條狹長地帶讓給德國，但他宣稱，要做成這筆交易“極端困難，很不方便”。德國人問，準備用什麼來交換，俄國人在8月13日答覆說，願意用金錢補償。9月6日，德國人在原則上接受了這一主張；但是，直到1941年1月10日，才達成一項協定，解決的辦法是：德國放棄對立陶宛這條狹長地帶的權利，補償費為七百五十萬美元或三千一百五十萬馬克，總額的八分之七以黃金支付。
在此期間，1940年夏季，波羅的海三國的議會都被解散，宣佈進行新的選舉。愛沙尼亞和拉脫維亞政府宣佈廢除它們之間的軍事協定，立陶宛政府也作出相應的宣告。對蘇聯的友誼被列在政綱的首位，但蘇維埃化以及與俄國合併的活動仍未公開化。施政綱領集中在徹底地進行社會改革和經濟改革。
選舉在1940年7月14日和15日舉行。選舉法規定了普遍、平等、直接、無記名以及按人數比例選代表投票的方法。可是，只允許有一份候選人——“勞動人民聯盟”——的名單。這個組織是專門為此而在波羅的海國家分別建立的，由共產黨、一些附屬團體以及幾個非政治性組織的成員組成的。報刊和全部印刷機構都受政府控制。對參加投票的選民施加了壓力。反對派組織起先是受到干涉，接下來就遭到鎮壓。許多人被逮捕。根據官方報道，擁護“聯盟”的候選人分別在立陶宛、拉脫維亞和愛沙尼亞全部投下的選票中佔百分之九十二點二、百分之九十七點六和百分之九十二點九。
一星期以後，於7月22日，新召集的三國議會，表示響應選舉以後國內立即發起的一項運動，莊嚴宣佈將採用蘇聯的制度——雖然不實行農業集體化——並表示願意和蘇聯合併。1940年7月23日《泰晤士報》的一則電訊評論道：“充其量只能說，如果要人們在俄國和德國之間進行選擇，多數人可能選擇俄國，而且，自然這是以不對他們的家庭生活和風俗習慣實行全盤布林什維克化為前提的。”可是，它們併入蘇聯的結果就會如此；從此，三國就要忍受它們不得不經歷的改革所必然帶來的痛苦了。
波羅的海國家駐柏林、倫敦和華盛頓的代表們，按照他們原先接到的舊政府的指示，指斥他們議會的活動是非法的，宣告這些選舉是在威脅之下，在外國佔領軍在場的情況下舉行的，不能看作是人民意志的真實反映。德國外交部拒絕接受這些照會。美國代理國務卿薩姆納·韋爾斯宣稱，美國政府反對蘇聯侵犯波羅的海各共和國的獨立和領土完整。美國駐波羅的海三國首都的代表們——雖非全體工作人員——離開了那裡。美國政府繼續承認彼羅的海三國駐華盛頓的代表。波羅的海三國在英國和美國的財產被“凍結”，掛三國國旗的船隻被扣留。蘇聯政府對此立即提出抗議。
8月1日，最高蘇維埃召開特別會議，討論波羅的海三國新議會要求併入蘇聯的申請。會議也討論了比薩拉比亞和北布科維納的合併問題。會議開始時，莫洛托夫強調蘇聯政府採取的步驟是必要的，因為，“特別在當前國際形勢所造成的情況下”，統治波羅的海國家的一些資產階級集團的政策，使得根據互助條約進行合作成為不可能。而在提出申請的那幾個代表團方面，則聲稱在它們的國家裡資產階級政權已被推翻，因此不可能再成為“通向英帝國主義者的跳板”了。8月1日，立陶宛被接納加入蘇聯；8月5日，拉脫維亞加入；8月8日，愛沙尼亞加入。它們成為蘇聯的第十四、第十五和第十六個加盟共和國。
1939年戰爭爆發時，波羅的海國家的政府根據國際法，發表宣告，宣佈中立。但是事實上，在蘇德協定締結以後，它們的國家就不再能繼續成為真空地帶了。斯大林和莫洛托夫在討論他們自己的打算時，都提到俄國過去對波羅的海地區的主權，這種考慮對他們的政策產生過影響。然而，威脅三個共和國獨立的真正因素，是德國在西方勝利進軍的步伐。在莫斯科看來，這些國家在戰略上對於蘇聯的防禦太重要了，不能讓它們繼續成為獨立國家。波羅的海國家在兩次大戰之間保持獨立的一段時候，在政治上——用丘吉爾的話來說——是“歐洲反布林什維主義的前哨”。這些國家的全部觀點，正同它們實際的做法一樣，使得將它們併入蘇聯一事不易為西方民主國家所接受。當斯大林硬要艾登（在1941年12月訪問莫斯科期間）立刻承認波羅的海國家的新形勢時，丘吉爾的話說得再激烈也沒有了，他在電報中說：“這些邊界是憑著可恥地與希特勒勾結的侵略行動而獲得的。違反波羅的海國家人民的意願使它們轉屬蘇俄，這將違揹我們進行這場戰爭的一切原則，並將玷汙我