八五四年從英國啟程前往該島。他在那裡度過了八年時光，把大量的蒐集品運往英國。他走遍了全島，對大自然進行了多年的考察，這既為他很好地描寫馬來群島的博物學（“馬來群島，一個擁有猩猩和極樂鳥的地方”）提供了材料，又為他的其它一系列著作（其中最著名的是兩卷本的《動物的地理分佈》）提供了材料。
當華萊士還在馬來群島工作對，就同達爾文有過信件關往，這是由華萊士在倫敦一家博物學雜誌上發表的一編文章引起的。關於這編文章，雖然人們不大知道，但是，它是值得注意的，因為它說明了所謂達爾文“同華萊士的事件”的真相。這篇文章叫作《控制新物種出現的規律》，並於一八五五年在《博物學年鑑和雜誌》上發表了。
文章所涉及的問題非常接近達爾文當時也在進行研究的問題。華萊士試圖解決物種是從哪裡以及怎樣產生的問題。華萊士根據自己當時已有的豐富的個人經驗和文獻史料（其中佔顯著地位的是達爾文的《航海日記》得出結論：同種的大批動物居住在同一個地方或鄰近的地方，也就是“相近性是同地理分佈密切相連的”。他在古生生物方面也得出結論：同一個地質時期或相鄰的地質時期的生物，以及在同一個地區遇到的生物彼此非常接近。他把總的結論表述為下列不太清楚的規律：“每個物種的出現在地理上和年代上是同非常接近它的物種和先於它存在的物種的出現相一致的”。第二個結論說：“物種是按照先前的物種的結構形成的”。由此可見，華萊士很明顯非常接近生物進化的思想，但他害怕更為明確地把它表達出來。他認為，在地質上可以細心觀察到生物的直線發展的情況，也可以觀察到來源於同一本原（不是祖先）兩三個分支起源情況。他接著寫道：“這樣絕滅的生物被新生物所代替，而這種遺傳性就這樣繼續到現代地質時代，地球博物學最困難的同時也是最有意義的任務正在於此”。
他認為，在生物的地質序列中，只有最一般的特徵才能得到完善，並且指出，軟體動物門的最高綱——頭足綱，以前佔優勢，而現在則讓位於機能不太高的腹足綱和雙殼綱，古時的魚比起現代的魚來，其完善程度要差。為了說明這些事實，他用樹木作了一番比較：老橡樹上一根長得很好的樹枝可以乾枯爛掉，而一根新枝可能很小，並且達不到老樹那樣完善的程度。值得指出的是，他把未得到充分發育的（即發育不全的）器官看作是後繼的親緣物種將繼續發展的原始器官。
華萊士論文的內容大體就是這樣，關於論文的命運，他曾在一八五六年十月從蘇拉威西寫信問過達爾文。使華萊士感到不快的是，報刊上對論文卻毫無反映。
達爾文給他寫了一封非常親切的回信，信中指出，他對華萊士在《年鑑》上發表的那篇論文，幾乎每一個字都同意，並且補充說，他已經對怎樣區別物種和變種的問題研究了二十年，但是這個題目太大了，在信中不便詳談。
一八五八年一月四日，華萊士從安波拿島給自己的朋友貝茲寫信說：“我非常高興收到達爾文的來信，他在信中寫道，他對我那篇論文幾乎每一個字都表示同意。他現在正準備他的關於物種和變種的鉅著，他用二十年的時間為這一鉅著蒐集了資料。既然他證明了自然界中在物種和變種起源之間沒有任何差別，他就可以使我不再關心把自己的假說寫下去，或者可能使我得出另一個結論，但是，在任何情況下，他的事實都將供我使用，我也可以對這些事實進行研究”。
達爾文在下一封信（一八五七年十二月二十二日）中，就報刊對華萊士的論文毫無反映一事對華萊士說：“對稍微超出物種簡單描述的框框的東西表現關心的博物學家是為數不多的”。達爾文接著指出，有兩位最優秀的博物學家——賴爾和加爾各答的勃萊特，要他注意華萊士的這篇論文。接著，他一再重複說，他的觀點非常接近華萊士的觀點，不過，這一次他補充說，他比華萊士研究得要深刻得多。
至於另一個問題——關於用來說明生物的共同性的海岸下沉問題，達爾文認為，華萊士比他進展要快些。的確，達爾文曾經用陸地下沉解釋過環形島的起源，但是我們看到，他是多麼激烈地反對把所有各洲“下沉”到很深的深度，多麼激烈地抨擊得到賴爾和虎克贊同的福勃斯的思想。看來，華萊士在給達爾文的信中，對馬來群島上的動物的地理分佈，他提出過類似的解釋，而達爾文在信的末尾寫了以下的話：“祝您的理論獲得成功，不過除了關於海洋島的問題以外；在這個問題上我準備鬥爭到底……”
達爾文和華萊士的通訊之所以