但有時候他就丟下這項工作單獨一個人或者同哥哥伊拉司馬斯一起去逛倫敦大街，看看有沒有出租的房子，以便他在同埃瑪結婚後能夠住在那裡。賴爾夫婦當時特別關心此事。
埃瑪到倫敦去幫助查理尋找房子，同他一起去看戲。最後在上高爾街選中了一套油漆得很漂亮的房子，於是便把單身什物搬到了那裡。這座老房子之所以吸引了這對年輕人，主要是因為它有一個小花園。
一八三九年一月二十九日，在梅爾舉行了婚禮，這對年輕人很快就去了倫敦。根據埃瑪（她毫不費力地一下子就擔負起了主婦的重擔）的書信來看，在婚後的最初一個時期，他們把很多時間用於接待客人的來訪，到最親近的人和熟人那裡赴宴和回訪他們的熟人。別人的這些拜訪可能使查理比他的妻子更加激動。
後來扎德教授描寫了達爾文這位熱情的主人當時給客人們留下的感覺。“我不知道有誰在同他接觸時（即使時間很短）而能不被他的個性迷住的。誰能夠忘記他在見面時那種親切的握手和在離別時那種溫柔地、長時間地不斷撫摸手掌的情景，而主要的是，誰能忘記他那引起面部整個表情變化的誘人的微笑……人們在回首往事時往往忘記哲學家深奧的哲理，而想起主人的熱情好客”。
一般來說，達爾文夫婦幾乎放棄了社交活動，過著非常安靜、深居簡出的生活。可是，達爾文的健康情況顯然越來越壞了，因此他不得不到梅爾和施魯斯伯裡再次長期休息。一八三九年底，達爾文添了一個兒子。他對兒子的觀察後來反映在他寫的《論感覺的表現》這本書中。父親愛孩子的情感是如此的強烈，以致連他本人都覺得有點意外。
他繼續（雖然是斷斷續續地）整理自己的地質論文，特別是《珊瑚礁》和《南美洲的巨漂礫和冰川》。他在地質學會作《關於某些火山現象之間的聯絡》的報告，他研究《貝格爾號動物學》的鳥類部分，即他在南美蒐集的那些鳥的生活方式和分佈情況；鳥類學家古耳路德對這些鳥進行了鑑定和描寫。
在達爾文沒有擺脫蒐集資料和思考理論這一階段以前，他一直從事關於物種和變種的研究工作。一八四一年一月，他寫信給有經驗的養禽家福克司說：“我將以感激的心情接受您的最微小的資料；對各種家禽和哺乳動物（如狗、貓等等）透過各種雜交而產生的後代的記述都是很珍貴的。”達爾文請求福克司，如果他那裡有雜交的非洲貓要死去的話，為了得到骨骼，請把它的屍體裝在一個小盒子裡寄來，並請求將由雜交而生出來的鴿、雞或鴨也寄來。這些東西對他來說“比得到任何鹿腿或最好的烏龜都更有價值。”
一八四一年初，他的那部關於珊瑚礁的著作終於問世了，書名是《珊瑚礁的構造和分佈》。關於這部著作的基本思想我們已經談過。不過有趣的是這部著作的成書情況。在這部著作中已經談到了達爾文所使用的不同於他的所有其他著作的那些方法的特點：第一是內容的廣泛性：他掌握了研究物件的所有詳情細節；第二是高度的概括性：他尋求並且找到了最能充分說明被考察的現象的規律；第三，他並沒有閉著眼睛不看他在總結時所遇到的各種困難；不但如此，他好象預先就在尋找這些困難，為是是克服它們，對它們加以專門解釋，從而預防人們可能向他提出各種反駁意見；第四，他能從各個方面觀察所研究的物件，在對研究物件進行考察時，他既是地質學家和地貌學家，又是動物學家，一句話，他是一個廣義上的博物學家。這樣，他就一步一步地使讀者相信，儘管有種種難懂、含糊和矛盾之處，但是他的觀點是最能為人們所接受的。在現代戰爭中，人們不能忽視任何東西，他們對一切細節都要預先估計，並在自己所佔領的一切地方鞏固起來，同樣，達爾文也表現出他特有的堅毅不拔的頑強性，他預先掌握了研究物件的難點，堅持自己的觀點，不掩飾自己立場上的任何弱點，只要他證明的各路大軍進行戰鬥的共同結果能保證他取得勝利就行。
在這部著作的第一章裡，他考察了環形島、珊瑚島。因為這些島嶼的起源問題曾經有過一些很不正確的、有時甚至是虛構的假設。他描寫了他親自研究過的環形島基林，描寫了暗礁外緣的珊瑚，圍成礁湖的珊瑚式的藻類地帶、礁湖本身、下沉到礁湖底層的沉積物以及靠吃淤泥和珊瑚的動物（綠鮶和管海參），描寫了暗礁和小島嶼的變化情況。他強調指出，所有這些為數極多而又分散極廣的島嶼露出海面並不高，而從礁石的表面算起，海洋通常越是很深的，這種深度就要求形成環形島的基地有很大的陡坡。
在第二章裡，他談了堡礁，