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共和國海軍早就考慮到了這種情況，並且定製了一批用來修復船閘的裝置，有把握在3個月內修復被炸燬的船閘，讓運河通航。問題是，任何裝置都無法代替挖掘機，而疏通航道絕對是一件能夠讓人發瘋的事情。佔領巴拿馬之後，共和國海軍與陸戰隊就派遣工程人員，對堵塞航道的情況做了分析，並且對疏通航道做了全面評估，得出的結論是，疏通航道、以及清理加通湖裡的沉船、水雷等等危險物品至少需要20年，而且花費不會比修建第二條巴拿馬運河少多少。
毫無疑問，這樣的結論，等於宣判了巴拿馬運河的死刑。
別說在戰爭期間疏通運河，即便在戰後，共和國當局選擇修建第二條運河，也沒有考慮疏通巴拿馬運河。雖然這不完全處於經濟因素，與政治問題有很大的關係，即巴拿馬當局在戰後更多的依靠歐洲提供的援助，有意疏遠共和國，迫使共和國在考慮打通太平洋與大西洋航線的時候，不得不從政治利益出發，計劃投入10萬億，開挖尼加拉瓜運河（後來隨著航空運輸迅速崛起，海運逐漸沒落，這一計劃也沒有能夠實施，還是由歐洲出資，疏通了巴拿馬運河），但是在很大的程度上，這仍然是經濟問題，即巨大的投入不見得能夠收到同樣巨大的回報。
不管怎麼說，戰爭期間是別想讓巴拿馬運河通航了。
受此影響，共和國當局不得不調整戰略部署，比如讓天軍將大約一半的戰略轟炸機留在了太平洋，而不是全部派往大西洋。又比如，在安排後期戰略打擊的時候，將美國本土分成了兩個部分，由天軍負責中部地區，海軍負責東部地區，從而有效利用部署在太平洋上的戰略轟炸機。
問題是，這些調整，都無法從根本上改變後勤保障遇到的困難。
前面提到過，雖然從共和國出發，經馬六甲海陝、蘇伊士運河與直布羅陀海峽，再到加勒比海的航線不比太平洋航線長多少，但是受幾處海上咽喉，比如馬六甲海峽、蘇伊士運河與直布羅陀海峽的通航能力，以及沿途缺乏大型物資轉運中心，特別是在過了蘇伊士運河之後，幾乎沒有可靠的停泊點，所以這條航線的運輸能力非常有限，僅能滿足前線作戰需求的一半左右，另外一半物資必須走第三條航線，即在經馬六甲海峽之後，橫渡印度洋，從好望角進入大西洋，再經維德角群島橫渡大西洋，到達小安德列斯群島之後進入加勒比海，前往古巴。雖然這條航線上的物資轉運地比較平均，進入印度洋之後，可以在迪戈加西亞、福爾斯灣停留，進入大西洋後，還能在維德角群島與小安德列斯群烏停留，總共有四處大型物資轉運中心，足以為數十支船隊提供支援，但是這條航線的距離非常遙遠，即便為船隊配備那些具有無限續航能力的高階商船，也無法保證運輸效率。準確的說，運送相同的物資，在這條航線上投入的運輸船隊的數量幾乎是另外兩條航線的2倍！由此可知，在不變更保障強度的前提下，巴拿馬運河被堵死之後，運輸船隊的數量得增加大約50％，即便透過調整戰略部署的方式適當降低保障強度，也需要增加20％到30％的運輸力量，才能保證大西洋上的作戰部隊正常行動。
也許有人認為，對共和國來說，這不算什麼。
如果僅僅是某個區域性戰場上的作戰行動，這確實不是什麼大問題，可以透過調配其他戰場上的運輸力量來解決問題。事實上，在此之前，共和國海軍多次這麼做，比如在轟炸澳大利亞的時候，就從印度洋調來了大批運輸船隊。問題是，此時不是2060年，美國是最後一塊戰場，共和國將幾乎全部作戰力量都派了過去，增加20％到30％的海運力量，絕對不是說句話那麼簡單的事情。可以說，以當時的情況，別說增加20％到30％的運力，就算在短期內增加10％的運力都不太現實。
當然，這不是說共和國沒有足夠的運輸船隻，而是無法抽調出足夠多的運輸船隻。根據戰後公佈的資料，在2063年的時候，共和國用在軍事海運上的船隻只佔總量的一半左右，另外一半已經轉到其他方向，特別是幫助眾多盟國與佔領區進行戰後重建，恢復正常秩序。比如，為了將在印度的糧食工廠裡生產出來的糧食送往40多個已