入原子能委員會理事會——用鮑林的話來說，就是在他的印象中，奧本海默是一個不可靠的人。他還認為這與奧本海默的“個人品質”有關——但是，此時他對這位從前的朋友所處境遇卻深表同情。認識奧本海默的人都相信他是一個左派。50年代初，聯邦調查局整理了一份檔案材料，放在檔案架上厚達十英尺。這些材料詳細地記載了奧本海默對共產黨人的同情、交往和友好情感。雖然其中決無他充當間諜之嫌疑，但有證據表明，他在不同場合曾經隱瞞事實真相或當面撒謊，將自己打扮成一個遵紀守法的人，而不是像調查他的人所說的那樣，是一個“心胸不夠坦蕩的人”。要是奧本海默是一個普通的平民百姓，或者是一位科學家手下的無名小卒，他可能早在幾年以前就被逐出門外，不讓他參與機密工作了。然而，他是一位大名鼎鼎的科學家，對國家的重大專案來說是一個舉足輕重的人物，自然不可等閒視之。因此，儘管他表現欠佳，多年來仍一直有資格查閱任何級別的機密資料——但是，艾森豪威爾上臺以後，情況發生了變化。
在這種情況下竟然公開羞辱奧本海默，似乎是荒唐可笑的。在鮑林看來，這完全是出乎政治上的需要。奧本海默已被看作為研製更多威力更大的炸彈的一個障礙。奧本海默為自己作了辯解，整個事件也就演變為一場全國性的爭論。鮑林和幾十名科學家一起，紛紛挺身而出，為奧本海默辯護。鮑林在政治上又開始大聲疾呼，他寫了一篇慷慨激昂的短文，刊載在1954年五一節的《國家報》上。“將羅伯特·奧本海默博士視作安全的危險而禁止他參與機密工作……實屬美國政府的一次很不光彩的行動，”他這樣寫道。“任何一位頭腦正常的人，只要考察一下實際情況，就一定能得出結論：奧本海默是一位忠誠而又愛國的美國人。原子能委員會的達官貴人也一定能得到這一結論，艾森豪威爾總統本人也不應例外。照此看來，我們不得不認為，政府最近採取的這次行動是政治謀劃的結果——奧本海默博士則成了為政治所拋棄的犧牲品。”接下去，鮑林敦促美國領導一場有多方面參加的科學和政治探索，尋求“一種實際可行的方案來替代原子能野蠻時代的瘋狂行為。”
那個月晚些時候，奧本海默最終還是被剝奪了參與機密工作的資格。
對科學家來說，此案是殺雞儆猴，警告他們要安分守己。然而鮑林可不買這個賬。“兩年來，在政治行動方面，我一直嚴格剋制自己，”他在給一位朋友的信中這樣寫道，這位朋友曾讚揚他在《國家報》上發表的那篇文章。“我算是看透了！將話憋在心裡不說，不但是錯誤的，而且也不值得。”
鮑林又回到了政治的漩渦中。新的“超級炸彈”以及伴隨產生的放射性塵埃，成了他一系列演說的首要話題；與此密切有關的另一中心議題就是奧本海默一案及其對科學自由的影響。6月，鮑林的女兒在俄勒岡裡德學院畢業，鮑林在該院舉行的畢業典禮上發表演說，嚴厲抨擊華盛頓在奧本海默案中“無法正常思考”。鮑林對與會的畢業生及其家長說，“你們必須永遠追求真理。客觀真理不會屈從於主觀認識。你的鄰居與你的看法相左，你得服從真理；一個國家發表了某一宣告，另一個國家卻一聲不吭，你同樣也得追求真理。”
在放射性塵埃問題上，全國範圍內的爭論日趨激烈，追求真理的任務似乎也愈益艱難。原子能委員會在其新任主席劉易斯·斯特勞斯的領導下，執意壓下了有關資料，不肯向外界透露放射性塵埃的汙染程度和有害後果，意欲表明核彈試驗計劃至關重要而又非常安全。因此，問題更加撲朔迷離，以致在1954年春夏兩季這段相當長的時間裡，幾乎誰也講不清楚放射性塵埃到底會產生怎樣的影響。在無過硬證據的情況下，種種猜測應運而生，人們議論紛紛。鮑林像往常一樣，開始廣泛涉獵能夠找到的有關資料並作綜合分析。放射性塵埃產生的影響逐漸在他的頭腦中形成一幅駭人聽聞的圖景。在自然界原本存在以及在醫療過程中產牛的放射源——包括地球上的放射性元素、X射線和宇宙射線——是放射性現象的“基底”。與此相比，核彈試驗以散落塵埃的形式所造成的放射性汙染只是其中的一小部分。但是，放射性會損壞DNA，受到放射性照射的總量的微量增加就足以造成這一後果。根據鮑林的計算，放射性增加的微小劑量決不能輕易忽視，因為它可能增大人體細胞的變異速率。他開始發表演說，撰寫文章，論述放射性塵埃與細胞變異之間的關係，並且更加勤奮地鑽研小劑量放射可能造成的影響，特別是對基因造成的影響。
6月，鮑林再次向有關方面