聚蛋白酶這兩種球狀蛋白質的結構並沒有幫助。科托爾茲公司的研究組不同意鮑林關於人造多肽的尺寸所說的話。鮑林關於鬆散的枷瑪螺旋的意見也受到了批評，因為在其中心存在著一個大洞，完全裝得下一些細小的分子，因而會使其不穩定。最令鮑林失望的是，他為膠原蛋白設想的結構——三螺旋索結構，並沒有得到英國X射線研究結果的證實，而他認為這種結構的發現為解釋物質的抗拉伸特性做了一件好事。
1951年下半年，鮑林花了大量的時間考慮怎樣回答這些批評，並且繼續修正自己關於蛋白質結構的理論。他感到這一工作極重要，以至他謝絕了哈佛大學要他擔任客座教授的邀請，目的是要集中精力攻克這一個堡壘。他還推遲了預先計劃好去歐洲的一次旅行，同樣是為了把自己的思路理得更加清楚些。羽毛中阿爾法螺旋的指紋可能是非常隱蔽的，因為他已注意到，各個螺旋具有不同的相位；肌肉可能包含著“非拉伸性阿爾法角蛋白”，它永遠用阿爾法形式存在著。他澄清了科托爾茲公司研究組的一種誤解；不久以後，該公司研究人員就承認，對他們研究的人造多肽來說，阿爾法螺旋是合理的。然而，對於伽瑪螺旋的情況，鮑林打算放棄了，他對其穩定性向來就感到有些吃不準；到了秋天，他就完全將這個問題置於腦後了。鑑於愈來愈多的證據不利於他為膠原蛋白提出的結構，他又回覆到了一個新的出發點。到1951年末，他終於認識到“我們提議的這種結構……不完全合理，我認為在總體上是正確的，但需要作些細小的修正”。與此同時，他與科裡又想到兩種片層結構，同時還考慮為某些蛋白質提出一種他們稱之為“波層”的結構。
不過，在鮑林的阿爾法螺旋這一驚人的成就面前，人們提出的種種批評的意見也就黯然無光了。儘管阿斯特貝里不斷提醒鮑林，應當對5。1埃這個資料得不到證實這一點作出明確的解釋，但是鮑林提出的螺旋結構都有其充分的依據，這一點也是無可辯駁的事實。使人困惑不解的X光反射現象，看來是與基本結構本身無關的某一種因素造成的。鮑林在對阿爾法螺旋進行推廣時，提出了各種各樣的片層結構，看來也是很有道理的。在英國，人們開始認識到，儘管鮑林在其他結構問題上前進得快了些，但他終究解決了一個大問題，也即角蛋白的收縮形式和擴張形式的問題，阿斯特貝里相信，這種物質是所有蛋白質生成的源泉。正如鮑林在那時寫下的那樣，“我心裡非常清楚，這些發現將會迎來蛋白質研究的一個新時代。”
事實也確是如此。鮑林對蛋白質的研究使這場競爭遊戲的規則發生了變化。正是鮑林始終相信氫鍵是十分重要的。同樣也是鮑林顯示了根據精確的化學定律建造模型的巨大威力——這種隨機研究的方法，使受過高等教育的人有可能利用猜測最終結果的辦法，來解決複雜的X射線那樣的問題。仍然是鮑林堅持將結構的精確度定到百分之一埃以內，從而將這場競爭提到這樣高的水平，以至任何關於蛋白質結構的一般性粗糙的想法根本就沒有立足之地。從此開始，人們提出任何一種蛋白質結構，都得滿足鮑林對精度的要求。另外還有一點很重要，正是鮑林徹底打破了英國人有關整數對稱性的思維定勢。根據這種思維定勢，人們一直認為晶圖應具有對稱的空間結構；正是因為這種思維定勢，導致布拉格和佩魯茨迷失了前進的方向。在阿爾法螺旋結構的理論提出以後，研究生物分子的晶體學家在思想上得到了解放，他們開始用新的方式思考生物分子，尋求其非整數特性——因而可以根據自己的想法弄清楚真實的研究物件了。
這是一項了不起的成就，鮑林確信自己是當之無愧的。1951年9月，來自42個國家的18000名化學家會集在紐約市，舉行世界化學大會，又稱純粹化學和應用化學代表大會——這在歷史上是最大的一次化學家聚會，慶祝美國化學學會成立如週年紀念日。會議規模宏大，地點又選在曼哈頓島的中心，因此得到了新聞媒體的大量報道。鮑林根據大會的議程作了好幾次報告，其中包括一次關於蛋白質結構的重要講演。他還協助加州理工學院新聞系整理了一份長達六頁的新聞稿，其中簡要地闡述了他的發現所具的重大意義。這一篇文章後來成了科學家進行公關活動的一篇傑作。文章較為詳細地概括了鮑林發現的成果，著重提到了在這些發現背後有關人員作出的努力，同時還強調了這些發現對科學和醫學將會產生的巨大影響。文章使用的語言都是記者能夠理解的，其中不乏諸如“生命的奧秘”那樣一些引人注目的用語。美國化學學會公關部工作人員急切希望媒體能最大限度地報