在檳港由主要少數民族即歐洲人、華人和阿255 拉伯人的代表召開的會議上得到批准。
遵照在馬利諾定出的原則，於8 月24日成立了一個婆羅洲和大東問題諮詢委員會，該委員會由六個負責政府各部門的荷蘭人和七個印度尼兩亞人組成。10月3 日，諮詢委員會決定，婆羅洲和大東（8 月10日，巴厘也併入大東）兩邦，在與爪哇和蘇門答臘達成協議之前，應有自己的中央組織。
因此，共和派不僅面臨著建立一個把蘇門答臘從爪哇分割出去的印度尼西亞聯邦的建議——這個建議是與他們的論點“蘇門答臘和爪哇是一個共和國的不可分割的部分”相違背的，而且還面臨著一個萌芽中的聯邦制度的形成，而這個聯邦是共和派目前無權參與的。很明顯，荷蘭鼓勵成立許多小型的政府單位而不贊成統一的自治的印度尼西亞的政策，是投合大多數外省頭面人物的心理的。但是，雖然荷蘭的政策可以被認為是企圖分割和削弱民族主義運動，也應看到，參加馬利諾會議的各地區的代表們無論在當時或以後都並不是盲目追隨荷蘭的主張的。即使在馬利諾，人們也批評荷蘭的戰前經濟政策，並透過決議，要求把爪哇銀行收歸國有，結束荷蘭皇家輪船公司對島嶼之間的航運業的壟斷。
馬利諾會議以後不久，在8 月13日，沙里爾重新行使其共和國總理的職權。這時為了吸收一些馬斯友美黨的成員進入共和國內閣，內閣進行了改組。雖然馬斯友美黨人的加入，毫無疑問是有利於共和國的統一事業的，但是他們反對荷蘭的傾向，對同荷蘭政府達成協議來說，卻是一個新阻礙。再則，荷蘭與印度尼西亞武裝部隊在爪哇和蘇門答臘繼續發生摩擦；為了報復“盟軍的進攻行動”，印度尼西亞共和國於7 月24日停止對被拘留者的撤退工作，被拘留者有三萬人仍留在共和國手中，結果使得營救工作停頓了兩個月。
1946年8 月，荷蘭議會透過法律，決定設立一個總委員會代表政府，同印度尼西亞共和國談判；這個委員會被授予很大的權力，它不必象範穆克那樣經常需要向海牙請示。從荷蘭派來的總委員會的三個成員，即舍默爾霍256 恩、前總理範波爾和前荷蘭海運公司董事德博爾，於9 月17日到達巴達維亞，在那裡與另一個成員範穆克會合。英國政府方面委派它在東南亞的特別專員基勒恩勳爵作為調停人。基勒恩勳爵訪問了爪哇，安排從9 月27日開始繼續撤退被拘留人員。他同印度尼西亞共和派和荷蘭人都進行了討論，10月間，他主持了由沙里爾率領的共和國代表團和荷蘭總委員會之間的會議。此外，成立了三方面的停戰委員會，10月14日，該委員會同意，現有的軍事部署應予保持，各個方面的部隊不應該增加到超過他們的現有人數，聯合委員會在條件可能時，應儘快釋出停火令。實際上，停火令是在11月4 日釋出的。
政治談判要求各有關方面具有高度的政治家氣派。共和派現在不得不至少暫時放棄建立單一的印度尼西亞國的任何希望，不得不承認有必要成立聯邦，其中大部分外省將組成不同於共和國而與共和國具有平等地位的成員國；但是他們不準備接受在馬利諾會議上制定的原則，即蘇門答臘應該脫離爪哇。荷蘭人表示願意承認這一點。在井裡汶附近的林芽椰蒂的會議上達成了一項協定。
林芽椰蒂協定於1946年11月15日草簽，其條文中包括下列各條：
（1 ）荷蘭承認印度尼西亞共和國在爪哇、馬都拉和蘇門答臘的事實上的政權；這些島上由荷蘭或其他盟國部隊佔領的地區將逐步移交給共和國，移交過程將於1949年1 月1 日前完成。
（2 ）荷蘭與共和國政府將合作建立一個以聯邦為基礎的獨立自主的民主國家，稱為“印度尼西亞合眾國”，它將在1949年1 月1 日前建立。
（3 ）印度尼西亞合眾國將由三個邦組成，即共和國、婆羅洲和大東；這無損於各邦有權經過民主程式決定不進入聯邦而和印度尼西亞合眾國及荷蘭建立一種特殊的關係，也無損於各邦有權決定對其在印度尼西亞合眾國中的地位作出不同的安排。
（4 ）荷蘭與共和國同意合作建立荷蘭—印度尼西亞聯邦，由王國（包括荷蘭、蘇利南和庫拉索）和印度尼西亞合眾國組成；這個荷蘭… 印度尼西亞聯邦將在1949年1 月1 日前建立。257 （5 ）荷蘭… 印度尼西亞聯邦將有自己的機構處理有關共同利益的事務，諸如外交、國防和某些經濟和文化方面的事務。
（6 ）印度尼西亞合眾國憲法