撤出抗日根據地。當日軍回撤時，晉察冀軍區迅速集中主力部隊，在地方武裝和民兵配合下，襲擊、伏擊、追擊日軍，給敵人有力打擊。
在北嶽，平西反“掃蕩”期間，晉西北、太嶽、太行、冀南、冀魯豫、冀中、冀東抗日軍民，遵照八路軍總部的指示，出擊敵後方交通線、據點，有力地配合了北嶽、平西的反“掃蕩”鬥爭。
在兩個多月的反“掃蕩”鬥爭中，北嶽、平西區八路軍部隊共作戰800餘次，殲敵5500餘人；民兵方面，僅北嶽區即斃傷敵485人，俘敵30人。八路軍部隊傷亡200D 餘人，人民群眾死傷4500餘人，青壯年被抓走將近2萬人，房屋被燒燬15萬餘間，損失糧食2899萬餘公斤，牲畜3萬餘頭。日軍新建碉堡和據點113個，公路534公里，封鎖溝158公里，在第2軍分割槽的冀晉兩省邊界以西地區製造了無人區，抗日根據地面積縮小4000餘平方公里，抗日根據地處境更加困難。在反“掃蕩”鬥爭中，暴露出各級領導機關過於龐大，行動緩慢，易陷於敵合圍圈等缺點。
1941年秋，日偽於11月1日～12月25日，進行第三次“治安強化運動”。“運動的重點在於進行靈活的軍事行動的同時，斷然進行強有力的經濟戰。即徹底封鎖所有敵佔地區，一切物資一概不準外流。另一方面，積極確保能夠獲得的物資，並實行合理的配給，促進華北經濟自給自足，以期安定民生”。＇〔日〕防衛廳防衛研修所戰史室：《華北治安戰》（1），朝雲新聞社，1984年版，第573頁。＇ 就是要進一步對抗日根據地進行經濟封鎖、物質掠奪；對佔領區民眾透過實行所謂“配給制”，進行物資的控制和掠奪，為其“以戰養戰”服務。在其進行“經濟戰”的同時，1941秋，日軍對抗日根據地的“掃蕩”主要集中於太嶽、太行和山東。
太嶽抗日根據地1941年9～10月反“掃蕩”作戰
1941年5月中條山會戰之後，國民黨第98軍武士敏部繼續在太嶽南部沁河以東長子、沁水地區堅持抗日鬥爭，八路軍太嶽縱隊兼太嶽軍區8月初奉總部指示，以第386旅第17、第18團及決死隊第1旅第57團組成大嶽南進支隊（周希漢任司令員、太嶽區黨委書記聶真兼政治委員），進入嶽南沁河以西孔灘、馬壁地區，開闢抗日根據地。日軍第1集團軍為殲滅嶽南、嶽北沁河河畔的八路軍，迫降或殲滅國民黨第98軍，決定以第36、第41師、獨立混成第16旅各部主力以及獨立混成第4、第9旅各一部進行大“掃蕩”，計劃首先解決嶽南的八路軍、國民黨軍，然後北上進攻沁源地區的八路軍。9月22日，日軍2萬餘人分別由安澤、浮山、屯留、長子等地向南北孔灘、馬壁合擊。八路軍太嶽南進支隊以小部隊與敵保持接觸，主力轉移到高平以西的東西峪地區。
29日，日軍又向東西峪合擊，再次撲空。與此同時，國民黨第98軍對日軍勸降不但不予理睬，而且主動攻擊日軍石哲鎮警備隊，日軍於28日包圍第98軍，該軍一部在八路軍支援下突出重圍，軍長武士敏率部作戰中犧牲。
10月3日嶽南反“掃蕩”結束，太嶽南進支隊接著在嶽南長子、高平等7縣地區，組建太嶽軍區第4軍分割槽。10月6日，日偽軍3萬餘人開始對嶽北以沁源為中心的地區進行大“掃蕩”。嶽北抗日軍民事先作好了“空舍清野”等準備，以地方武裝堅持內線，以主力轉至外線，內外線相結合積極打擊敵人。18日，日偽軍被迫退出抗日根據地。此次嶽南、嶽北反“掃蕩”鬥爭中，八路軍共斃傷日偽軍1400餘人，八路軍傷亡、失蹤374人。
太行區1941年10月底～11月中旬反“掃蕩”作戰
10月底開始，日軍第36師兩個團及獨立混成第4旅一部共7000餘人，採取“捕捉奇襲”的戰法，連續奔襲八路軍總部、第129師師部和水腰兵工廠。10月31日，日軍第36師4000餘人由潞城、襄垣等地出動，連續夜襲八路軍第129師師部駐地涉縣赤岸村及八路軍總部部分單位駐地黎城西井鎮等地。11月3日，日軍獨立混成第4旅2000餘人也由遼縣、武鄉出動，奔襲大有、賈豁、宋家莊等地。由於太行軍民預有準備，日軍撲空，並不斷遭到打擊，至11月6日，日軍獨立混成第4旅撤回遼縣、武鄉，第36師撤至黎城。11月9日，撤至黎城之日軍第36師步兵第222團等部，突然奔襲黎城以北的黃崖（煙）洞、水腰地區。八路軍總部為保衛水腰兵工廠，命令總部特務團等部憑藉有利地形，堅決抗奇日軍，並調