劑專案的研究人員。這一爭議被提到化學系系務委員會會議上討論，最後達成了一項折衷的辦法，鮑林放棄了較小數量的辦公用房。
這是一件令人煩惱的事，它表明鮑林與自己所在的系科的關係已經惡化到了怎樣的地步。“鮑林談及此事時氣得幾乎說不出話來，”杜布里奇回憶說。“他認為，這是莫大的侮辱——竟然要他讓出科學研究的場地。”
此時，加州理工學院進入了一個新時代，相繼冒出了一批新星，都是物理學家，如費因曼①、默裡·蓋爾—曼等。相形之下，化學系則在走下坡路。鮑林時代的紅人已一個個離去；其中最大的損失是，他的老朋友、也是他的宏偉計劃的共同制訂者比德爾在1961年到芝加哥大學當校長去了——比德爾後來說，他作出這個決定是比較容易的，因為加州理工學院對待鮑林大不公正了。由於德爾布呂克仍在職，生物系仍然與鮑林的研究工作比較接近，也比較看重，但學校其他部門的人似乎都已忘記鮑林曾經為學校做過的工作。儘管如此，鮑林對學校內部實行的方針和作出的決定仍閉口不語。他讓出了親自負責建造起來的實驗室裡自己所管轄的那部分場地，但在公開的場合，卻從來沒有說過一句不利於學校的話。
①費因曼（Richard Feynman，1918—1988），美國物理學家，因修正舊量子電動力學不準確的內容，與人共獲1965年諾貝爾物理學獎。
私下裡，他已經認定，是應當離開加州理工學院的時候了。這倒並不是一個全新的打算；可以追溯到五年以前杜布里奇撤去他化學系主任之職的時候。從那時開始，他就一直在謀劃著此事。1960年，他曾考慮過仿照普林斯頓高等研究院創辦一所私立的西海岸學院，甚至到蒙特裡附近一個地方察看過校址，但在瞭解到所需費用之後，就放棄了這個念頭。第二年初，他曾探索過有沒有可能到斯坦福大學設在太平洋格羅夫的霍布金斯海岸站工作。後來，1961年秋天，他又認真考慮過到洛杉磯加州大學醫學院擔任藥物系講師的事。由於他整個身心都投入了和平運動，這一切就都擱置在一邊了。
但在侵佔他的實驗室事件發生後，他開始認真起來了。他給當時已經擔任斯洛恩基金會會長之職的韋弗寫信，詢問有無可能提供資助支付他五年工資，好讓他重新作安排。（對方回答不可能。）他又與影印機發明人切斯特商量，希望他提供私人援助。此人曾經資助他召開奧斯陸會議。鮑林希望做一些準備工作，以便在1963年夏天離開加州理工學院，獨立自主地從事科學研究。
想到要離開這一個自己度過了全部學術生涯的地方，考慮著向四十多年來與自己朝夕相處的同事和朋友訣別，他難過的心清也就不言而喻了。但是，他認識到，這已成了他不得不走出的一步。
此時，從禁試戰線傳來了令人喜出望外的好訊息。美國和蘇聯都從古巴導彈危機事件中清醒過來，開始進行認真的對話。1963年6月10日，肯尼迪宣佈，美國將停止大氣層試驗，作為支援正在進行的日內瓦會談的一種表示。幾個星期以後，赫魯曉夫發出了回答的訊號，宣佈蘇聯已經同意部分禁試的建議，從而繞開了棘手的地下核試驗核查問題，因為地下核試驗不在禁試之列。
1963年夏天，突然間，事事都一帆風順。由於允許進行地下核試驗，蘇聯人提出的許多反對意見一下子全都消失了。雙方都想要進一步發展核武器，但是又希望不要散發出放射性塵埃。
8月5日，經過5年的談判，美國和蘇聯簽訂了一項禁止在大氣層、外層空間和海底進行一切核試驗的條約。正如肯尼迪所說，這一冷戰時期第一項重要的限制武器的條約，是“一線黎明的曙光”，它標誌著核試驗放射性塵埃時代的結束，預示著談判將有美好的前景。9月24日，美國參議院透過了這一條約；10月7日，總統正式在條約上簽字。
人人都舉手贊成——其罕鮑林也沒有例外，儘管有一些保留。“我們很高興，美國參議院批准了禁止核試驗條約，”鮑林在給施韋策的信中說。儘管不完美——允許進行地下核試驗，就是允許繼續進行軍備的競賽——但它的確結束了釋放出更多放射性塵埃的風險。它不會終止戰爭，但這是在前進方向上邁出的一步，也是非常重要的第一步。
10月初，鮑林夫婦在訪問南美洲一段長時間以後回到國內：他們在那裡就像外國外交官那樣受到好幾個國家總統的歡迎。弗吉尼亞州和平和人權運動人士克利福德·杜厄和弗吉尼姬·杜厄到加利福尼亞訪問並作學術報告，鮑