武昌城是太平軍佔領的第一個省會城市。在這裡，他們收穫了一百多萬兩白銀和大量庫存物資，這支軍隊立刻像吹氣球似的膨脹起來。到二月十日，太平軍放棄武昌城，繼續沿江東下時，隊伍已號稱有五十萬之眾，夾江兩岸而行，船隻多達萬餘艘。
太平軍進抵長江要隘武穴，在這裡與清兩江總督陸建瀛的軍隊遭遇，清軍兵力薄弱，節節敗退。太平軍一路尾追，順手攻佔重鎮安慶，在放棄武昌後的第三十天，進軍近兩千裡，直攆到南京城下。
南京城中的清朝正規軍老成持重不肯出擊，倒是不知天高地厚的團練頗肯奮勇赴敵。聚寶門的米商行會組織的團練率先出陣，結果被城頭上射術不精的己方炮兵誤傷數人，其他人一鬨而散。正在城頭上觀戰的布政使祁宿藻大人當場給氣得嘔血身亡。
三月十九日，太平軍施行爆破，於南京城西北角轟塌一處缺口，攻入城中，兩江總督陸建瀛等封疆大吏戰死，剩下的殘兵退守內城，也在兩天後被全殲。
向榮尾隨而至，在孝陵衛結營監視南京城，從此開始了“江南大營”時代。在向榮抵達南京的同一天，太平軍將領林鳳祥等已率軍東下，攻克鎮江，又於兩天後攻克揚州，割斷了大運河漕運。這支太平軍隨即又奉命北上中原，開始了悲壯的北伐。
三月二十九日，洪秀全身著黃龍袍，腳蹬黃龍履，乘坐一頂華麗的轎輦，由十六個轎伕肩扛入城。三十二名女官手持黃羅傘，身跨駿馬簇擁在他周圍，道路兩旁是拜倒在地的無數百姓，四下裡一片萬歲之聲。樂聲中，五百隻紙糊的白鶴，在風中飄搖，眼前的一切彷彿只是夢幻——啊，那夢幻中的人間天國！
南京城隨即被改名天京。
天京城中的老百姓，毋庸置疑，成了戰爭中的受害者。不過平心而論，太平天國製造的“罪惡”，只不過是“不方便”——要說得更嚴重一些，就是“非常的不方便”。但這些不方便，也不是全然沒有辦法克服。
比如說，太平天國要求登記戶口，每家出一人當兵。在大清朝治下做慣了金陵春夢，遊慣了秦淮畫舫的南京老百姓，理所當然愛好和平而厭惡戰爭，更不想去體驗一下挨刀子的感覺——所以，在登記戶口時，大都拖拖拉拉，氣得太平軍的辦事人員只能以砍腦袋相威脅。於是就有奸商透過內部關係搞來空白戶籍出售，以幫助大家渡過難關。
再比如說，有些老百姓更熱愛大清朝，拼命想要從防衛森嚴天京城裡逃出去。這時又有奸人出來組織刺繡作坊和生產胭脂花粉，並向太平天國的女將們推銷——即便是天國的女將，也還是女人，天生都是愛美的，很容易地就被這些糖衣炮彈砸迷糊了。該奸人遂透過此種業務關係，獲准帶人出城砍柴——不消說，這傢伙立馬就趁機組織偷渡。
此外，太平天國頒佈了自己的歷法，這和大清朝的歷法也有些差異，這給支援大清朝的地下組織帶來了極大的不便，直接導致了許多無謂的犧牲。比如說天京城裡的秀才張秉垣，煽動了一些不滿分子，企圖在某日拂曉開啟東門，接應清軍入城。可是他送出去的情報上，用的是《太平天曆》的日期，而清軍想當然地按照大清歷的日期去接應——這中間相可差著整整六天呢！結果雙方當然沒能準點會合，大批暴露的造反志士被逮捕法辦。
更慘無人道的是，太平天國居然區分男營女營。即便是你親老婆，你也不能私下裡勾搭她，哪怕你是三代單傳，搬出“不孝有三，無後為大”這樣冠冕堂皇的理由，再扛出結婚證也不成！東王楊秀清就曾親自主持過一次公審大會，被拎出來示眾的是鎮國侯秋官又正丞相盧賢拔和冬官又正丞相陳宗揚這兩個倒黴蛋。這兩個傢伙居然敢無視天條第七款，私自同老婆上床，竟達四五次之多，證據確鑿，這還了得！盧賢拔因為是金田元老，還參加過“十款天條”的制定（這位盧爵爺是典型的作繭自縛），所以從寬處理，在聲淚俱下地自我檢討後過關。而陳宗揚兩口子在罪行被發現後，還居然企圖“誘穢”知情的女侍從，實屬罪大惡極，被當場斬首以儆效尤。
不過天王本人有八十八位嬪妃——早在永安突圍時，就已經有三十六妾。東王理論上也有十一個（具體人數不詳），就連洪仁發、洪仁達這兩個笨蛋也有六個呢——這又該算哪一齣？
陳宗揚一定死不瞑目。
五、北伐與西征
太平軍攻佔南京後，立即派出丞相林鳳祥、李開芳等部向東奪取了鎮江、揚州，切斷了清王朝的經濟命脈運河漕運。這支太平軍以揚州為基地，準備北進中原。
然而天