軍機部部長盧俊義，下轄統帥司、軍法司、軍功司、軍情司，統帥司總統領為盧俊義，管理所有武將；軍法司乃原來的軍法部，軍情司乃原來的中情局，全部改動回來。軍法司總督察鐵面孔目裴宣，副總督察病關索楊雄、鐵臂膊蔡福、一枝花蔡慶（後兩位近期投奔梁山，原因是梁中書搞盧賊同黨肅反，把這兩位給逼過來了），轄有等一個營的督察，有執行軍法、監督軍紀和監控勞改等職責；軍功司司長為聖手書生蕭讓，玉臂匠金大堅為副手，負責軍功統計、稽核、與統帥司和政委司協商擢升軍職和軍銜事宜；軍情司即原來的軍情部和中情局，盧俊義仔細想了，還是將這個設定為司級好些，司長是拼命三郎石秀，副司長為鼓上蚤時遷、活閃婆王定六等人，轄有四五百位特工人員，安插在各個國家各個城市和各個機構。
政治部部長許貫忠，下轄政委司、宣傳司等機構，政委司總政委為許貫忠，當然負責管理每一級的政委。宣傳司，即原來的宣傳部，全稱為政治宣傳司，由鐵笛仙馬麟、鐵叫子樂執掌，向盧俊義負責，受盧俊義指導，負責對內對外對民的三重宣傳。
組織部負責復興黨和玄教的展建設，復興黨有盧俊義負責，玄教由公孫勝負責。
後勤部主要負責軍事後勤，由浪子燕青任部長，神運算元蔣敬任常務副部長，撲天雕李應兼任副部長，有神運算元蔣敬負責的統計司、白花蛇楊春負責的販賣司、神醫安道全負責的軍醫司、操刀鬼曹正負責的牲畜司、金毛犬段景住負責的軍馬司、紫髯伯皇甫端負責的獸醫司、浪子燕青親自負責的軍糧司、鬼臉兒杜興負責的炊事司、陶宗旺負責的屯田司。
………【第一百零三章 建獨龍堡】………
裝備部負責戰鬥裝備的研製打造，在意圖用技術的先進來彌補其他方面不足的盧俊義看來，這個裝備部特別重要，部長為堂弟大明家盧俊智，常務副部長為金錢豹子湯隆，轄有盧俊智負責的明司、湯隆負責的常規司（打造常規兵器盔甲）、玉幡竿孟康負責的船舶司、通臂猿侯健負責的紡織司、火藥司、弩炮司，當然還有為轟天雷凌振準備著的火炮司。
建設部為什麼單獨特設？是因為現在是冷兵器時代，城堡機關防禦很重要，而且盧俊義不準備讓外行人搞豆腐渣工程，所以任命青眼虎李云為建設部部長，九尾龜陶宗旺為他的副手，但凡城池建造、軍營建造、工事建造和修繕都要建設部負責。當然人手是要盧俊義撥給他們成建制的軍隊才可以，建設部的工匠做帶頭和指導工作。
梁山的基礎建設已經完畢，現在重點建設的是東平府，東平府整修的就是護城河、南門、西邊水門，另外再用水泥加固，不需要太多人手。
真正需要建設部全程跟進的則是獨龍堡的建設。顧名思義，獨龍堡是建設在獨龍崗上的城堡。盧俊義原本推動祝家莊，是因為當時並未想起兵拿下東平府，甚至在一開始拿下東平府後，盧俊義就想撤兵回梁山。但是非常大的問題出現了，梁山做為一個小島，根本容納不了那麼多俘虜和百姓。而且坐吃山空，糧食越來越少。做為戰略考慮，梁山以東地平原上的沃野良田是一定要佔領的，自然東平府也要佔領，但6地上光是一個東平府，很容易陷入重圍，必須要有另外一個城堡做呼應，盧俊義便看中了獨龍崗。
從地形上看獨龍崗依山傍水，易守難攻，從地理位置上看獨龍崗乃山東從南至北的交通要道。也是兵家必爭之地，獨龍崗離梁山有八十里地，離東平府也只有一百里地，如果在這裡建造一個城堡。變成掎角之勢，也有利於梁山根據地的防禦。而且東平府和獨龍崗之間的近三百萬畝良田也變成了梁山的囊中之物。
這次戰爭中俘虜官軍和宋江軍達到五萬五千人。在改編這些降兵時，要先整治一下，以儆效尤。跟許貫忠之前用過的方法一樣，讓這些降兵按照他們熟悉的團伙湊在一起，然後讓每個團伙推出曾犯有殺害無辜百姓、**良家婦女、坑蒙拐騙等惡行的人員。/再讓這些推出地人員再狗咬狗咬出潛在俘虜裡的兵痞兵霸，這樣的敗類足有七八千人。由於梁山有大規模的基礎建設，在用人之際，而且也不好剷除這麼多，只殺了為惡甚大地一千人，其餘七千人派往獨龍崗做勞動改造，自然是沒有工錢的，剩下地有近七千人是老弱病殘，也押往獨龍崗去築城，他們只有象徵性的一天一文錢，剩下的6軍第一軍第四師、第五師和第二軍的第二師。共三萬人。幾乎都是俘虜兵，整編以後。基層軍官都是盧俊義的嫡系人馬，這三萬人拉過來先做幾個月地勞動教育。另外獨龍崗三個莊的莊戶都要參加築城，原來祝家莊要拆