了還不夠交稅。農民只好不採茶，採了的也忍痛倒在溪裡。時值浙西大旱，七八月都不見有雨，禾苗焦黃，秋收無望，而官吏卻逼稅。與此同時，趙喜花石竹木，在江南設“蘇杭應奉局”，派朱勔等爪牙到東南各地搜刮民間花石竹木和奇珍異寶，用大船運向汴京，每十船組成一綱，時稱“花石綱”。青溪多產繡木漆，是應奉局重點酷取之地。沉重的負擔都轉嫁到農民身上，尤其是靠出賣勞動力度日的赤貧身上。方臘身為傭工更痛感這種剝削壓迫之苦，因而對宋王朝的統治懷有刻骨仇恨，遂起反抗之心。
政和三年十月，方臘在萬年鄉洞源里正方有常家做傭工，積極聯絡四方百姓，準備起義。他們的秘密活動被方有常覺，便派二子方熊向縣告。十月初九，方臘現事洩，遂在洞源村殺里正方有常一家而舉義。方臘集合千餘人，在洞源村東方有常家的漆園誓師。在誓師會上，方臘慷慨陳詞，悲憤交集地控訴：“今賦役繁重，官吏侵漁，農桑不足以供應。吾儕所賴為命漆竹木耳，又悉科取，無錙銖遺。”“且聲色、狗馬、土木、禱祠、甲兵、花石靡費之外，歲賂西、北二虜銀絹以百萬計，皆吾東南赤子膏血也！”“獨吾民終歲勤動，妻子凍餒，求一日飽食不可得，諸君以為何如？”他估計當時形勢，指出：“東南之民，苦於剝削久矣，近歲花石之擾，尤所弗堪。諸君若能仗義而起，四方必聞風響應，旬日之間，萬眾可集。”“我但劃江而守，輕徭薄賦”，“十年之間，終當混一矣！”
方臘提出鮮明的政治口號和政治主張，付之於起義實踐。他領導的義軍燒孔廟，毀神像，殺貪官汙吏。批判佛教教義中“是法平等，無有高下”的虛偽性，指出“是法平等無，有高下”，主張實現真正的平等；“劫取大家財，散以募眾”；“有甚貧，眾率財以助……凡出入經過，雖不識，黨人皆館穀焉，人物用之無間，謂為一家。”
方臘的政治主張和起義行動，深受貧苦百姓的擁護，數日間聚眾十萬。自號聖公，改元永樂，置偏禆將，以巾飾為別，自紅巾而上，凡六等。鎮壓幫源一帶地主武裝的反抗，佔領青溪
重鎮萬年鎮，隨即向縣城進。這時，兩浙路顏坦帶領五千兵前來征討。十一月二十八日，方臘將他們一舉殲滅在息坑。這是方臘義軍旗開得勝的第一仗。次日，方臘打下青溪縣城。十二月打出青溪縣，四日攻佔第一座州城睦州。隨後攻下睦州各縣。青溪縣，俘獲縣尉翁開。十二月初，攻克睦州，佔據壽昌、分水、桐廬、遂安等縣。
不久，向西攻下州，全殲宋東南郭師中部，東進攻克富陽、新城，直趨杭州，以“殺朱勔”相號召。杭州是兩浙路的府，又是造作局所在地，花石綱指揮中心之一，聚集著大批官吏和富商、地主。十二月二十九日，起義軍攻入杭州，殺死兩浙路制置使陳建、廉訪使趙約，知州趙霆逃走。積怨已久的群眾，在杭州捕捉官吏，掘蔡京父祖父墳墓，暴露其骸骨。各地百姓紛紛揭竿而起，響應方臘起義：浙北有蘇州石生和湖州6行兒，浙東有縣裘日新，浙南有仙居呂師囊、永嘉俞道安，浙西有州東陽霍成富，蘭溪靈山朱言、吳邦。這時在浙西的方臘部將鄭魔王、洪載和響應部隊已佔領了州、衢州、處州等地。各地農民望見義軍的旗幟，聽見鼓聲，就跑來迎接，參加義軍的更是“項背相望”。
方臘在杭州作出了分兵“盡下東南郡縣”的決策，派方七佛率領二十五萬人馬進攻州，以圖北上，攻取金陵，實現“畫江而守”的計劃。方七佛一舉攻下崇德縣，進圍杭州東北的州，並分兵進入湖州境內。同時方臘率領主力南征，相繼攻下、衢兩州。義軍王寅部北上攻克宣州，進圍廣德軍。二年後，義軍先後攻下十州七十多縣，包括浙江省全境和安徽、江蘇南部、江西東北部的廣大地區。
高俅率領四十萬禁軍南下進剿方臘義軍，一路上縱兵燒殺搶掠無惡不作，有時不管信不信摩尼教都一律殺一律燒。那些聽聞或目睹官軍惡行的江南百姓，不管信不信摩尼教，都紛紛加入了方臘的義軍。加上盧俊義派往高俅軍中的臥底特工給方臘軍有關高俅的軍事情報，使得方臘軍屢次搶得先機，將高俅打得落花流水，節節敗退，而方臘軍愈壯大，幾乎將趙宋的東南賦稅之地全部佔領，切斷了宋王朝的經濟命脈。
趙宋朝廷驚恐萬狀之下。只好跟西夏媾和。結束西夏之戰。將最精銳地童貫西北軍調往江南。進剿方臘義軍。童貫任江浙等路宣撫使。矯詔撤銷蘇、杭造作局和停運花石綱。罷黜朱氏父子兄弟地官職。釜底抽薪地鬆懈了義軍地鬥志。而方臘地摩尼教畢竟是舶來品。又沒有佛教那般為了傳教無所不用其極甚至