能炸藥足以將帕薩迪納從地圖上抹掉。”到1944年，單是給火箭專案的經費一個月就達到了兩百萬美元，僱傭的工人成千上萬，分包商有上千個，在南加利福尼亞建立了一個全新的工業。正如勞利森的得力助手所言，“加州理工學院的一大部分實際上成了軍械局的一個分部。”
火箭的一大問題是不可靠。勞利森觀看海軍的射擊演習，看見火箭一個接一個，不是提前爆炸，就是偏離目標。他相信這是推進劑的問題，美國產的火藥燃燒不規律，比他看見在英國使用的火藥差得多。他認為使用更好的推進劑和更為科學的設計，火箭可以更精確，更可靠，成為戰爭的一樣利器。
鮑林也對推進劑和炸藥發生了興趣。美國宣戰之後，他將自己的才能運用於火藥的研究之中。他成為國家防衛研究委員會炸藥部的一個成員——這個委員會和新成立的醫學研究委員會一樣，是科學研究與發展局的一個下屬機構——並主持火箭專案內部彈道特別委員會的工作。他幾乎每個月都要到華盛頓去，和操縱戰爭機器的那些人制定研究規劃並討論研究目標。政府的撥款也開始流向他的實驗室，主要是用於炸藥分析，並開發更為穩定的推進劑。鮑林很快成了一名專家，他廣泛地閱讀各種資料，並在1942年春夏之交參觀了東部一些火藥和炸藥工廠。海軍開始經常性地將得到的德國和日本燃料送到帕薩迪納，讓加州理工學院的科學家進行分析。在鮑林指導下創造出來的新的色譜法，可以對協約國的火箭成分進行快速準確的分析——哪怕只是從炸彈碎片上刮下來的一些碎屑。將澤希邁斯特的分離法擴充套件到對炸藥的分析，使色譜法成為化學家的一項重要工具。鮑林說：“引進色譜分析，我們可以說是對現代化學進行了一場革命。”
1942年春天，已經康復的鮑林急切地想為戰爭作貢獻，一頭扎進了國防研究中。他發明了一種改進的火箭炸藥穩定劑，這一化合物能夠使炸藥燃燒得更穩定，火箭飛行的彈道也更理想。有好事者暱稱它為“萊納斯”，這一名稱在第二次世界大戰期間流傳甚廣。鮑林開始研究用合成物質來替代軍事觀察儀器上急需的石英晶體，併合作研製了一種穿甲彈，後來還申請了專利。
只要有可能，愛娃仍堅持讓鮑林在床上躺上半天，但是要讓他減緩工作的節奏幾乎是不可能的。他本來的想象力就如天馬行空，現在更有許許多多問題需要他思考。而且，他選擇的每一個課題，似乎都有源源不斷的聯邦經費。他就如同一個手執一張空白支票的男孩，闖進了玩具店。他在1942年6月寫道：“這裡的實驗室已經失去了往日的悠閒。我們有數不清的戰爭研究專案，每個人都全力以赴。”他巡視兵工廠，對炸藥的生產提出建議。他分析製造氧氣的化學系統。他負責一個生產煙霧劑的生產專案。他還設計了一個測定溶劑中分子量的儀器，並在空餘時間發明了一種他自認為不可破譯的密碼（他將這一發明送交陸軍部，之後就杳無音訊了）。他每月一次都要登上“超級首領”列車去華盛頓，路上要用三天時間，在那裡呆上一兩天開會或討論，接著就回家。他非常喜歡這一段旅程，因為他可以一邊望著車窗外的群山和平原，一邊安靜地進行思考，覺得正在為戰爭貢獻自己的力量。
隨著滾滾而來的撥款，鮑林實驗室的規模也日益膨脹。單是火藥專案就集中了大約五十個青年化學家，佔滿了實驗室和辦公室的每一個空間。他們由科裡領導，科裡是不可或缺的。這位生性靦腆的人原來只習慣和一兩個助手共事，戰爭使他成了一個高效的經理。他設計的一整套匯報和規劃體系使加州理工學院成為其他戰時實驗室效仿的榜樣。
1943年年初，鮑林的老朋友奧本海默來到加州理工學院，給鮑林帶來了為戰爭作貢獻的更好機會。自從奧本海默在十五年前試圖說服愛娃到墨西哥“度假”之後，他們兩人沒有說過幾句話；但是鮑林跟蹤著這位物理學家在伯克利的學術生涯，並且透過秘密情報網得知他正在參與一項極端機密的武器專案。奧本海默仍然那麼憔悴瘦削，仍然煙癮十足，仍然自以為是。他向鮑林解釋說，他正領導一個小組利用鈾的同位素裂變來製造一種炸彈。他說他們正在和海森伯領導的德國人競賽，因而至少從理論上來說，納粹面前沒有什麼障礙。但是這裡涉及的不光是理論。一個月前或更早的時候，費密和西拉特在芝加哥成功地控制了一次裂變連鎖的反應。現在看來，肯定能夠製造出一種核裂變炸彈，爆炸時，將原子核結合在一起的巨大能量就能夠釋放出來。
奧本海默解釋說，政府正在把鉅額資金投入到這一炸彈的研製中。