捕了；在有些情況下，立陶宛居民從蘇聯軍隊駐紮的地區被遣送到其他地方。但是，這樣做還不夠。立陶宛總理梅爾基斯不得不到莫斯科去見莫洛托夫。莫洛托夫歷數波羅的海三國參謀長頻繁會晤以及三國政治家多次會商的事實，斷言波羅的海國家之間有一個秘密軍事同盟。梅爾基斯堅決否認此事。在他看來，談話的口氣是要說明他應當發表一個宣告，以消除對方的疑慮。為此，他在6月12日回國後，就發表了一個宣告。
接著，暴風雨襲來了。6月14日梅爾基斯和外交部長烏爾布希斯再次去莫斯科，這次是去接受一份最後通碟，其要求為：第一，立陶宛內政部長斯庫恰斯和保安警察總監波韋拉伊特斯由於同這些事件有牽連，應當交付審判；第二，應當建立一個能夠並且願意履行互助條約的新政府；最後，應當允許蘇聯軍隊進駐該國各個重要中心，其數量足以保證條約受到尊重。限期第二天上午10時以前作出答覆。答覆如期收到。幾小時後，立陶宛政府辭職。蘇聯坦克已在隆隆聲中開過邊界。根據斯梅託納總統的命令，立陶宛軍隊向德國尋求避難所。許多政治家和高階官員包括總統本人也採取了同樣行動。避難的立陶宛軍隊獲准進入德國，同時被解除了武裝。政治家則由裡賓特洛甫授命秘密警察殷勤接待。此外，德國人把這些逃亡的情況也告訴了莫斯科。莫洛托夫譏諷說，這顯然由於邊界防守不嚴。如果對方要求的話，他的政府願意幫助立陶宛政府執行這項防守任務。無疑，莫斯科是提供了這一幫助。
兩天以後，蘇聯向愛沙尼亞和拉脫維亞提出了類似的要求。最後通碟的內容援引了同立陶宛總理梅爾基斯的談話，作為訊息的來源，這些訊息使蘇聯政府相信，這兩個國家之間的軍事同盟是針對蘇聯的，這個同盟沒有受到譴責，而且立陶宛也加入了這個同盟。最後通牒硬說1939年12月和1940年3月波羅的海三國的政治家曾兩次舉行秘密會議，說三國參謀總部之間接觸頻繁，說這個軍事同盟有一種專門的機關刊物《波羅的海評論》正在塔林發行。最後通牒聲稱，這些活動違背了三國與蘇聯締結的互助條約，因為按照條約規定，締約各國不得參加任何針對蘇聯的聯盟。
蘇聯給愛沙尼亞和拉脫維亞駐莫斯科公使的照會指望在六小時內答覆。在遞交照會以前並未透過外交途徑交換意見，但是愛沙尼亞人和拉脫維亞人知道，蘇聯即將提出要求。蘇聯軍隊集結的報告已從邊界發來。他們匆勿考慮之後，接受了蘇聯的條款。蘇聯軍隊開進來了；蘇聯軍艦停泊在里加港外。
為了指導當地居民實現蘇聯要求他們進行的改革，莫斯科派出了特使分赴三國首都。傑卡諾佐夫，當時的副外交人民委員，奉命去考納斯；不久以前曾被任命為蘇聯人民委員會副主席的維辛斯基出訪里加；而日丹諾夫，三人中最重要的一個，則赴塔林。選擇地位這麼高的蘇聯黨和政府官員前去，表明了他們任務的重要性。
他們的任務執行了幾個星期。在他們的指導下，組成了新政府。愛沙尼亞總統帕埃茨和拉脫維亞總統烏爾馬尼斯起初都拒絕批准新上臺的政府，但由於共產黨組織了騷亂，而被迫同意了。三個新政府都由中間人士和一些社會黨人以及許多親蘇的知識分子組成。詩人約翰內斯·瓦雷斯…巴巴勒斯成了愛沙尼亞的新總理；細菌學家、拉脫維亞…蘇聯文化交流協會副主席奧古斯特·基爾亨斯泰因斯教授擔任拉脫維亞的新總理；烏斯塔斯·帕拉埃茨基斯是立陶宛政府的新首腦，副總理是斯拉夫語文學教授、立陶宛…蘇聯文化交流協會副主席克雷韋…米茨凱維奇烏斯。三個政府中都沒有共產黨人。但多年來在波羅的海國家處於非法地位的共產黨很快就得到了合法地位，不久以後，就有一些共產黨人擔任了政府的重要職務。有秩序的親蘇遊行受到了鼓勵；佔領工廠的企圖受到了壓制——這種事在俄國已經完全過時了。宣佈了對政治犯實行大赦。報刊、廣播和通訊事業都受蘇聯控制。
當時，波羅的海三個國家已處於全面的軍事佔領之下。塔斯社於6月22日釋出的一份公報中承認，蘇聯這時有十八個師到二十個師的軍隊駐紮在波羅的海國家。這三個國家的軍隊正在蘇聯指導下進行整編。
八個月以前，蘇德兩國政府就已經達成協議，俄國軍隊進入立陶宛時，不得佔領立陶宛西南部毗鄰蘇瓦烏基地區的一條狹長地帶，按照1939年9月28日俄德秘密議定書規定，這一地帶已劃歸德國，移交的日期應由德國決定。這時，在7月間，俄國人硬要德國政府對1939年9月28日雙方商定的協議重行考慮。斯大林承認有義務把這