在恢復和平後的頭幾個月中，菲律賓政府由塞爾吉奧·奧斯梅納領導，他曾在1944年繼曼努埃爾·奎松之後擔任流亡政府的總統。但是以奧斯梅納總統和在流亡期間為他效勞的支持者為一方，以留在菲律賓的政治領袖們為另一方，他們之間存在著尖銳的對立。在後者之中，最顯赫的人物是曼努埃爾·羅哈斯。他曾經是在日本人的贊助下為國家起草新憲法的獨立籌備委員會的一個成員，後來還在日本人控制下的政府擔任不管部部長。由於羅哈斯的這種通敵經歷，菲律賓的較為激進的團體用懷疑的眼光看待他，但他在議會里得到相當大的支援；在議會中，富裕的地主總是佔優勢的。特別是在呂宋島，地主階級中的許多人為了儲存自己的財產，曾給予日本人一定程度的支援，所以他們與重新返回的政府之間必然產生對立。而且，一般說來，他們在政治上採取保守態度，而抵抗運動中的許多成員則傾向於左翼的觀點，現在支援較傾向於自由主義的奧斯梅納總統。
羅哈斯及其他通敵者設法獲得了豁免，這件事不論在菲律賓或在美國，都受到某些人士的批評。他們指責說，羅斯福總統以前所宣佈的撤銷一切助敵為虐者的公職這一政策，並未堅決執行；更有甚者，美國軍隊還對通敵者頗為垂青。他們指出，美國現在的政策是要恢復戰前的政治和社會狀況，這種狀況對美國在菲律賓的商業金融企業以及本地的大資本家有利；因此美國的傾向仍舊是依賴地主和一般富裕階級。強大的“左翼”分子參加抵抗運動這件事，可能助長了這種看法。
與此相反，毫無疑問，有錢有勢的菲律賓人的效勞，對重新佔領的軍隊來說是有用的，而且通敵者也提出了自辯書。他們聲稱，甚至在這個國家被重新佔領以前，他們實際上一直在幫助美國軍隊。他們堅稱，他們利用表面上通敵的姿態作為獲取情報的一種手段，並將所獲得的情報遞送給美國軍隊。麥克阿瑟將軍果真除掉了羅哈斯通敵的汙名，宣告羅哈斯確曾提供過有價值的情報。另一方面，這也似乎是事實：雖然根據杜魯門總統的指示，美國司法部長曾對被指控通敵的菲律賓人的歷史進行了調查，但是他的報告從未公佈。
不管事實真相如何，羅哈斯和他的支持者還是能在政治生活中發揮顯著作用，並利用他們在議會中佔多數的這一條件，否決奧斯梅納總統所希望透過的委任，以此來削弱總統的地位。原先人們盼望戰爭結束後衣服和其他商品的短缺情況立即會有所改善，但是這個希望破滅了，這不可避免地也使奧斯梅納失去了民心。這樣，羅哈斯的勢力增長了。當1946年4 月23日舉行總統和副總統選舉，並選舉參議院和眾議院的議員時，羅哈斯和他的黨佔了優勢。羅哈斯獲得一百三十三萬三千三百九十二票，奧斯梅納獲得一百一十二萬九千九百九十六票，羅哈斯當選為總統。
就這樣，曼努埃爾，羅哈斯成了獨立的菲律賓共和國的首任總統。1946年7 月4日，美國總統根據1934 年透過的“菲律賓獨立法案”的條文，發出了宣佈菲律賓獨立的公告，這時羅哈斯正式就職。1934年的“菲律賓獨立法”的條文規定，在為期十年的一個過渡時期內，菲律賓應作為一個共和國而受到管轄，在這一時期以後，美國應停止對菲律賓的控制。根據美國總統的公告，美國放棄了“佔有、監督、司法、控制即統治權等一切權利”。1946年7 月2 日，美國總統批准了免除菲律賓軍隊為美國服役的法律。
隨著菲律賓的獨立，有必要在菲律賓與美國之間就兩國未來的經濟關係問題簽訂協議。美國國會於1946年透過了“菲律賓貿易法案”。該法案規定，到1954年為止，兩國間應實行自由貿易；此後，美國將逐步提高關稅，到1947年，就按十足的稅率徵稅。在不徵收關稅的時期內，美國對菲律賓的某些產品如糖、椰子油和菸草等實施一種限額進口制度。
儘管兩國政府之間就實施這一法案所簽訂的協議由菲律賓的立法機關透過了，但是在透過時不是沒有批評意見的。持反對意見的人認為，這項協議的後果，將是強行恢復戰前的經濟制度，在這種制度下，菲律賓的經濟無法擺脫對美國經濟的依存關係，而菲律賓的繁榮也要依賴於它的對美貿易。他們指出，自由貿易的初期階段將使主要材料的生產者能恢復他們以前的方式，並象過去一樣，菲律賓將淪為替美國市場生產原料的角色，沒有希望發展它自己的工業。此外，對法案和協議中的一項規定也有反對意見，這項規定不但對菲律賓人而且對美國人也敞開了開發菲律賓群島自然資源的大門。撇開其他方面的考慮不談，這