城小而不固，宜及軍勢未成，大駕自出拒戰”。郗鑑曰：“群逆縱逸，勢不可當，可以謀屈，難以力競。且含等號令不一，抄盜相尋，吏民懲往年暴掠，皆人自為守。乘逆順之勢，何憂不克！且賊無經略遠圖，惟恃豕突一戰；曠日持久，必啟義士之心，令智力得展。今以此弱力敵彼強寇，決勝負於一朝，定成敗於呼吸。萬一蹉跌，雖有申胥之徒，義存投袂，何補於既往哉！”帝乃止。
帝帥諸軍出屯南皇堂。癸酉夜，募壯士，遣將軍段秀、中軍司馬曹渾等帥甲卒千人渡水，掩其未備。平旦，戰于越城，大破之，斬其前鋒將何康。秀，匹磾之弟也。
敦聞含敗，大怒曰：“我兄，老婢耳！門戶衰。世事去矣！”顧謂參軍呂寶曰：“我當力行。”。因作勢而起，睏乏，復臥，乃謂其舅少府羊鑑及王應曰：“我死，應便即位，先立朝廷百官，然後營葬事。”敦尋卒，應秘不發喪，裹屍以席，蠟塗其外，埋於廳事中，與諸葛瑤等日夜縱酒淫樂。
帝使吳興沈楨說沈充，許以為司空。充曰：“三司具瞻之重，豈吾所任！幣厚言甘，古人所畏也。且丈夫共事，終始當同，豈可中道改易，人誰容我乎！”遂舉兵趣建康。宗正卿虞潭以疾歸會稽，聞之，起兵餘姚以討充，帝以潭領會稽內史。前安東將軍劉超、宣城內史鍾雅皆起兵以討充。義興人周蹇殺王敦所署太守劉芳，平西將軍祖約逐敦所署淮南太守任臺。
沈充帥眾萬餘人與王含軍合，司馬顧颺說充曰：“今舉大事，而天子已扼其咽喉，鋒摧氣沮，相持日久，必致禍敗。今若決破柵塘，因湖水以灌京邑，乘水勢，縱舟師以攻之，此上策也；藉初至之銳，並東、西軍之力，十道俱進，眾寡過倍，理必摧陷，中策也；轉禍為福，召錢鳳計事，因斬之以降，下策也。”充皆不能用，颺逃歸於吳。
丁亥，劉遐、蘇峻等帥精卒萬人至，帝夜見，勞之，賜將士各有差。沈充、錢鳳欲因北軍初到疲睏擊之，乙未夜，充、鳳從竹格渚渡淮。護軍將軍應詹、建威將軍趙胤等拒戰，不利，充、鳳至宣陽門，拔柵，將戰，劉遐、蘇峻自南塘橫擊，大破之，赴水死者三千人。遐又破沈充於青溪。
尋陽太守周光聞敦舉兵，帥千餘人來赴。既至，求見敦。王應辭以疾。光退曰：“今我遠來而不得見，公其死乎！”遽見其兄撫曰：“王公已死，兄何為與錢鳳作賊！”眾皆愕然。
丙申，王含等燒營夜遁。丁酉，帝還宮，大赦，惟敦黨不原。命庾亮督蘇峻等追沈充於吳興，溫嶠督劉遐等追王含、錢鳳於江寧，分命諸將追其黨與。劉遐軍人頗縱虜掠，嶠責之曰：“天道助順，故王含剿絕，豈可因亂為亂也！”遐惶恐拜謝。
王含欲奔荊州，王應曰：“不如江州。”含曰：“大將軍平素與江州云何，而欲歸之？”應曰：“此乃所以宜歸也。江州當人強盛時，能立同異，此非常人所及，今睹困厄，必有愍惻之心。荊州守文，豈能意外行事邪！”含不從，遂奔荊州。王舒遣軍迎之，沉含父子於江。王彬聞應當來，密具舟以侍之；不至，深以為恨。錢鳳走至闔廬洲，周光斬之，詣闕自贖。沈充走失道，誤入故將吳儒家。儒誘充內重壁中，因笑謂充曰：“三千戶侯矣！”充曰：“爾以義存我，我家必厚報汝。若以利殺我，我死，汝族滅矣。”儒遂殺之，傳首建康。敦黨悉平。充子勁當坐誅，鄉人錢舉匿之，得免；其後勁竟滅吳氏。
有司發王敦瘞，出屍，焚其衣冠，跽而斬之。與沈充首同懸於南桁。郗鑑言於帝曰：“前朝誅楊駿等，皆先極官刑，後聽私殯。臣以為王誅加於上，私義行於下，宜聽敦家收葬，於義為弘。”帝許之。司徒導等皆以討敦功受封賞。
周撫與鄧嶽俱亡，周光欲資給其兄而取嶽。撫怒曰：“我與伯山同亡，何不先斬我！”會嶽至，撫出門遙謂之曰：“何不速去！今骨肉尚欲相危，況他人乎！”嶽回舟而走，與撫共入西陽蠻中。明年，詔原敦黨，撫、嶽出首，得免死禁錮。
故吳內史張茂妻陸氏，傾家產，帥茂部曲為先登以討沈充，報其夫仇。充敗，陸氏詣闕上書，為茂謝不克之責；詔贈茂太僕。
有司奏：“王彬等敦之親族，皆當除名。”詔曰：“司徒導以大義滅親，猶將百世宥之，況彬等皆公之近親乎！”悉無所問。
有詔：“王敦綱紀除名，參佐禁錮”溫嶠上疏曰：“王敦剛愎不仁，忍行殺戮，朝廷所不能制，骨肉所不能諫；處其朝者，恆懼危亡，故人士結舌，道路以目，誠賢人君子道窮數盡，遵養時晦之辰也。原其私心，豈遑晏處！如陸玩、劉胤、郭璞之徒常與臣言，備知之矣。必其