地時候，祝家莊的莊戶都跑去李家莊和扈家莊，後來聽說要分土地就趕緊又跑回來了。再加上也被拆了莊園的李家莊和扈家莊的莊戶，共計六七萬人的佃戶踴躍自建家園，他們完全免費，那些俘虜改變來的新兵開始領取梁山的軍餉，所以也不付給他們工錢。
整個獨龍堡的人工成本幾近於零，扒掉李家莊、扈家莊和祝家莊的寨牆和房子，有了足夠的石料、磚頭、木料，再配上梁山自主研製造地水泥，便在這三莊地原址上建造了一個比三莊連起來都大的大城堡。
城堡防衛地基本要點是儘可能讓攻城者陷入最高的危險並暴露最多的敵情；相對地，要把防衛者所承受的風險減至最低。一個設計優良的城堡，能夠以很少的兵力作長期而有效的防衛。擁有堅固的防禦，可以讓防衛者在補給充足的優勢下力守不屈，直到攻城者被前來解圍的軍隊逐退，或是讓攻擊者在彈盡源絕、疾病交加以致元氣大傷的情況下被迫撤離。
本著以上的防守要旨，獨龍堡開始了轟轟烈烈的建造。先建造了一個小城堡，又稱之為要塞，先是防止在建造外城過程中遇到敵軍來襲，可以躲進去負隅頑抗。要塞在大城堡中心，是大城堡駐兵所在地，也是大城堡的指揮中樞。如果外城遭外敵攻陷，梁山義軍可以撒守至要塞中作最後的防禦。
隨著時間演進，在青眼虎李雲和九尾龜陶宗旺的指揮下，建設部的工匠們指點著其他近十萬人，開始從要塞逐漸向四周擴建，包括內城牆和炮樓，以作為要塞的第一道防線。
獨龍堡依託著獨龍山而建，一部分城牆是建在懸崖或其他高峭的地方，防禦力比平地建城高上很多。城牆的基石自然是獨龍上的巨石，然後再用水泥連線大青磚，內牆外牆是兩三層大青磚，中間是結實的黃土。城牆高達五丈，寬二米，十分堅固。
盧俊義嘗試著用了歐洲的多面稜堡建構來打造這個獨龍堡。這個城堡不是傳統的四方，倒是像一個五角星，其中一個角是依託山勢懸崖所造，所以要防禦的只有三個內角，三個城門建在三個內角處，突出的稜角上分佈了多個炮樓，上面安放著弩炮兵和許多弩兵，有效地掩護了城門和城牆的安全，把死角完全消除還大大擴充套件了防禦線。進攻方對稜角單獨攻擊也會由於正面狹窄而處於兵力劣勢，稜面的設計使得防守方不存在火力死角。退一步說，即使攻擊方偷襲稜角得手，也沒有展開兵力的空間和通道，基本會立刻被四面八方砸過來的火力打下去。炮樓也是箭塔，處於突出的稜角上，讓身在箭塔的防衛者可以沿著城牆面對的方向對外射擊。而城角的箭培，則可讓防衛者擴大攻擊的面向，向不同的角度作出射擊。箭塔可以讓守城人從各個面向保衛城門。炮樓箭塔會隨著防禦的要求不斷地在城牆上加建。
城牆和箭塔會不斷地被強化，以提供防衛者更大的防護。在城牆頂端後面的平臺，可以讓防衛者站立作戰。在城牆上方所設定的隘口，可以讓防衛者向外射擊，或在作戰時，得到部份的掩蓋。這些隘口可以加上木製的活門作額外的防護。狹小的射擊口可以設定在城牆裡，讓弓兵在射擊時受到完全的保護。在攻擊期間，木製平臺會從在城牆或箭塔的頂端伸出，讓防衛者可以直接射擊牆外的敵人，如果敵人有備而來，防衛者可往他們投下石頭或騰沸的液體。隱藏在上方的木製平臺會保持溼潤來防火，與它具有相似功能的石制拱施被稱為堞口，會設定在城門的上方或其他重要的據點。
獨龍堡門前就是從獨龍山流向梁山水泊的香水溪，這個溪流並不大。盧俊義便讓人將香水溪挖深挖闊，成為真正的護城河。另外挖得很深的護城河也會增加了敵人在城堡底下挖掘地道的困難度，因為地道如果在挖掘期間坍下，挖掘者就很容易被護城河的河水淹溺。然後建吊橋，橫跨護城河，讓城堡的居民方便在需要的時候進出。遇到危急時刻，吊橋會被吊起，以恢復壕溝的作用並緊閉城牆。吊橋由城堡內的機械吊起，免於攻城者的進襲。
獨龍堡大城堡中心的小城堡，是軍事要塞，又稱為內城，駐紮了梁山義軍6軍第一軍第三師，這是獨龍崗上的子弟兵。獨龍堡的外城門和內城門之間的開放區域就被稱作外城。外城裡生活的是獨龍崗上的居民和梁山的屯田兵。
平常時候，只要少數計程車兵就能夠防衛城堡。在晚間，所有的吊橋都會被吊起，閘門並會落下以緊閉門口。在攻城的威脅下，自然會需要更多的兵力去防衛城堡。
當攻城者作出攻擊、或企圖排走護城河裡的水、或填平護城河時，就會出動足夠的弓兵和弩兵，從城牆上或箭塔上向攻城者射擊。只要攻擊能造成