像戰前那樣，對類似鮑林計劃那樣的大專案進行資助。而且，自從大蕭條時期出現所謂“人類科學”的觀念以來，基金會服務社會的目標也發生了變化。它的資助重點從基礎科學轉向了農業和社會科學，特別是那些能促進某些國家發展的研究專案，這些國家被認為是未來幾十年中的民主基地和反共前哨。
在這樣的大背景下，像鮑林計劃這種規模宏大的基礎科研專案，不管它有多麼好，獲得資助的希望都是非常渺茫的。在董事會一次次討論的過程中，資助數額不斷縮減，到1948年終於有了定論：資助十萬美金一年，總共七年。
這只是鮑林夢想的六百萬美元的一個零頭。儘管如此，這已經是加州理工學院歷來所獲得的最高單項資助之一，並且也是基金會在戰後給予基礎科研專案的最高資助額了。這些經費使得鮑林的化學系成為全國最富裕的化學系之一，並已足夠在一段較長的時期內支援鮑林計劃的實施。有這筆錢以及其他私人贊助，有鮑林和比德爾的親密合作和領導，有一批他們吸引來的傑出青年科學家的加盟，加州理工學院有望在隨後的十年內發展成為全美國分子生物學這一新興學科的搖籃，而且可望成為全世界最重要的基地之一。
取得這些業績的原因何在？韋弗認為，“這完全是比德爾和鮑林的功勞。他們兩人如同兩個凝聚核心，圍繞著他們，新思想不斷地產生和交流，如同一個分子系統中各種型別的共用電子圍繞著兩個中心旋轉，並以一定頻率相互換位一樣。就我所知，這種優勢是其他任何學校所沒有的。”
果醬和豬食
然而，用化學鍵來比喻比德爾和鮑林兩人間的關係並不十分貼切。他們兩人相處得很好，並且在加州理工學院的化學系和生物系之間建立了一種緊密的合作關係。兩個系的教師相互參加對方的研討會，還常常打破學科界限相互提供諮詢和幫助。但是這種聯合陣線的出現，主要地不是出於聯合研究的需要，而是為了爭取更多的資助。等到洛克菲勒基金的資助一到手，鮑林和比德爾就基本上按照各自的方向相互獨立地開展研究了。他們之間的關係與其說是相互交流，倒不如用另外一個詞來描述更加恰當，這個詞就是“互補性”。在戰後的那幾年裡，分子互補性變成了鮑林的基本研究物件。
互補性是從鮑林的免疫學研究中引申出來的一個概念。鮑林把抗體和抗原之間的聯結解釋成某種精確的分子配合；一種相互補充、絲絲入扣的齧合，使得兩者接觸面處的原子極端接近，從而形成微弱的範德瓦爾斯力。鮑林的解釋為理解其他生物學現象提供了一條途徑。鮑林開始意識到，生命在分子層次上看主要地就是一種特異性，就是體內的分子能夠辨認某些目標分子，並且只能和這些目標分子相結合。抗體與抗原之間酶與其作用物和基因之間，以及在它們相互生成的蛋白質衍生物之間，都以某種神秘的方式相互辨認並僅與特定的物件相聯結。形成這種精巧的生物特異性的機制尚不為人所知，但是鮑林認為，以精確的互補性形狀作為研究基點之一的思路為弄清這種機制提供了鑰匙。
鮑林認識到，他研究抗體的主要成果是顯示了分子結構與生物特異性之間的關係。蘭德施泰納在1943年逝世前，曾要求鮑林為他新版的免疫學專著撰寫一章關於特異性的化學基礎的內容。鮑林把這一章起名為“分子結構和分子作用力”，其中簡明地總結了他關於蛋白質分子能夠辨認和聯結特定的目標分子的機理，為希望瞭解有關理論的讀者提供了入門性介紹。鮑林強調指出，分子形狀是決定一切的。精確的、互補的、絲絲入扣的形狀使分子緊密齧合在一起，並透過累積起來的弱鍵作用聯結成整體。而化學反應，正如大多數化學家所認為的那樣，都是透過分子間的特定反應而形成強力的共價鍵或離子鍵，因此與弱鍵機制是完全不同的。
發表於1945年的這一章內容，不僅首次闡明瞭現代結構化學和免疫學之間的關係，而且還首次雄辯地證明了一個事實：在分子層次上發生的大多數甚至是全部的生物現象均可透過創造性地應用公認的化學原理而得到解釋。由於這部分內容發表於免疫學的專著中，因此在化學界沒有引起多少反響，然而對戰後那些讀過這本書的青年生物學家和免疫學家卻產生了巨大的影響。例如，後來的諾貝爾獎得主。免疫學家喬舒亞·萊德布格認為，這章內容是鮑林所寫的最重要的論著之一，對於那些缺乏經驗的分子生物學家來說，這是一本幫助他們弄清大量複雜問題的指導書。
把免疫特異性歸結為分子能夠取精確的互補性形態的思想，既符合鮑林和德爾