退役的軍人，如此，可以減少服役人數的一半。此錢取之於民，當複用之於民。在這些方面，他一直堅持己見，得罪了不少人。大概在十二日，他寫信給好友楊珪，在信中又非難那些人云亦云毫無主見的人，並頗以自己有真知灼見而自負。那封信上說：
〖某近數章請郡未允。數日來杜門待命，期於必得耳。公必聞其略。蓋為臺藏所不容也。昔之君子，惟荊（王荊公）是師；今之君子，惟溫（司馬溫公）是隨。所隨不同，其為隨一也。老弟與溫相知至深，始終無間，然多不隨耳。致此煩言，蓋始於此。無進退得喪，齊之久矣，皆不足道。〗
最後，在二十三日，蘇東坡奉令留任原職，在二十七日，決定把請求審問蘇東坡的官員予以寬恕。
蘇東坡為小人陷害，太后支援他；政敵顯然未能達成目的，也因此丟了臉面。他別無話說，只好照舊留任。他對皇太后非常感激，決定從此之後，毅然決然以更為坦誠的態度，向皇太后說別人所不敢說的話。今天在蘇文忠公全集裡還有很多政論文章和奏議，都是此後的兩年內寫的。那些奏議上都清清楚楚寫著日期，看了就知道他所爭持的是哪些問題。
他所力爭的第一項是“廣開言路”。他若生在今天，一定會為言論自由而戰，為強大有益的輿論而戰。這是他再三再四提到的。他指出來，朝廷有道，皇帝一定是想辦法接近每一個人。比如說，唐太宗在位時（唐太宗可以說是中國四千年來最好的皇帝），他許每一個人到宮廷進言，甚至無官無職的老百姓也在內。若有人說有話要見皇帝，宮門的守衛人員不許阻攔。蘇東坡提醒皇太后，在本朝初年皇帝允許低階官吏謁見，甚至平民亦蒙接待。而今可得見到太后的人只不過十幾個人，那十數人豈能盡知天下所發生的事？倘若那十數人趕巧都是庸碌之輩，或不敢把真實情形奏聞，皇太后必致相信天下百姓安樂無事。天下情形豈不糟糕！誠然，別的官員也可以上表進言，但是那些表章進了皇宮，也就石沉大海了。皇太后若不親自召見，又怎麼了解所討論的問題？再者，還有好多事，是不能寫在紙上見於文字的。有的事情有時萬分複雜，一次討論未必弄得清楚，何況只憑一道表章！在另一道奏章裡他說，馬生病，不能以言語表達，“人雖能言，上下隔絕，不能自訴，無異於馬。”
但是文人若不能獨立思考，無批評的勇氣，言論自由也終歸無用。就只在這一點上，他讚美歐陽修而非難王安石，因為歐陽修激揚清議，王安石則壓制清議。蘇東坡極其擔心當時的暮氣沉沉，讀書人已經忘記用頭腦思索。這段時期，在他給門人張耒的一封信裡，他說：“文字之衰，未有如今日者也，其源實出於王氏。王氏之文，未必不善也，而患在好使人同己。自孔子不能使人同顏淵之仁、子路之勇，不能以相移。而王氏欲以其學同天下。地之美者同於生物，不同於所生。惟荒瘠斥鹵之地，彌望皆黃茅白葦。此則王氏之同也。”
在哲宗元佑元年（一○八六），蘇東坡總算把青苗貸款法完全廢止。年初，四月裡，皇帝下了一道聖旨，對於這種政治措施勉強改革了一些，常平倉穩定糧價辦法予以恢復，而青苗貸款仍然貸於人民，只是款額則以倉谷價值的半數為限。朝廷的如此改革，原出好意。這樣，禁止了官吏像以前那樣進入農村，召集開會，把官款分配給農民，也禁止小吏按家去催逼捐獻。在蘇東坡看來，此種不徹底的措施，還難令人滿意，其流弊也不減於過去。在八月初四，他又給皇帝上表，第一請求將青苗法完全廢止，第二請求將赤貧百姓之欠債，包括本金利息在內，一律寬免。他又將四月份之改革措施比如偷雞賊，此賊自稱將改過向善，以後每月只限於偷雞一隻，這是引用《孟子》上的典故。他的表文裡說：“臣伏見熙寧以來，行青苗免役二法，至今二十餘年。法日益弊，民日益貧，刑日益煩，盜日益熾……又官吏無狀，於給散之際，必令酒務設鼓樂娼優，或關於賣酒牌子。農民至有徒手而歸者。但每散青苗，即酒課暴增，此臣所親見而為流涕者也。二十年間，因欠青苗，至賣田宅，售妻女、投水自縊者不可勝數。”蘇東坡問，為什麼皇帝竟會降尊紆貴借錢與百姓而求利息呢？他建議朝廷下令所有欠官債者分十期歸還，以半年為一期，甚至盼望皇帝念及債務人已付過不少利息，慈悲為懷，凡四等以下貧民的債務，全予豁免。下個月，青苗貸款法才全予廢除，但赤貧者之債務寬免之議，直到六年後，經蘇東坡力請，朝廷方予接受。
蘇東坡又單槍匹馬，隻身獨自向朝廷之腐敗無能進軍。他想從根本上改革國家的吏治。朝廷官吏皆來自科舉，但是科舉