機理的極好時機。而且，鮑林接著說，現在洛克菲勒基金會對這類課題很感興趣。如果有像比德爾這樣的享有崇高聲望的專家主持生物系，那麼就很有可能獲得前所未有的高額資助。鮑林還具體預測了一些數額。
兩星期以後，比德爾接受了加州理工學院生物系系主任的職務。
一個月以後，即1945年12月，一份長達25頁的資助申請報告放到了韋弗的辦公桌上。這份報告由比德爾和鮑林兩人署名，但實際上幾乎是由鮑林一個人撰寫的。
報告闡述了“在未來20年中對一個重大的生物學問題”用分子生物學的方法展開協作攻關的行動計劃，提出了迎接科學新紀元到來的鮮明口號。在起草報告時，鮑林使用了形象化的生動語言，這種語言也是韋弗在向他的董事們推銷自己的主張時經常採用的。他寫道，在強大的電子顯微鏡下還存在著一片難以分辨的“未知的黑色森林”，解決這些未知問題已經超出了晶體學家的研究範圍。這裡正是人類需要探索的蛋白質分子結構的未知領域，鮑林和比德爾正站在“這一支用X射線和類似裝置武裝起來的探險隊伍的前列……生物學中的許多基本問題——生命過程的本質，大分子，基因和細胞的複製機理以及它們之間高度專一化的相互作用的基礎原理，酶的作用方式，藥物、激素、維生素和其他化學物質的生理活性機制，神經和腦組織的結構和活動方式——所有這些問題的答案都隱藏在這片廣闊森林的未知區域裡……只有深入這個未知區域，我們才有希望追根溯源，找出答案”。這支研究隊伍將包括化學家，少數有關的物理學家，以及在加州理工學院培養起來的一類新型的分子生物學家，這些分子生物學家將自然地把生命科學看作是化學和物理學的推廣。研究工作需要配備最新發展起來的技術和裝置：超速離心機，色譜儀，光譜儀，電子顯微鏡，放射性示蹤儀等“複雜而十分昂貴的儀器裝置，能夠製造出來的……最好的裝置”，這些技術裝置將有助於把生物學改造成為一門定量化的科學。“單靠某一種方法不能解決問題，而應把每種方法都發揮到極點。”
由此將會得到豐碩的回報：不僅將弄清蛋白質的結構和生物化學反應的分子機理，還將迎來生物學的新紀元。“我們相信，生物科學正在進入一個重大的革命性發展的時期，如同物理學和化學在過去35年裡所經歷過的發展時期一樣，”鮑林這樣寫道。
鮑林接著談到了所需的經費。他們需要建造兩幢新大樓，建設費用可以向理工學院的董事去籌集。然而，裝置費、人頭費以及長期管理費需要由洛克菲勒基金會提供。他估計每年所需的各種經費總額為40萬美元，延續15年，總數為600萬美元。
這是加州理工學院建院以來所提出的最大一筆單項科研資助的申請，也是韋弗所見到的最大一筆申請。
在資助申請到達韋弗辦公室一週之後，比德爾懷著惴惴不安的心情拜訪了韋弗，但他很快就感到釋然了。他寫信告知鮑林：“我不再需要對他作任何宣傳。這傢伙現在對加州理工學院讚不絕口，其熱情程度超過了我見過的任何人。”600萬美元的價格看起來“對他是真夠昂貴的”。然而，在總體上，韋弗認為這是“一個宏偉的計劃”。韋弗保證他將向基金會盡力說服，但同時警告理工學院的這對搭檔：要取得這麼一大筆資助，非短期努力所能奏效。在等待批准的日子裡，比德爾和鮑林敲響了其他資助機構的大門。不久之後，支援這項研究的各種資助開始流入理工學院：全國救助小兒麻痺症基金會提供了五年30萬美元的資助，公共衛生服務中心和其他一些團體也提供了各種較小額度的經費。
儘管韋弗大力支援該項申請，但洛克菲勒基金會很難取得一致意見。在基金會就這一專案的得失進行辯論的過程中，韋弗爭取到了一筆相當數額的臨時性資助：在1946、1947兩年內，每年撥款5萬美元。有了這筆經費以及來自其他各種渠道的多項資助——政府的，工業部門的，基金會的，還包括一些用於癌症研究的資助，比德爾和鮑林終於有足夠的錢像模像樣地開張了。到1947年，化學系的預算總額比六年前翻了一番，而生物系則差不多翻了兩番。
在長達兩年的時間裡，洛克菲勒基金董事會一直就是否資助大經費專案舉棋不定。這方面的爭論與基金會在戰後科研中應擔負何種角色這一更加廣泛的問題有著緊密的聯絡。由於政府對戰時研究專案投入了大量資金，使得科研資助的大環境迅速發生了變化。政府對基礎科學的大規模支援無疑將以某種形式繼續下去，因此基金會不再需要