農民軍的隊伍。長期受崔海月影響的忠清道農民軍也都奮起抗戰。
於是，農民軍又以全奉準為總大將，全部集結在忠清道一帶，到9月末隊伍擴大為近十萬人。
賣國的親日政府，與日軍狼狽為奸，企圖在公州一帶阻止農民軍北上攻打漢城。當時，日軍和官軍都是用美英提供的許多大炮和新式武器裝備起來的，而且還受到長期的訓練。與此相反，農民軍儘管人數眾多，聲勢浩大，但裝備和訓練卻很差。而且，農民軍聯合總指揮部內部，混有一些象東學教教主崔海月之流的投降主義和分裂主義的領導人，這就削弱了農民軍隊伍內部的統—和團結。
當時，崔海月一夥因懾於多數東學教徒和農民的聲勢，雖然不得已地從是年9月中旬表面上參加了農民軍的行列，但他們自始至終搞分裂活動，執行著一條向朝鮮政府妥協的路線。然而，全奉準等人在絕大多數東學黨徒和農民的支援下，粉碎了他們的妥協路線，展開了積極的進攻戰。
但是，由於農民軍武器陋劣和缺乏軍事訓練，在日軍的誘引戰術和猛烈的炮擊下，最後慘造失敗。從當年10月末起，農民軍幾乎處於瓦解狀態，而分散為許多小部隊。這些小部隊，後來在忠清道、全羅道的許多地方繼續同日軍展開了頑強的戰鬥，但也被各個擊破了。其他各道準備攻打漢城的農民軍，在公州戰役失敗後，也由於日軍和官軍的殘酷“討伐”，逐漸被擊敗。到12月底，三南一帶幾乎成了日軍和官軍的天下。
1894年12月，當農民軍的勢力逐漸衰弱，大局基本已定的時候，日軍和官軍在各地慘絕人寰地鎮壓農民軍。當時，全羅道、忠清道等三南一帶，參加暴動的農民及其家屬約二十萬人慘遭殺害，城市和農村變成了一片廢墟。
由於叛徒的告密，全奉準和他的戰友一起被捕，並被立即押送至漢城。全奉準和他的戰友，直到1895年3月17日被判處死刑，不僅沒有為劊子手的嚴刑拷打所屈服，而且義正辭嚴地申明自己的鬥爭是正義的，明確地指出侵略者和統治階級是人民大眾的敵人。
遭到滅頂之災的東學黨農民軍，仍舊有一小部分進山堅持游擊戰爭，但是由於全奉準被逮捕，到了1895年2月，甲午東學黨農民起義大體上宣告結束。
東學黨農民起義，使朝鮮的社會矛盾越發尖銳化。閔氏政府隨後請清兵來鎮壓，又給日本的軍事入侵提供了藉口，清日兩國的軍隊在朝鮮國土上對峙，給朝鮮釀成了空前的民族危機。在面臨滅頂之災的形勢下，閔氏政權也不得不認真考慮應急對策。
在朝廷內部除了相當一部分官員堅持請兵鎮壓外，還出現了對農民起義軍持同情立場的一派，他們建議政府對農民軍施以懷柔政策。這兩個派別雖然論條相對立，但是他們都感到內政改革勢在必行。所以，改革弊政的呼聲在閔氏政府內部日益成為主旋律。
早在5月間，金弘集就說，所謂更張，就是要大刀闊斧地改革政治上的弊病。高宗本人對國家混亂亦十分痛心，痛感改革弊端的必要，要求大臣們參照外國制度進行改革。
趁著朝鮮政府出現的這股改革風潮，《全州和約》之後，朝廷之中的革新派官吏更醞釀著自上而下的自主改革，這種改革和全奉準領導的改革運動大有相互結合的趨勢。但是，日本對朝鮮改革的“勸告”與強行介入，將這種潛勢扼殺在襁褓之中。
日本出於本國利益的考慮，要求中國共同改革朝鮮內政，在遭到清政府拒絕之後，日本決定單獨介入。6月26日，由日使大鳥向高宗提出了改革案。
日本政府無視在農民戰爭的壓力下，朝鮮政府內出現的自上而下進行內政改革的傾向，和農民軍執綱所在全羅道地區所進行的改革，強行對朝鮮政府提出“勸告”，完全是出於政治需要。日本內閣批准的關於朝鮮的改革案，除最後一條是屬日本利用開發交通通訊手段獲得利益之外，完全是抽象的項日羅列。在朝鮮朝廷內部，從上至下都表示堅決拒絕日本的干涉，自主變革。兩班官僚中要求改革弊政的上疏亦相繼發生，當時，地位穩健的開化派資深官員金弘集已被任命為外務總理，俞吉浚等新進開化派人士己被任用為中央各署衙參議，初步呈現舉國一致的前景。
東學黨農民起義和中日在朝鮮的軍事對峙，從根本上動搖了閔氏政權的統治。隨著甲午年國內改革呼聲的高昂，閔氏戚族政治的代表人物閔泳駿成了眾矢之的，甚至有人主張“剝奪閔泳駿的官位俸祿，沒收其全部財產並流放荒島”。7月份，閔泳駿被迫辭去宣惠堂上職務，以此為標誌，閔妃勢力開始