制度業已廢弛。他有四五次身為主考官，都特別留心為國家選拔真才，有時把別的考官所棄而不取的考卷又找回重閱錄取。有一次，考生在御林軍例行監視之下進行考試，御林軍的傲慢粗野，真使他吃驚。軍士對考生呼喊，如對一群新兵。有幾個考生被發現挾帶作弊而驅出大殿，警衛軍士大聲喊叫，聲勢逼人。當時混亂不堪，軍士之恢復秩序，猶如平定暴亂。軍士的蠻橫無禮，是對士子斯文的侮辱。蘇東坡立刻連上二表，將兩個軍士斥退。
當時最使朝廷感到困擾的，其實在中國歷史上歷代皆然，就是冗吏充斥。讀書人太多，而朝廷可給的官位太少。這是中國多年的積弊，人竟認為一個優秀的讀書人必然要“學而優則仕”。這個想法如果現在還不改，全國教育普及則國家將亡。我們有多少官位供給四萬萬五千萬人呢？倘若考試製度認真執行，而選人唯才，則合格的考生必然為數有限，而選取的人才的素質也會提高。但是在蘇東坡時代，引用親族之風已經盛行。有好多外省來京的考生，由朋友親戚的推薦，不用在京參加考試，便可以獲得官職。每次考試若選三四百人，總有八九百人不經過考試的。禮部就可以推薦免試生二三百人，其他還有由兵部和皇家關係推薦的。在春季祭天大典之時，很多讀書人由皇上特恩免考，蘇東坡說：“一官之闕，率四五人守之。爭奪紛壇，廉恥喪盡。中才小官，闕遠食貧，到官之後，求取魚利！靡所不為，而民病矣。”他又說：“臣等夥見恩榜得官之人，布在州縣，例皆垂老，別無進望，惟務黯貨以為歸計。貪冒不職，十人而九。朝廷所放恩榜，幾千人矣，何曾見一人能自奮勵，有聞於時。而殘民敗官者，不可勝數。所至州縣，舉罹其害。乃即位之初，有此過舉，謂之恩澤，非臣所識也。”蘇東坡提議廢除此等免試辦法，嚴格限制高官巨卿之子女親戚，以及皇家所推薦之人。蘇東坡認為自己有責任把官吏之怠惰低能矇混朝廷的情形，奏知太后。為這種情形，他向太后密奏多次。在幾件大事的表章後，他又附有再啟，請太后閱後自己儲存，勿轉交與中書省。
比如說，西北番族人寇，幾乎有中國農民一萬人慘遭屠殺，當地駐軍官長企圖隱瞞朝廷。甚至訊息傳至京師之時，朝廷派一專使前往當地調查。此一專使，本著中國由來已久的“官官相護”的積習，向朝廷報告只有十個農民被殺。而特使更把災情大事化小，先為當地駐軍首長請求赦罪，然後再緩緩進行調查。兩年之後，竟而毫無動靜。被殺的村民，朝廷應予撫卹，結果也一無所得。在蘇東坡上皇太后表中，他指出如此忽視民情，勢難收攬民心。
“官官相護”之惡習必終致“官民對立”。另外，還有廣東守將童政的案件。童政剿平盜匪無功，竟爾在收復的城市裡屠殺數千百姓。但是別的同僚對朝廷的報告中竟說他保衛城池有功，把他說成平賊的英雄。還有溫果殺害百姓十九人，僅僅記一小過，便算了事。另外有一個小軍官，打算報稱殺賊立功，竟闖入民家，在青天白日之下殺害婦女五六人，帶著砍下的人頭回去，說是斬殺賊匪的人頭。這件事實在慘無人道，遮掩不了，在朝廷派人調查時，那個軍官辯稱，在交戰之時，他不能看清是男是女，因而誤殺。這些都是當時的虐政。蘇東坡對這些事，實在不能默爾而息。
最重要的案子，惹得眾怨沸騰的，就是周穜一案。對這件案子，蘇東坡實在無法剋制自己了。王安石的餘黨暫時失勢，現在都在偏遠的外地為官，竟想捲土重來。那些魁首如呂惠卿、李定、蔡確等人已遭罷黜，但是他們的好多朋友還都在京為官。為了試探朝廷對他們的態度，他們找了一個默默無名的書院教師周穜試上一表，表中提請將王安石的靈牌安置在太廟中神宗皇帝的神牌之下，好能共享祭祖。如果太后準其所請，那些陰謀小人就可以看做是個分明的訊號，他們又可以出來公開活動了。蘇東坡看出他們如此試探的企圖，立即對這些唯功名利祿是求的投機分子大施撻伐。他舉出他們十六個人的名字，責罵他們是“蟣蝨”、“蠅蛆”、“佞奸小人”、“國之巨蠹”。這一次他對王安石不再婉轉其詞，而幾乎公然以詐偽騙子稱之。他向皇太后說，如果富弼、韓琦、司馬光有一人尚在，這些鼠輩決不敢露面。他說，如果對這些陰謀小人不予以當頭棒喝，則“惠卿、蔡確之流何憂不用！青苗市易等法何愁不復哉！”據他自己觀察，他深信此種情形必會出現。實際上，他已萌去朝之志，他說君子如麟鳳，難求而不易留養；小人則“易進如蛆蠅，腥羶所在，瞬息千萬”。其理至明，人若不願與蠅蛆為伍，只有遠避。
在兩年之中，蘇東坡以其強烈的名士本