這將是一個巨大的專案，將涉及上千名科學家。他們都集中在新墨西哥州洛斯阿拉莫斯鎮一處山頂上改建的一所小學裡，保安措施非常嚴密。大多數工作將由物理學家完成，但是也會涉及到相當多的化學工作。他問鮑林是否對領導這一專案的化學組感興趣。他說，參加這個專案一個額外的好處是能夠得到珍稀的放射性示蹤劑氖，鮑林在化學生物學的研究中非常需要這一種物質。
鮑林很快就作出了答覆。做一群物理學家的下屬——特別是直接在奧本海默的領導下工作——令他反胃。將自己的妻子和孩子帶到新墨西哥州荒漠極端保密的新兵訓練營中去也絲毫提不起他的興趣。他拒絕了這一邀請。他說：“並不是因為我覺得發展核武器有什麼不對，而是我手頭還有別的工作。”
鮑林有很多事情要操心。戰爭初期他就成為科學研究和發展局西部醫藥研究委員會的一名成員，成了幫助軍方解決最緊迫的醫療需求的顧問。他獲悉成千上萬名士兵由於休克而死亡，原因僅僅是因為得不到血漿。而戰時的血漿供應極端匾乏。醫學研究委員會緊急設立了一個�