萊納斯卻不是這樣。為了檢驗自己的發現，他扭頭看屋內的其他東西，結果發現閃光者並不止於聖像頭上的光環。儘管尚不瞭解有關的專業術語，他還是為自己作了一次演示實驗：他所看到的不過是視覺幻象，是由於長時間注視光環引起的視覺疲勞所致。雖然他在整個青年時代都在不斷地思索宗教，甚至還曾與一位基督教家庭的朋友一起去基督教週日學校聽課達數月之久，但他總能情不自禁地為所有現象找出合理的解釋。
他對宗教的拒絕導致一場小小的哲學危機。“記得我在11歲時曾向自己提出過這樣一個問題：我有什麼證據能夠說明周圍世界僅存在於我的意識中？”他在七十多年以後以比較現代的觀點回憶說：“我當時找不出任何有說服力的證據能夠說明相反的事實。”
經過了一段思想鬥爭，他最終得出了這樣的結論：自己周圍的人，其他的小學學生，都像他一樣與世界萬物有著大致相同的關係。他這麼概括：“這種對稱性在那麼多方面表現出來，使我只能認為，……非常可能，我自己在宇宙中並不佔有獨特的位置。”
在確定了自己的哲學觀點以後，鮑林把注意力轉向其他事物。他開始收集和分類整理他感興趣的東西。他從大約11歲開始，收集大量昆蟲標本。在這方面，一個名叫齊格勒的男子給了他很多幫助。此人是負責藥品供應的推銷員，赫爾曼生前在商界的熟人。赫爾曼去世後，他常到萊納斯家裡來，其首要目的是向貝莉求愛。也許是因為他已有家室，他與貝莉的關係似乎並沒有真正熱乎過。儘管如此，他給孩子們還是留下了不錯的印象。他經常送給孩子們一些小禮品，時不時地還給些錢，哄孩子們離開屋子。萊納斯將齊格勒作為自己的一個“供應商”。他說服齊格勒給他弄來一些劇毒的氰化鉀，然後小心地將氰化鉀與熟石膏混和在一起，鋪在瓶子的底部作為誘殺昆蟲的器具。
波特蘭的華盛頓中學是一所規模較大、師資力量很強的學校。萊納斯進校後的第一年就開始學習他所接觸的第一門真正的自然科學課程——“自然地理概論”。教師是史密斯學院化學系的一位畢業生，名叫蓋珀拉。萊納斯很好學，特別喜歡那些講課認真、語言生動、邏輯性強的老師。蓋珀拉小姐精彩的講課，特別是她的直觀教學，給萊納斯留下了深刻的印象。比如說，為了演示大氣的壓力，蓋珀拉小姐在一隻空的糖漿罐頭中注入水並將其煮沸，然後將罐頭封緊後讓水冷卻，當罐內的蒸汽凝結後，外部的大氣壓力就把罐頭壓扁了。
課堂上，同學們還考察了礦石的性質，萊納斯的興趣由此從昆蟲轉向了岩石。他從圖書館借閱了有關這一課題的大量書籍，把書中列出的性質仔細地抄下來，用實驗來檢驗自己的發現，確定各種性質之間的邏輯聯絡。他說，“在某種意義上，我那時已經開始成為一名科學工作者，儘管我還沒有經過任何嚴格的訓練。”他居住的那個地區礦石品種較少，因此他早期的礦石收藏是非常有限的。然而這是一個開端，此後他一直對研究晶體和礦石懷有濃厚的興趣。
萊納斯沉湎於探索自然界的規律。他獨處一隅，對礦石仔細觀察、研究、試驗和分類，同時就把未知轉化為已知。在不同的礦石之間，存在著內在的邏輯聯絡，存在著某種完美的規律。擺脫令人厭倦的家，倘祥在自然界的規律中，這是他求之不得的事。他很快地變得對任何事物都要問個為什麼，知道個究竟。他的妹妹露茜爾回憶說：“萊納斯一刻不停地思考，他的思維始終是非常活躍的，不斷地問這又問那，總想弄明白其中的原因。”她記得，一個冬天的早晨，她們一家在波特蘭火車站等火車，她的12歲哥哥一本正經對母親說：“媽媽，我已琢磨出你不覺得腳冷的原因了，你不停地走動，因此你的腳只有一半時間接觸冰冷的地面。”這番話著實讓母親和兩個妹妹吃了一驚。
他這種習慣甚至用到了家事上。露茜爾記得，有一次，她騎著鄰居家的一輛腳踏車玩，被鄰居家男孩推倒在地上，腳踏車也被奪了回去。她向萊納斯哭訴，萊納斯不是急著為妹妹報仇，而是想了一會兒，接著告訴妹妹不要哭，“畢竟那不是你的車。”
萊納斯在高中時學習成績非常好，數學和自然科學很快變成了他最喜歡的課程。“我乾得很好。我上課，做作業，非常愉快。只有當我沒有弄懂自己應該掌握的東西時，我才感到不高興，”鮑林這樣回憶說。“當時的我就像一個故事裡提到的小男孩維利。一次老師問維利：‘2＋2等於幾？’維利回答說：‘4。’老師稱讚說：‘很好，維利。’而維利卻說：‘很好？不，不只是很好，是完美！’