有很長的歷史，鮑林自然就想到如何從全世界人口中消除有害基因的問題。從1959年到1962年，他在許多講話和好幾篇論文中，一再強調應當杜絕先天性異常的因素從一代傳給下一代的現象。此時，他和祖凱康德爾雖然反對直接優生的做法，不主張利用精子庫生育父代不明的孩子，但是他們贊成採用另一種手段。
“人類的素質在下降，”有一次他對聽眾說。“我們需要在這方面幹一點名堂。”這裡所謂的“名堂”，是指對不良基因的載體進行識別和控制的工作。“在我們看來，從人類的遺傳過程中消除那些明顯會導致病態或帶來巨大痛苦的基因，人們在法律上是不會反對這一設想的，”他和祖凱康德爾寫道。比方說，兩位同是鐮狀細胞的攜帶者就不宜結為夫婦；如果只有一方是攜帶者，那也應當少生育。這也適用於苯丙酮尿症患者和分子型病患者。他們寫道，“在婚姻問題上莽撞和冒險，再加上盲目和無知”，容易導致人類基因庫的汙染，因此是不能容許的。鮑林說，要是靠自覺解決不了問題，也許就須制訂和實施相應的法規了。
優生學受到青睞，這就提醒了我們，要是真的讓科學家來管理我們這個社會，將會是怎樣的情況。不過，對鮑林來說，這還是問題的一個非常次要的方面，他更大的興趣是要用分子來探尋進化的蹤跡。
在鮑林看來，“分子鐘”這一概念只不過是對他講了四十年的一個論點的證明：凡事都是從分子結構演變而來的。化學，醫學，進化，還有大腦的功能，都是與分子結構有關的問題。“當人被痛苦地逐出天堂時，人的心目中就有了善和惡的分野，這也是一種分子型疾病，其實也就是所謂的進化，”他說。為了解釋生命的起源，根本就沒有理由求助於迷信，求助於什麼“生命力”，或者求助於宗教的信條。“生命”，他在1962年寫道，“就是分子之間的聯絡。”
對辦公場地的爭鬥
鮑林在分子層次上探索的那些問題，斯威夫特一點興趣也沒有。作為加州理工學院化學和化學工程系主任，斯威夫特關心的是，鮑林很少在系裡上課，行政事務又不管，實驗室裡也看不到他的身影。他永遠在世界上另一個地方，在核試驗問題上惹是生非，向總統拍發一些火藥味實足的電報。斯威夫特經常巡視各大樓，探頭看一下鮑林的幾間研究室，看到的景象使他直皺眉：一些醫生走來走去，手裡拿著一管管尿樣和大猩猩的血，生化研究人員則忙著向金魚身上注射麻醉藥，
在斯威夫特的指導下，化學系正在發生著變化，鮑林手下的人就有點不適應，“他們中有些人，”斯威夫特明確地說，“不用說水平不高，而且他們研究的課題就不大合我們的胃口。”科裡是一位優秀的學者，舒梅克和其他幾位鮑林早些時候的助手也不錯。“但是，另外還有一些人，”斯威夫特說，“特別是那些偏向於進行醫學和生化研究的人，就很成問題了。”
斯威夫特新近僱用了許多正統的化學家，然而辦公室不夠。最有可能擴大辦公場地的目標就是鮑林的教學實驗室——再說，其中有幾個地方似乎有一半空關著未利用——系裡多數人認為，其中有些房間可以提供給那些成果較多的研究人員。但是，斯威夫特不想去頂撞鮑林。至於怎樣才有利於化學系的工作，他有自己的看法，但是，他畢竟在鮑林手下幹了那麼長時間，親眼看到過他取得了那麼多成果，因此實在不忍心在自己的事業快要結束的時候，再去剝奪鮑林使用實驗設施的權利。“（斯威夫特）在這件事情上情緒很低落，不願再刺激鮑林，”杜布里奇回憶道。1963年初，斯威夫特退休了，這個問題也就留給了下一任系主任。
傑克·羅伯茨是一位很有才幹的有機化學家，他接任了系主任之職。相對來說，他比較年輕。無論在哪種意義上，他對鮑林的政治活動都不大關心，他向來就喜歡獨立思考。新官上任，總得放幾把火，向校長和董事會證明一下自己的能力。既然斯威夫特和杜布里奇都認為需要更多辦公的場地，他就有責任解決這一個問題。作為系主任，羅伯茨上任後首先做的事情中，有一件就是要找到鮑林，向他解釋系裡的需要。他記得，當時鮑林儘管對這次談話感到不高興，但他還是很有禮貌地同意縮減自己辦公的場所。
鮑林對此事的回憶則更為詳細。他說，羅伯茨對他講，“這些搞醫學的人在這裡不合適，”要他在兩個月的時間裡，讓那些精神病研究的專案下馬，並堅持要他讓出實驗室面積的一半。鮑林不願在這麼短的時間裡解僱那些研究者，作為緩兵之計，提議讓出自己辦公的場地，分階段淘汰從事麻醉