有種族——馬來人、華人和印度人同樣有資格被任命為官員或委員。委員不拿報酬，也沒有固定任期，其職能純粹是顧問性質。採取了在擔負某種程度的政治職責方面的謹慎做法之後，日本人不時地暗示：馬來亞象緬甸和菲律賓一樣，可能也渴望成為“東亞民族大家庭中獨立和自重的成員”。但是，與緬甸、菲律賓和印度尼西亞不同，日本人從來沒有明確允許馬來亞獨立。1945年2 月15日，新加坡淪陷三週年，日本軍政監說，中國人已經得到了自由，印度尼西亞人也被允許得到自由，每個人都應該相信，日本將為新馬來竭盡全力。這些含混的暗示，目的在於鼓勵老百姓響應日本的呼籲，與日本人合作保衛馬來亞，以應付預計中的反攻。日本人對此作了準備，組織了義勇軍（輔助防衛部隊），誘騙或強迫許多壯丁加入。馬來亞人也被招募到“兵補”（日軍兵站後勤部）裡來。這些組織的工作條件被描繪得有聲有色，而實際上，卻和其他日本佔領區一樣，情況大有出入。
1945年8 月8 日，《昭南新聞》在刊登將給予印度尼西亞獨立的訊息時宣稱，馬來亞和印度尼西亞的前途將是密切聯絡的；該報確實還引用了昭南顧問委員會的一個成員的話說，馬來亞也將獲得獨立。然而，當時的馬來亞日軍司令官板垣將軍在8 月12日的公開宣告中說，當馬來人聽到他們的東印度群島親屬不久就要完全獲得獨立時，一定是非常激動的。“馬來亞人民現在應該盡更大的努力來和日本合作，以實現馬來亞的美好未來。”他並沒有作出關於獨立的具體諾言“；而《昭南新聞》社論提到板垣談話時卻說，馬來亞人民必須證明自己是配得上賦予自治的，並指出，日本人對他們獲得的合作程度感到不滿意。
在馬來亞的日軍對日本政府的投降決定保持沉默了幾天，實際上，他們還指責這些非官方的報道是毫無根據的謠言；到8 月20日，才允許公佈8 月15日的天皇詔書（宣佈投降）。但是他們也發表了一份自己的公告宣稱，在馬來亞的日軍象其他地方的日軍一樣，一點兒也沒有失去它的榮譽和威信，因為它已經作好決戰的充分準備。但是美國的使用原子彈，意味著戰爭繼續下去將使東亞全部人口遭到毀滅。
天皇出於對整個東亞人民的關心，才命令他的軍隊放下武器，他們必須服從這個命令。日本人感謝馬來亞人民全心全意的合作，在最後一次的記者招待會上，日本軍事發言人暗示，這並不是日本為建設大東亞所作鬥爭的結束。但是在日本人投降和英軍重新進入馬來亞之間的三個星期內，日本人對建立或支援任何馬來亞的獨立政權沒有作出努力。他們把軍隊撤到城市，企圖維持一下秩序，貼出了禁止搶劫的佈告。可是在當時那種情況下，這些佈告大部分不起作用。內地很多地方己落入游擊隊手裡，在日本佔領的年代，毫無疑問地助長了某種新的程度的政治覺醒，引起了普遍的騷動情緒。
（八）印度尼西亞
日軍征服荷屬東印度群島以後，在爪哇建立了一個軍政監部，總部設在巴達維亞，並把巴達維亞更名為雅加達。但是，如前所述，蘇門答臘曾一度置於馬來亞的日本軍政監部的管轄之下。日本人為了支援馬來亞的馬來人對抗在數量上佔優勢的印度人和華人（加起來算），起初很重視蘇門答臘的馬來人同馬來亞的馬來人之間的種族類似關係。此外，他們在行政上把蘇門答臘分離出來的目的，是為了打消人們建立一個包括整個東印度群島在內的印度尼西亞國的願望——日本人開頭是反對這個想法的。然而後來日本人對這個問題的政策改變了，於是把蘇門答臘從馬來亞分離出去，置於一個獨立的軍事政權的統治之下。荷屬婆羅洲、西里伯斯和小巽他群島則置於一個日本海軍管制機構的統治之下，其司令部設在望加錫。我們可以看到，日本海軍至少在戰爭後期之前，比陸軍更不願意對其控制地區的居民行政管理權問題發表任何意見。
儘管在佔領的土地上兩個軍種各自為政，但他們在整個群島上的行政組織和部署大體是根據同樣的方針來制定的。因而，在爪哇這個最重要和人口最集中的島上，荷蘭的行政體制被摧毀了，根據1942年3 月7 日的法令，由以“軍政監”（即軍政監部的首腦）為首的中央軍事管制機構來取代。軍政監部下設八個部門：總務、內政、財政、司法、警察、市政工程、經濟事務、審計和宣傳。
1942年8 月5 日，發表了第二道行政法令，把爪哇分成兩個省、十七個行政區和一個特別市（巴達維亞）。還建立了兩個署來管理中爪哇的四個素丹區。行政區下面再劃分成一些較