激起了對日本人的慍怒和敵意，這種傾向與日俱增。
在馬來亞的許多印度人，起初也歡呼英國人的垮臺，願意和日本人合作。日本人把錫克人和帕坦人警察的大部分招募到自己的警察和警察輔助機構中來，利用他們同遊擊隊作戰。1942年夏，日本人組織了一個地方性的“印度獨立聯盟”；伊斯蘭教徒不象印度教徒那樣樂意加入這個組織，因此受到責罵和威脅。這個聯盟成為整個“自由印度”運動的一個分部，蘇巴斯·錢德拉·鮑斯是該聯盟的領導人。這個聯盟透過在新加坡設立的電臺廣泛地向日本佔領地區的印度人和印度國內人民進行大量的反英宣傳。1943年10月，日本組織了以鮑斯為主席的“自由印度臨時政府”，這個組織進而向英國和美國宣戰。日本答應給鮑斯援助；鮑斯把他的總部設在新加坡，他要求這裡的印度各界人士給予“理所當然”的援助，號召他們向自由印度的軍隊即“印度國民軍”捐款和輸送兵員。印軍戰俘在多數情況下是拒絕參加這支軍隊的，因此他們受到日本人的殘酷虐待，對鮑斯和他搞的運動缺乏熱忱的許多印度平民也遭到同樣的虐待。1944年1 月，“自由印度臨時政府”遷到緬甸，印度國民軍參加了日本向阿薩姆的進攻。日本在緬甸失敗後，1945年5 月間，鮑斯回到新加坡。他於8 月16日離新加坡去日本，但是兩天以後，他的飛機在福摩薩的臺北附近失事，鮑斯受了致命傷。日本人在英國軍隊回來之前，仍然控制著新加坡，他們在8 月23日在新加坡為印度國民軍陣亡將士紀念碑舉行了揭幕儀式。
正如英國戰俘所證實的那樣，一些馬來人、華人和印度人的確曾對1942年英國的失敗高興過，可是他們不久就發現，在日本人的統治下，他們的命運更慘得多。
日本人控制的報紙不時地告訴他們，要為新秩序而犧牲自己；日本人聲稱，他們有權提出這樣的要求，因為他們目己正在為建設新秩序而流血和耗費資財。除了強迫捐款以外，確實還作出了種種犧牲。日本人的佔領破壞了馬來亞的經濟；因為橡膠、錫和鐵礦石的出口一下子被戰爭切斷了。日本人拿走了他們能拿走的一切，但是由於他們的船舶遭到嚴重損失，大大地限制了他們把物資運往日本。在進口方面，馬來亞以前是依靠緬甸和暹羅提供食物，依靠英國、其他西方國家和日本輸入資本和消費品的。日本的佔領打亂了秩序，特別是在新加坡，食物的供應不久就發生了困難，直到1943年7 月，第一批從日本運來的紡織品和消費品才到達新加坡。據1943年6 月27日《昭南新聞》報道，從1941年12月到那個時候，食物價格幾乎上漲了百分之三百；日本人控制物價的努力基本上是不起作用的。報紙上也抱怨，剛剛運進的一些日本貨物就流入了黑市。
在這種情況下，如同在東南亞其他地方一樣，日本人企圖鼓勵居民增加大米、小米和蔬菜的生產。他們鼓勵人們大批遷離新加坡，特別是到柔佛的興樓附近的“新昭南”和森美蘭的馬口去建立城市移民的農業居民點。日本的宣傳鼓動家們把這些事業描繪得天花亂墜，但是它們的規模很小。例如，據1944年3 月的報道，興樓大約有九百個移民和二千英畝左右的開墾地。在馬口，有一個歐亞混血種人的居民點和鄰近的一個華人居民點，共約一千六百人。這種努力顯然對緩和新加坡食物供應問題起不了什麼作用，那裡大米的配給量越來越減少了。日本人透過居民組織和輔佐警察的力量，竭力要使他們的經濟控制行之有效，但是，他們不得不和華人作鬥爭，這些華人是逃稅的老手。1945年6 月，日本人開始準備大72批疏散新加坡居民，以防英國人的進攻。他們催促人民立刻登記疏散，有幾千人真的走了，但是這些措施只執行了一部分，日本就投降了。
從1943年秋天起，有一些重要的跡象，表明日本人在馬來亞的政策有了改變。
報紙不再提馬來亞是日本的領土了，而開始談論所有各種族要進行合作來建設一個“新馬來”。原先在行政上與馬來亞聯合的蘇門答臘現在也與馬來亞分開了，從後來的情況看，以後該島的政治發展就按照著爪哇的那個路子去走了。1943年10月3日，日本人宣佈：要在馬來亞各省、市建立協商委員會。其成員是由市長或省長提名；市長、省長是委員會的當然主席，他們將在認為必要時召開委員會。馬來亞各省的素丹任委員會的副主席。除主席以外，日本人不擔任委員會的成員。日本人還宣佈：在行政機關中將增加馬來亞官員的比例，並將使他們較容易晉升到高階職位。
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