御史鄭宗周、南京太常寺少卿曹珍等指此一事件與多年前的“梃擊案”出於同一“奸謀”，即有人必置光宗其人於死地；刑部主事王之採更直指光宗之死與鄭氏、光宗寵妃李氏等陰謀奪權有關。
方從哲離京後，還是無法脫淨干係，要求嚴查紅丸案的奏摺不斷。一天，天啟帝收到了方從哲從老家寄來的奏疏，疏中說：自己年老愚昧，未能阻止庸官進藥，罪不容誅。為表示謝罪，願乞削去官階，以耄耋之身遠流邊疆，以平朝臣之怨。果然，許多大臣為他開脫，天啟帝亦被方從哲的誠懇打動，但苦於真相未明，一時難以決斷。這時，一直緘默無言的閣臣韓爌終於站出來說話了。他把當時目睹的一切事實都詳細地說清楚了。特別是方從哲當時左右為難的情景，被描繪得十分具體。最後，韓爌提出，“紅丸”一案糾纏了一年多，但真正置先皇於死地的崔文升和李可灼到現在也沒有處置，這兩人雖然亂用藥物，但也確實是奉旨進藥，可以適當懲處，紅丸一案則不宜繼續深究。韓爌在萬曆年間就是個有名的老成之臣�