“《易》以東矣！”（《漢書·儒林傳》）
此後鄭玄遊學十年，而回歸於鄉里，因為貧困，客耕於東萊（今煙臺北龍口一帶），並聚徒講學，弟子多達千百人。東漢閹黨專權，宦官侯覽因為被一些地方上的“儒學行義”之事受到侵害，便諷奏朝廷，聲稱這些社會人士在“誹訕朝廷，疑亂風俗”。於是朝廷大舉“鉤黨”，和鄭玄有關係的地方官員杜密被作為此事件的要犯之一，鄭玄因為這一層關係也受到牽連，遭遇不幸。鄭玄受到黨錮禍害，他和同郡的四十多人被禁錮。鄭玄從四十四歲遭到禁錮，一直到五十八歲解禁，長達十四年之久。鄭玄索性“杜門不出，隱修經典”，潛心研究典籍，從而完成了一批經典的註釋。
漢靈帝中平元年（184年），由於黃巾起義以及輿論上的強大壓力，“黨錮”被宣佈解除，鄭玄的名聲也大震。比如何休是東漢今文經學大師，被稱為“學海”，但是鄭玄在與何休的學術論辯中，擊敗了他，被人們稱為“經神”。被稱為“五經無雙”的許慎，鄭玄也著有《駁許慎五經異義》。當時何休、袁紹等慕其名，屢請他為官，但是鄭玄皆不答應。有一次，大將軍何進要召見他，鄭玄躲避了。州郡因為何進是權戚，不敢違逆他，就脅迫鄭玄去。鄭玄這才迫不得已去見何進。何進對他“禮對甚優”，但是鄭玄堅決不穿朝服，穿著便服去見何進，只住了一個晚上就偷偷溜走了，所謂“一宿逃去”。
後來中平五年（188年）黃巾起義軍“攻破北海”，鄭玄避難於不其山（今即墨）。初平二年（191年），黃巾起義軍攻打青州，鄭玄又避難徐州。鄭玄的家鄉高密以及東萊郡都屬於青州，而徐州是指今天的山東南部以及江蘇的大部分。此期間，他和擔任過徐州牧的劉備有過接觸。也是在避難期間，誕生了鄭玄的《孝經注》。
鄭玄避難潛心注《孝經》（2）
正如鄭玄注云：“《孝經》者，三才之經緯，五行之紀綱。孝為百行之首，經者不易之稱。僕被難於南城山，棲遲岩石之下。念昔先人之餘暇，述夫子之志，而注《孝經》。”
南城山在哪裡？“南城”，《漢書》作南成，又稱南武城，在山東費縣西南。這個地方是曾子出身之地，也是曾子葬父之處，“南城山，曾子父所葬，在今沂州費縣西南”。（《後漢書·王符傳》章懷注）於是形成這樣的對比和聯絡：
曾子——南武城人——葬父處——《孝經》
鄭玄——避難南城山——父母墳未成——注《孝經》
特別是鄭玄的高齡之父去世了，有思念親人之情感在心頭回應，而且鄭玄在《戒子書》裡說過“末所憤憤者，徒以亡親墳壟未成”，這是說臨死難忘、憤憤難平的是死去雙親的墳墓還未建成。
他又在《戒子書》裡叮囑過兒子：“顯譽成於僚友，德行立於己志。若致聲稱，亦有榮於所生，可不深念邪？可不深念邪！吾雖無紱（，系印章的絲繩）冕之緒，頗有讓爵之高。樂以論贊之功，庶不遺後人之羞。”這是情感深沉地說，顯赫聲譽成就於同僚朋友之中，道德品行確立在自己的志向裡。若能獲致名聲稱譽，亦使得父母有榮光，能不深深掛念嗎？能不深深掛念！我雖然沒有高官顯位的功業，但頗有辭讓爵位的清高。自己以論贊之功為快樂，但也不會給後人留下羞辱。——鄭玄的這些理念，與《孝經》所說的是多麼吻合！
如此，他註釋《孝經》，實有種種觸發感念。因此有“念昔先人之餘暇”之句，也有“述夫子之志，而注《孝經》”之言了。鄭玄在《戒子書》中又說：“念述先聖之玄意，思政百家之不齊。”這也寫出了註釋《孝經》的動機。
《齊乘》卷四：“南武城，費縣南百餘里，齊檀子所守，漢侯國，屬東海；因為南城山而名。漢末黃巾之亂，鄭康成避難此山，有注經石室。”《十道志》還提到“今西上可二里所，有石室焉，週迴五丈，俗雲是康成注《孝經》處也”。
這裡也有兩個小插曲：一、《序》中所說的“避難”指什麼？或說是鄭玄避黨錮之難；但是大多數認為，此是避黃巾之亂難。二、是鄭玄作《孝經注》，還是他的孫子所作？鄭玄只有一個兒子叫鄭益恩，孔融在北海的時候，鄭益恩被推舉為孝廉，後來孔融被黃巾軍包圍時，鄭益恩赴難而獻身。鄭益恩有個遺腹子，即鄭玄的孫子，鄭玄認為孫子手的長相與自己很像，因此就取名為小同，後來小同也以通經著稱。又因《序》中有句話：“念昔先人之餘暇”，所以或理解為此是孫子對祖父的思念而言的，便有“蓋鄭胤孫所作”之說了。
鄭玄在那裡避難