方天定的得力部將也折損大半，方天定在石寶、厲天、司行方三位元帥和殘餘將士保護下，逃出蘇州，敗往秀州。
秀州守將是方臘弟弟方七佛，此人智勇雙全，如果堅守不出，亦可將秀州守住，奈何形勢比人強，方天定是方臘太子，方七佛必須出兵前去救援。方七佛在救援方天定殘部時，被折可存軍擊敗，方七佛本人也死在亂軍之中，而方七佛的部將段愷留守秀州城，在宋軍圍困秀州城時，他聞知方七佛已死，便獻城歸順了趙宋，
州被童貫佔領。杭州岌岌可危。
而方天定在石寶等人地死命護從下。掙脫重圍。敗往杭州。隨後方臘大軍將杭州團團圍住。進行了數月地攻擊。方臘虐殺宋朝官吏。導致沒有幾個士子肯投奔與他。使得他手下沒有治政人才。前期他為了籠絡人心。宣佈免除糧稅。後來為了籌集糧餉又大肆徵集田賦稅收。普通百姓都是朝三暮四之人。誰還記得方臘之前免除糧稅之情。都忌恨於他後來加重稅收之患。而方臘喪失人心籌措地糧餉也不敷使用。被童貫大軍圍城三個月。便告糧盡援絕。被迫退出杭州。
之後方臘屢戰屢敗。被迫退回老巢清溪縣幫源洞。在敗退過程中。方臘太子方天定戰死。其餘諸將也都有折損。而王寅、呂師囊被不明真相地宋軍救出大牢。呂師囊逃往仙居。糾合舊部。繼續反宋。而王寅見方臘大勢不可逆轉。便尋思投奔女婿盧俊義。他知道盧俊義對方臘軍中數位將領仰慕已久。便前去找尋那些將領。準備帶著他們從海路投奔盧俊義。
後來朝廷又派劉延慶、王稟、楊惟忠、辛興宗等宿將前來增援童貫。一起圍殲方臘餘部於幫源。方臘軍散佈在其他地方來不及回援地部將都如喪考妣。自此摩尼教失去靈魂。兵敗如山倒。方臘被俘後。義軍各部繼續轉戰江南各地。童貫派郭仲荀、劉光世、姚平仲等領兵分路鎮壓。宣和二年五月。台州仙居縣義軍由俞道安帶領。從溫州永嘉縣楠溪攻佔樂清縣。義烏縣義軍據天仙峒。壽昌縣義軍據月溪峒。與宋軍激戰。天仙峒、月溪峒相繼陷落。蘭溪縣靈山峒義軍胡姓、祝姓二將與宋軍劉光世部奮戰。胡、祝等一千六百多人戰死。五月。宋軍姚平仲部攻陷台州仙居境義軍據點招賢等四十多峒。方五相公部義軍接連失利。
宣和二年五月。仙居義軍呂師囊轉移至黃岩。宋軍折可存部自三界鎮追擊。呂師囊率部給折可存、劉光世等部宋軍以迎頭痛擊。並攻克樂清縣城。還會同青田起義農民攻打溫州。重創宋軍姚平仲、楊震等部。江淮荊浙宣撫使童貫調十五萬西北勁兵鎮壓浙東義軍。呂師囊部受壓力越來越大。形勢惡化。七月。義軍被圍困在黃眼石口。血戰竟日。突圍時軍師呂助被俘犧牲。七月十六日。呂師囊聯合永嘉義軍俞道安部。再攻溫州。圍城一月。終因宋援軍趕到而再次失利。俞道安在永寧山陣亡。義軍在黃岩斷頭山遭宋軍折可存部圍困。宋軍以輕兵從山後偷襲。義軍戰敗。呂師囊得力部下“霹靂神”越州張近仁、“巨靈神”杭州沈澤、“太白神”湖州趙毅、“太歲神”宣州高可立盡皆戰死。呂師囊傷重跳崖被俘。解至臨海。先被箭射。後遭裂屍。
與此同時。王寅聯絡到石寶、厲天、司行方等人。勸服他們一起投奔盧俊義。藉助盧俊義地力量為摩尼教報仇。石寶等人聽從。便帶著原方天定尚存地幾位偏將厲天佑、吳值、黃愛、晁中、薛斗南、徐白、張韜、貝應夔。跟著王寅準備從明州越海去山東。王寅一行喬裝打扮。逃往明州途中。遇到從睦州逃出地原參政沈壽、桓逸和方臘親軍指揮使白欽、夏侯成、殿前太尉鄭彪、靈應天師包道乙等人。王寅便又說服這幾人跟隨自己一道前去山東。因王寅原是摩尼教護教法王。地位尊崇。眾人在絕望中摸到一根救命稻草。都紛紛聽從。
在王寅一行即將到達明州時，又遇到小養由基龐萬春和他妹妹龐秋霞以及他兩個副將雷炯、計稷護著方臘義妹百花公主也潛逃至此。百花公主聽聞王寅一行準備前去投奔盧俊義，起初並不同意，但經不住王寅的耐性勸服。方百花知曉自從方臘被擒，摩尼教再無一呼百應之人，便如一盤散沙，在官軍重壓下，留在浙江想要復仇比登天還難，便同意去投奔山東盧俊義。但他們遇到了一個大問題，那就是沒船，無法渡海前去盧俊義治下的舟山群島。
就在這時，他們又見到幾個熟人，前金吾上將軍方傑、原兵部侍郎高玉、驃騎上將軍杜微三人，方傑上前招呼眾人上船，原來方傑三人也逃到海邊，被號稱浙江四龍的原方臘水軍四位總管成貴、翟源、喬正、謝福救到船上。（未完待續，如欲知後事如何，請登6章節更多，支援作者，支