是由一幫得克薩斯實業界人士、右翼分子和親約翰遜的支持者策劃的。此外，他把愈來愈多的時間用於研究和談論一個新問題：越南問題。
“我說不大清楚我們為什麼馬上要做那麼多事情，也許我們總認為自己應當比一般人多做五倍事才對，”愛娃寫道。“不過，我也吃不準這種想法對不對。”在這一階段裡，她在信中不斷提到，她擔心他們在生活中承受了很大的壓力，鮑林拼命地工作，他們為共和黨總統候選人戈德華特能不能當選感到悲觀。“在此一切都好，”愛娃寫道，“就是法西斯分子愈來愈猖狂……這個研究中心也許應當更名為‘美國民主制度失效研究中心’。”
1964年總統競選期間，總算顯現出唯一的閃光點。這倒不是因為約翰遜贏了——“有人說，約翰遜當了總統，但贏得選舉的是戈德華特，這種說法還是有些道理的，”愛娃寫道——而是因為鮑林得到了兩千五百張要他擔任加利福尼亞州長的選票。
接下來是不很愉快的兩年。鮑林為民主制度研究中心花去的時間越來越少，個人出外訪問和工作的時間卻越來越多了。他們兩人關注的焦點已從禁試問題轉向越南戰爭。鮑林譴責這場戰爭不但違反憲法——他的論點是，約翰遜未經國會宣佈就進行了戰爭——而且是沒有必要的。1965年2月，研究中心在紐約舉辦了一次名為“世界和平”的活動，鮑林在會上尖銳地抨擊了美國的政策。會後，他起草了一份致世界各國領導人的呼籲書，支援立即停火併尋求政治解決的辦法。十名在世諾貝爾和平獎得主中八名在呼籲書上籤了字。鮑林將這份關於越南問題的呼籲書寄給了世界上許多國家的領導人，然後還試圖充當調停人，將胡志明的回信轉交給約翰遜。但是，白宮並沒有理會他所作的努力。
鮑林現在僅有的科學工具就只有筆、紙和計算尺了。1965年夏天，他又轉向純物理學，研究有關原子核結構的一種新理論。在這個問題上，他同樣是用原子建築師的觀點開展研究工作的。他將自己的研究成果稱為“緊包裝球子論”，用他描述晶體結構時所用的方式刻畫了原子核結構。考慮到有關的尺寸和電荷分佈的情況，他將原子核看作為邏輯上具有某種特定形式的一團微粒。他還試圖將20年代關於晶體學總結出來的一套鮑林規則沿用於核物理。雖然這對現有理論是一種很有意義的簡化，但是在理論上並沒有多大的新突破。因此，當這一結果在1965年國家科學院的一次會議上公開發表時，僅得到一些物理學家非常勉強的認可。
1966年2月，鮑林慶祝了66歲生日。此時，他的心情越來越煩躁，精力也越來越分散。他既沒有研究的助手，又沒有具體的課題，政治上也沒有引人注目值得全身心投入的鬥爭。
但是，在其他一些領域裡，他卻發起了幾場鬥爭，法庭又準備受理他提出的幾起訴訟。有幾個案子在前幾年就已不了了之了。比方說，在他協助上訴的第二個案子中，被告是國防部，這場官司一直打到最高法院，1964年中，最終審定原告根本無資格提出這一場訴訟。
此外，幾宗要求賠償的案子仍然費去了鮑林不少的時間和金錢，其中有兩個案子是鮑林向貝林漢姆創辦的報紙和赫斯特報業集團分別提出控告的，最後的結果是庭外解決，鮑林只得到要求賠款的一小部分——3。5萬美元，而原先要求數為100萬美元。另外有兩家報紙，一家是聖路易斯的《環球民主黨人報》，另一家是紐約的《每日新聞》，打算與鮑林在法庭上相見。經過多年的準備，兩個案子終於開庭審理了。雙方在法庭上進行了多次長時間的唇槍和舌戰，最後卻以有利於報紙的判決告終。
鮑林對兩案的判決不服，準備上訴，因此，又花了幾個月時間與律師交談，提供證詞，蒐羅證人等。這對鮑林、愛娃和許多朋友都是一件累人的事。大家花費了大量的時間和金錢乘飛機在各地奔波，一而再三地證明，根據他們的觀察，鮑林是一位偉大的科學家，決不是共產黨員。《每日新聞》一案一直到1965年才結案，美國最高法院拒絕複議不利於鮑林的判決；《環球民主黨人報》一案歷經波折，拖到1966年才開庭複審，但最後結果無疑仍然偏袒報紙一方。
不過，鮑林提起的訴訟——或者揚言要訴訟——還是起了一些作用的。有時候，他發出威脅，聲言要控告報刊業主，報紙往往會發表更正啟事或者收回言論和宣告。鮑林雖然在法庭上輸了，但報刊的老闆和編輯總算嚐到了鮑林的滋味，要是他們膽敢使用錯誤的語言來傷害他，他這個人就會不惜工本在法律上與他們周旋。正是由於鮑