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5人決策小組
騰訊剛創辦的時候是5人決策小組，相應的組織結構是分4塊，除馬化騰外，其他4位創始人每人單獨管一塊，張志東管研發，研發分客戶端和伺服器；曾李青管市場和運營，主要和電信運營商合作，也出外找一些單子；陳一丹管行政，負責招人和內部審計；許晨曄管對外的一些職能部門，比如資訊部、對外公關部都屬於他的管理範疇，最開始的網站部也在他的管轄範圍內。本書作者之一的張宇宙當年曾為QQ域名的事情采訪騰訊，馬化騰在簡單回答幾句後就把採訪推給了許晨曄。
和這個組織結構對應的決策體系也很有趣。最開始的時候，負責行政、財務的陳一丹和負責營收的曾李青在組織結構裡很容易針鋒相對，因此兩個人經常會發生一些爭端，當然這些爭端對事不對人。這個時候，張志東往往會第三個發表意見。張志東技術出身，在反對他的人看來多少有些偏執，但有一點值得肯定的是，張志東認理，當然這個理是他認為的理。也就是說，當曾李青和陳一丹爭論的時候，張志東會根據他的認知進行“站隊”。至於許晨曄，他是一個“好好先生”，他在整個決策體系裡是個平衡，很多時候他是站在多數派的那一邊或者棄權先觀望。最後發表意見的總是馬化騰，他負責整個團隊的臨門一腳，或者是他在2∶2的時候出來一票定乾坤（這種情況不多），而更多是許晨曄棄權變成在2∶1的時候，自己這一票下去變成3∶1，同樣是一票定乾坤。
今天看來，馬化騰最開始採取5人共同創業，而不是三人創業是多麼的明智和正確。如果只是馬化騰和張志東、曾李青三人的話，那麼在遇到分歧的時候，很容易一拍而散，特別是在馬化騰、張志東、曾李青這三個人都有自己獨特的個性的前提下。
隨著業務的做大，2001年後騰訊做了第二次組織結構調整，變成R線和M線並舉，其他職能部門形成支援體系的結構。R線是研發線，由張志東統帥；M線是市場線，由曾李青帶隊。這個調整凸顯了曾李青和張志東的強項和地位，同時在這兩個人之間形成相互的制衡。
但這個劃分所得到的制衡是短暫的。所存在的問題是，哪些屬於研發範疇，哪些屬於市場範疇，多少還是有些劃分不清。因為很多產品並不是一開發出來就能賺錢的，如何平衡新產品的短期營收和長期回報之間的矛盾，本身就是個難題。
但有一類專案是最容易得到支援的，那就是基於QQ的會員業務的增值專案，其實簡訊也可以算，但最典型的還是QQ秀（關於這個專案上馬前後的故事參見本書的第八章）。這個專案對張志東和曾李青都是有觸動和關聯的，這也是為什麼這個專案第一輪被馬化騰槍斃掉還能透過的原因所在，因為還有另外兩位老大在支援。
2006年後，伴隨著薪酬體系的調整，騰訊內部又作了一次大的組織結構調整，變成“四橫四縱”的格局。“四橫”是4個支援體系，一個是運營維護支援體系，一個是創新研發體系，一個是行政職能部門體系，另一個是員工成長體系。“四縱”是4個產生正現金流，而且和資本市場息息相關的業務單元，分別為：移動網際網路、網際網路增值業務、網路廣告和互動娛樂。
4個支援體系中，運維和創新研發都屬於聯席CTO熊明華的管轄範圍，行政職能和員工成長體系則屬於陳一丹的管轄範圍。4個業務單元則由提拔上來的業務幹部以執行副總裁的身份來管，分別是吳宵光掌管網際網路增值業務、劉成敏掌管移動網際網路業務、任宇昕掌管互動娛樂業務、劉勝義掌管網路廣告業務。
其中，劉勝義來自著名的4A廣告公司陽獅，是馬來西亞人。在劉勝義到來之前，騰訊網路廣告業務的負責人也姓劉，叫劉朝陽，他在2008年底因騰訊的廣告業務員走私單事件而淡出。
伴隨著新的組織結構的調整，曾李青和許晨曄的許可權開始變得模糊，之後曾李青逍遙地改做顧問，如今去做投資生意了；許晨曄也多次提出要到澳洲養老。新的業務體系中，陳一丹的許可權得到放大，張志東也得到更多對業務的主導權，特別是對產品端的推動。
2006年之後騰訊新的組織結構中，劉熾平的許可權也大了許多。他在2007年3月被任命為執行董事，張志東也為執行董事。
劉熾平和張志東之間的分工是：劉熾平主抓網路廣告業務單元，同時管互動娛樂業務單元；張志東主抓網際網路增值業務單元，同時管移動網際網路業務單元。相對來說，劉熾平傾向偏成熟的、和騰訊即時通訊平臺（QQ）關聯