秋天以後，由於林彪一夥加緊了對賀龍在政治、生活和醫療等各個方面的迫害，周恩來失去了與賀龍的聯絡。賀龍被列為專案審查物件，完全受林彪一夥控制。
1969年6月9日，賀總被林彪一夥迫害致死。
得知賀龍被害死的訊息，周恩來悲哀至極。賀龍是他極力想保住的人，卻由於種種原因最終沒能保住。一場扭曲的“文化大革命”，把周恩來推向了內心痛苦和焦慮的深處。
直到賀龍平反以後，在1975年6月9日中央舉行的“賀龍骨灰安放儀式”上，周恩來才得以向這位逝世已經6週年的老戰友“當面”表達自己的悲痛心情。那天，周恩來抱病參加“賀龍骨灰安放儀式”。他控制不住自己的感情，聲音顫抖地對薛明說：“薛明，我沒有保住他啊！都6年了，老總的骨灰沒能移到八寶山公墓，我很難過啊！”
。 最好的txt下載網
力保棟樑（9）
帶著簇簇地流下來的眼淚，周恩來站在賀龍的骨灰盒前，深深地、連續地向賀龍鞠了七個躬……
中國的“文化大革命”，是一場以所謂“革命”的名義進行的全域性性的內亂運動，是一場由領導者錯誤發動且被反革命集團利用的內亂。在這樣的內亂中，周恩來利用他的特殊威望和地位，與林彪、江青兩個反革命集團進行了針鋒相對的鬥爭，對維護黨和國家的政治、經濟生活的運轉起了重要的作用。同時，他也保護了一大批黨和國家的棟樑之才。
就他的作用所及，有的人他保護住了，而有些人（包括黨和國家的一些重要領導人）他卻無力保護住……
對劉少奇的冤案，就是周恩來最感到無能為力的一件事。儘管周恩來在關心、保護劉少奇方面花了大量的精力，但是，“打倒劉少奇”，是“文化大革命”開始時的最直接和最大的目標。“打倒劉少奇”，既有毛澤東的支援，又有林彪、江青一夥的陰謀詭計。在這一問題上，周恩來被推上了極為困難的境地。
周恩來的心情是極其複雜而痛苦的。1968年10月，在中共八屆十二中全會透過“把劉少奇永遠開除出黨、撤銷其黨內外一切職務”的決議之前的那天晚上，周恩來整夜未眠，在屋裡來回踱步，焦思和困苦糅合在了一起。由江青、康生、謝富治等憑偽證寫成的《關於叛徒、內奸、工賊劉少奇罪行的審查報告》，在當時的特殊歷史環境下，周恩來不得不違心地同意；在全會上，他也不得不違心地談到劉少奇的“罪行”。
英籍作家韓素音曾透過引述鄧穎超的話，描述過周恩來的心態：
1977年，我問鄧穎超說：“我也寫過一些反對劉少奇的東西。他目前已恢復名譽。當時有人向我提供了不確實的材料。現在我是不是有必要向他的夫人王光美公開道歉？”
鄧穎超回答說：“有什麼必要？你沒有反對過他。你是聽信了我們。開除劉少奇出黨的檔案是由恩來簽署的……我們為此而道歉就成了嗎？這件事對恩來說來是非常痛苦的，但是他不得不這樣做……這樣做是為了顧全大局。”
……
周恩來能不能拒不投票？如果他投票反對開除劉，對他會有什麼樣的後果？……
所有人——我說的所有人是指所有高層領導，包括周的妻子鄧穎超在內——都同意這一看法，周恩來有些行動“是違揹他自己的心意的”。譴責劉少奇就是其中之一。如果他不這樣做，他24小時之內就會被攆下臺。中國就會成為中央文革的天下，林彪的天下。……
韓素音還透過引述斯諾的話，說明周恩來對劉少奇的態度：
1970年10月的那天晚上，周對1936年以來就相識的斯諾講了他困難的處境。周說：“我身邊沒有人，以前的老同志一個也沒有剩下。”他詳細地談論了這段像洪水氾濫一樣危險的歷史，感情上的創傷，每次巨大的###帶來的苦難。在談論過程中，他提起了“劉少奇同志”。
斯諾對我說：“‘同志’？劉已經不是同志，他兩年前就開除出黨了。周叫他同志使我很吃驚，一開始我還沒有弄懂其中的含義。”
這就是周的自白，說明他並不同意開除劉的決定。
斯諾又對我說：“周那天晚上疲憊不堪……由於悲傷，也許由於內疚。他知道我不會把他所說的話統統寫下來。我不會辜負他對我的信任。”
對周恩來在“文化大革命”中的處境、心態和作用，鄧小平後來又在答義大利記者奧琳埃娜·法拉奇問時說：
“‘文化大革命’時，我們這些