繁忙，許多時候彙報是在深夜進行的，周恩來接到彙報後，為了照顧毛澤東休息，只能擇要向毛澤東報告有關情況。同時，周恩來起草了中共中央致薄一波、中共上海市委、中共中央華東局並各中央局電，批轉薄一波關於上海“五反”各個戰役的基本經驗總結及戰役部署的報告。
在周恩來起草的批轉電中，指示非常清楚。對物如何處理？周恩來指示要區別對待：
清理隱匿財產的案件，應有意識地區別易於解決和不易解決，急於解決和不急於解決，需要解決和不需要解決等情況，將不易、不急、不需要解決的案件推遲或暫時放下不去解決，留待以後再說。
對人如何處置？周恩來提出的辦法與“三反”恰恰相反，“三反”是要使全黨大受震動，而“五反”則不然：
各地捉人以少為好，有些已捉了而態度較好或情節較輕者還可提早釋放一批。判處死刑者，既要比“三反”少，又要使工商界不受震動，且應先報中央，待中央統籌全域性，提出控制比例數後方可執行。
對民族資產階級的改造，周恩來一貫持謹慎態度。建國以來，他曾多次將一些著名企業家和民主人士引見給毛澤東。在發展生產、搞活流通等方面，他也曾多次向工商界求教，甚至親自登門拜訪。建國初期，老舍先生創作話劇《春華秋實》，周恩來得知後，還專門向老舍詳盡地解釋過黨對民族資產階級的政策，提醒老舍，切不可把這出戏遷就政治宣傳。這出戏寫出後，周恩來看完演出，又立即打電話給老舍，婉轉地告訴他哪些地方還存在值得推敲的地方。
在周恩來的認識中，雖然資產階級的本質是唯利是圖，但中國民族資產階級具有兩面性，既有跟反動勢力妥協的一面，也有積極的進步的一面——保持中立或者同情革命甚至參加革命。這種兩面性是長期的。因此，對民族資產階級要團結又要鬥爭。
周恩來在“五反”中的指導思想，就是在上述認識下確定的。到了“五反”後期，周恩來到全國統戰部長會議上講過這樣一番話：
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“三反”“五反”（9）
鬥爭就是改造，就是要把“五毒”去掉。
在“五反”中，有些同志曾經在資產階級兩面性的問題上發生過搖擺，這是不對的。
如果只說交朋友，“五反”鬥爭就會輕輕過去，將來“五毒”又會嚴重起來，又要進行“五反”。反過來，如果只說階級矛盾、思想矛盾、對立、限制，現在就要把資產階級打倒，就會發生“左”傾。因此，應該全面地說。現在反對他們的“五毒”，聯合與改造他們，都是為了將來便於和平轉變到社會主義……
“五反”中要嚴厲打擊的，只是一些不法資本家。
資本主義工商業要聯合、要改造，然而最終目的是要發展社會主義的工商業。這就決定了在工商界中開展的“五反”運動具有極強的政策性，搞不好會起一定的副作用。在執行政策中，也曾一度出現一些偏差，但毛澤東、周恩來等人及時發現後，進行了妥善的處理。
在中共中央的領導下，“五反”運動總的來說沿著健康的軌道發展，取得了預期的成效。
1952年5月30日，周恩來主持政務院第138次會議。專門討論了薄一波提出的關於《結束“五反”運動時的幾個問題》的報告。會上，周恩來宣佈：運動在取得重大成績的基礎上，將於6月結束。
6月13日，周恩來正式簽署《政務院關於結束“五反”運動中幾個問題的指示》。這份《指示》，對運動定案處理的原則、核實定案工作、退財補稅、“三反”退贓與“五反”定案工作相配合等問題做出了明確的規定。
《指示》強調：在目前運動的結束階段，必須反對“虎頭蛇尾，草率結束”和“不願意根據實際違法情況，認真核實，正確定案”的兩種錯誤傾向；“必須掌握寬大與嚴肅相結合的精神，實事求是地進行定案處理工作，務求做到合情合理，始能既有利於清除工商業者的‘五毒’，又有利於團結工商業者發展生產和營業”。
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“三反”、“五反”運動在全國的結束，是在10月份，然而，自7月份以後，這兩項工作都基本可以告一段落。周恩來輕輕地舒了一口氣。對他而言，工作重心可以稍作調整了。
儘管由於運動給經濟工作帶來了一些消極的影響，但是，“三反”、“五反”基本結束後，在黨和幹部內部，高懸了懲治腐敗和保持廉潔的警示鐘，挽救和教育了一大批幹部，促進