日本侵略者還在東北各地遍設監獄和“矯正院”，關押和殘害抗日誌士和無辜群眾。據不完全統計，1934年東北各地設有監獄189所，僅遼寧一省就有50所，至於各種名目的看守所和拘留所，更是不計其數。
（三）滅絕人性的細菌戰實驗
“九·一八”事變後不久，日本陸軍省和參謀部就決定由石井四郎主持，在中國東北建立細菌戰實驗所。
1932年到1933年，石井曾在黑龍江肇東縣滿河和五常縣背陰河車站附近開始細菌戰研究工作。1935年至1936年間，日本軍部根據日皇裕仁的密令，在東北建立了兩支秘密細菌部隊：一個是由石井主持的“關東軍防疫給水部”，後改稱“第731部隊”；另一個是由若松主持的“關東軍獸疫預防部”，後改稱“第100部隊”。
第731部隊駐在哈爾濱市南部平房一帶，佔地30多平方公里，對外嚴格保密，僅修建四方樓細菌實驗工廠就將參加施工的3000多名中國勞工全部秘密殺害。這支部隊擁有細菌專家、科技人員3000餘名，並有自己專用的航空隊，在安達車站附近設有特種靶場，還在海拉爾、孫吳、牡丹江、林口建立了4個支隊。第100部隊設在長春以南10公里之孟家屯，也擁有大量房屋、特種裝置和大片土地。這兩支部隊都分別配有由關東軍和各兵團指揮的支隊，負責在戰爭中實際使用各種細菌武器。第731部隊設有8個部，主要負責實驗和生產細菌武器。該部隊培養的細菌有：鼠疫、霍亂、壞疽、炭疽、傷寒、副傷寒及其他細菌。第100部隊主要是培養鼻疽、炭疽熱和牛瘟等疫病的細菌。他們在實驗中不僅使用動物，而且用活人進行實驗。僅731部隊，就設有可容三四百人的秘密監獄。該部還專門培育與繁殖散佈細菌的寄生蟲和製造散佈細菌的特種武器，並擁有規模龐大的生產裝置。用這些裝置，在一個生產週期內，即能生產不下3萬萬億微生物，每月能培製出300公斤鼠疫菌及數千萬只專門用作傳播細菌的跳蚤。
最殘忍的是莫過於用活人進行細菌試驗。這一計劃是由關東司令官正式批准的。而慘遭細菌戰部隊實驗的活人就是中國的抗日愛國志士、無辜群眾和蘇聯、蒙古、朝鮮人。為了掩蓋罪行，他們把這些人稱為“原木”，即任意宰割的意思。這些所謂“原木”，都由日本憲兵隊進行“特殊運輸”，每年大約五六百人。日軍用活人進行實驗的名目繁多，手段極其殘忍。最常見的有菌液注射實驗、染菌飲食實驗、毒氣實驗、凍傷治療實驗、真空環境實驗和火焰噴射器殺傷力實驗等。凡是接受以上種種殘酷實驗的人，要是經過治療痊癒起來，他就不免要再受接二連三的實驗，一直到折騰死為止。慘死者的屍體經過解剖，就被投入焚屍爐裡燒掉。原第731部隊細菌生產部長川島清在伯力軍事法庭上供認：“為了研究各種治療方法，對已傳染的人加以治療，給他們飯吃，等身體恢復時，又對他們作另一種試驗。無論如何，從來沒有一個人活著走出這個殺人工廠的。”＇軍事科學院外軍部：《日本侵略軍在中國的暴行》，解放軍出版社，1986年版，第234頁。＇
日軍不僅用大量病菌在活人身上進行實驗，而且在實驗物件已經發病但尚未死亡的情況下對其進行活體解剖。更有甚者，殘暴的日軍為了搞到健康新鮮的標本，竟把一個12歲的健康男孩活活地解剖了。據原第731部隊一個隊員揭露說：有一天，一箇中國少年被嚴刑拷打後送到了解剖室。幾個日本軍醫一齊撲過去，扒光他的衣服，把他按倒在手術檯上，用扣帶將4肢緊緊扣住。然後強行消毒，注射麻醉劑。
待這個小孩失去知覺後，日本軍醫就將他的腹部劃開，按腸、胰腺、肝、腎、胃的順序取出各種內臟。接著，又將小孩的腦袋鋸開，取出大腦。然後，將這些東西分別投入裝有福爾馬林溶液的大容器中。最後手術檯上，只剩下少年的四肢和一具空殼身軀。一個年幼的生命就這樣慘死在日本人的屠刀下了。川島清還在伯力軍事法庭供認：“731部隊駐平房5年時間內，透過這個工廠，因染受致命細菌而被消滅的至少有3000人”。
日本侵略青不僅大規模地對活入進行細菌實驗，製造鼠疫、霍亂、炭疽等細菌武器，而且公然違反國際法，在侵華戰爭中大量使用細菌武器，給中國人民帶來了嚴重的災難。日軍在侵華戰爭中所進行的細菌戰和細菌實驗，危害極大，貽患無窮。單就東北地區來說，在遼陽、本溪、洮南、東豐、雙城、新民、白城子、哈爾濱、泰來、撫順、農安等地，就發現有撤播過細菌的跡象，造成