小的單位。從而，象在其他地方一樣，日本人在東印度群島建立了一個象日本本土那樣的嚴格的中央集權的官僚制度。
1942年9 月，按照日本的型式改組了當時的司法制度，設立了一個日本軍事法庭，以處理違犯軍紀的事件。1944年，日本人頒佈了一部嚴厲的新刑法。警察部也進行了改組，在各個城鎮和鄉村建立了一支警察輔佐部隊。象在所有的日本佔領地區一樣，警察和司法事務的主要權力都掌握在憲兵隊手裡，他們採用一貫的兇殘手段來行使這種權力。為了便於進行活動，他們培訓人員並建立了一個爪哇分部，這個分部尤為一般老百姓所痛恨和害怕。
日本徵服的社會影響是深遠的。所有的荷蘭官吏都被撤職，和荷蘭平民一起被拘留起來，共計六萬多人。荷蘭官吏由日本人接替，這些日本人主要來自日本本土、朝鮮和福摩薩。在1945年，有二萬三千多名日本人受僱於日本軍政監部。爪哇人和其他土著居民大都只限於擔任軍政監部內的低階職位。少數允予擔任較高職位的人員，身邊都有日本“顧問”。象在馬來亞一樣，日本人嚴厲地打擊爪哇的人數相當多的歐亞混血種人，日本人懷疑和討厭他們，認為他們是保持西方影響的禍根。很多人被監禁或拘留，其餘的則遭到嚴密的監視。後來，這種嚴厲的對待有所改變，因為日本人發現歐亞混血種人對他們是有用的。廣大的華人也受苦很深。那些有親重慶嫌疑的人由憲兵隊加以處理，而一般的華人則被強迫加入那些支援日本人以及日本人在中國建立的政權的組織。
日本的教育政策按照它一貫的方針進行。和在其他日本佔領地區一樣，所有的學校起初都被關閉了，後來又重新開辦。課本和課程經過修訂，以灌輸反西方、親日本和泛亞主義的思想。禁止使用荷蘭語，而以日語和印度尼西亞語（馬來語的變種）為官方語言。建立了圖書檢查制度，報紙和電臺則置於日本人的控制和操縱之下。對收聽盟國廣播和散佈所聽到的任何訊息的人，規定處以死刑，而且經常如此執行。
這樣，東印度群島的土著居民看到了舊的社會秩序被推翻了。儘管他們自己也受壓迫，如果被懷疑有任何同日本統治敵對的行為就要受到殘酷的處理，可是他們看到歐洲人、歐亞混血種人和華人的遭遇更慘，日本人並且慫恿他們把那些人看作外國人和下等人。在語言方面，由於荷蘭語還沒有成為東印度群島的通用語，不象英語那樣在馬來亞和菲律賓已成為通用語，因此日本人在禁止使用荷蘭語這件事上大體上是成功的。但是，正如在東南亞和其他地方一樣，日本人企圖推廣複雜難懂的日語，卻收效甚微；儘管如此，若假以時日，結果也許會做得好一些。另一方面，印度尼西亞語作為標準的馬來語，在日本佔領以前就已經取得了迅速的發展，因為它受到了民族主義運動興起的推動。因此，日本人不得不利用印度尼西亞語作為唯一立即可用的交際工具。由於這一情況，印度尼西亞語得到迅速的普及，並由於它吸取了各種地區方言的詞彙，在一定程度上還吸取了外國語言中的現代術語，因而有所得益。印度尼西亞通用語的這種不斷發展，對激發東印度群島各土著民族要求統一的覺悟，以及在使“印度尼西亞語”一詞具有比一般概念更為豐富的含義方面，起了重要作用。
日本統治的其他特點，也有助於產生日益高漲的要求統一的覺悟。軍政監部的集中統一，對減少地方獨立性是有效的。同時，日本人派來的大批官員中，很多人儘管經過擔任行政官員的良好訓練，但是他們並沒有關於東印度群島的經驗和知識。
其中許多人表現出來的無知、無能和腐敗，使印度尼西亞人感到吃驚，因為他們原來指望日本人會比荷蘭人高明些。結果是，隸屬於日本人的印度尼西亞人，由於具有對自己的國家、語言和人民方面的知識，實際上已能行使很大一部分實際權力。
這就使他們有了自信心，也使他們受到一些訓練，為今後完全掌77握政權作了準備。
日本反對荷蘭人和其他西方人的宣傳，在日本取得了戰爭勝利的業績鼓舞之下，很快受到了歡迎；可是，日本人把自己的國家描繪為亞洲的保護者、亞洲的領導者和亞洲的曙光等等所作的努力，卻因經常發生的日本警察、軍人和官吏所表現的殘暴、腐敗和無能而大受損害。
日本人的統治，帶來了慣常的財政和經濟困難。日本人發行紙幣，引起了通貨膨脹。到日本投降時，這種紙幣只值票面價值的四十分之一。日本人奪取了荷蘭和其他盟國國民的財產，並且，除了由軍政監部管理的或移交給日本公司經營的工廠、