31輛的收貨單位和目的地都是天津，而且都是透過同一個代理公司報關進口的。這就是說，這件汽車走私案要首先從天津開始下手。
經過調查，緝私人員發現這些走私車交易多在停車場中進行，生意好的時候，一晚上能賣出十幾輛走私車。從整個情報監控環節來看，買主與賣主的交易時間控制在五六分鐘之內，整個犯罪團伙是比較有組織和計劃的。
而廣東南海也出現了這樣的情況。在20世紀八九十年代，廣東南海曾一度是全國走私汽車的一大集散地，海關經過多年的綜合整治，將廣州南海地區的汽車走私幾乎打擊殆盡。
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