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四月三日，達爾文和菲茨·羅伊訪問了馬來亞人的一個村子，這個村子座落在一個島嶼的一角。他們在那裡觀看了一種在死人墓上跳的“木勺舞”，這是在望月時舉行的一種半崇拜偶象的儀式。
四月六日，他同菲茨·羅伊訪問了緊靠礁湖入口處的一個島嶼，並觀看了居民們是怎樣坐著兩隻小船捕捉海龜的情況。達爾文對猛烈的海水激浪在迎風的岸邊碰得粉碎的情況為之驚訝。這位年輕的博物學家當時情感上究竟是如何激動，這可以從他在日記中談論這一印象的那些富於表情的話中看出來。現在我們把這些話全部引證如下：“……我很難解釋，為什麼這些礁湖島的外側海岸的景象總是使我感到極其偉大。在這類似壁壘的岸邊，在這綠色的灌木叢和高大的椰子樹的邊緣，在那大片堅實的，到處都散佈著巨大碎塊的死珊瑚巖上，最後還有在那從四面八方襲來的波濤洶湧的巨浪中，包含有多少純樸之處。大洋把自己的波浪拋送到寬闊的珊瑚礁之外，好象是一個不可戰勝的、強大無比的敵人似的；可是，我們看到，仍舊可以用一種方法去抵擋它，甚至去進攻它，雖然這種方法初看起來好象是軟弱無力而又不中用似的。大洋並不寬恕珊瑚巖，因為這些散佈在珊瑚礁上面而且堆積在這條生長著高大椰子樹的海岸上的巨大碎塊，清楚地表明瞭波流的威力。海洋從來沒有過一段安靜的時間。在廣大的海洋表面上，永遠吹拂著同一方向的風：這種微弱但卻不停的信風所引起的巨大海浪，能夠產生出一種十分強大的波濤，其力量幾乎等於溫帶地區的一陣大風暴所發生的力量，而且這種波濤還是永不停息地在咆哮著，在看到這些波濤時，你會不得不相信：假定一個島是由最堅硬的岩石構成的，譬如說是由班巖、花崗岩或者石英岩構成的，那它終究也是要被這種難以抵抗的力量所征服和毀滅的。可是這些低矮而微小的珊瑚小島卻依然站在那裡，而且成為鬥爭中的勝利者，因為出現了另外一種對抗的力量在鬥爭中幫助了它們。一些有機體的力量從波濤洶湧、泡沫飛濺的波浪裡，不斷地分離出碳酸鈣的原子來，而這種原子又逐漸地結合成為一種對稱的結構。讓颶風把它們撕裂成千萬塊碎片好了，因為如果同無數個建築師夜以繼日、成年累月所積累的勞動總合比較起來，這又有什麼意義呢？我們從而看到，一個水螅蟲的柔軟而有粘液的身體，依靠生命規律的作用，正在戰勝大洋波濤的巨大的機械力量；而這種力量，既不是人的技能，也不是自然界任何無生命的創造力所能制服得了的”。
第二天達爾文訪問了西島，這裡的植物要比其它島嶼上的植物更加茂盛。這在裡的乾燥的陸地上，到處都可以看到一種吃食椰子的陸地椰蟹。達爾文根據當地一位居民的話，對蟹如何吃食椰子的情況作了記錄。他還觀察了兩種藍綠色的魚經常咬破珊瑚並以吃珊瑚為生的情況，以及許多生活在珊瑚礁中的無脊椎動物。
在他的《航行日記》中，保留有四月十二日的筆記，他們在這一天離開了礁湖。在這一天的筆記中，有他關於珊瑚礁和環形珊瑚島起源的著名理論的初稿。
他寫道：“我很高興我們訪問了這些島嶼：這些形成物無疑是自然界最稀有的現象。這並不是一下子就能夠使我們的肉眼感到驚訝的奇蹟，而倒是在經過了一定的思考之後才使我們的理智為之驚訝的奇蹟。
當旅行家們告訴我們某些古蹟的偉大結構和龐大體積時，我們是感到驚奇的，但是那些古蹟中即使是最大的古蹟，如果同這裡的由各種最小的動物堆積起來的物質相比的話，那它們就是微不足道的了。在這些面積廣大的島嶼上，每一個原子組成部分，不管（是從哪裡弄來的）是最小的微粒還是巨大的岩石碎塊，都帶有曾經遭受過有機物方面的力量作用的痕跡。菲茨·羅伊艦長在離海岸一海里遠的地方，用七千二百英尺長的一根繩索，測量了海的深度，但沒有測到底。因此，我們應當把這個島看作是一座陡峻的高山的頂峰。至於珊瑚蟲工作的結果延伸到何種深度或厚度，這是根本無法知道的。
有一種意見認為，製造岩礁的水螅蟲是隨著島的基底在火山力量的作用下經過一定的時間逐漸下沉的不斷向上加高自己的建築物。如果認為這種意見是正確的話，那就可以認為，珊瑚石灰石一定有很大的厚度。
在太平洋裡，我們看到一些為珊瑚礁所包圍的島嶼（比如我們在這本日記中提到的塔希提島和埃伊梅奧島），而許多海峽和靜水區把這些珊瑚礁同海岸遠遠隔開。各種各樣的原因都可能阻礙那些最能在這種條件下發