“顯示違約，舉動野蠻”，要求清政府“速放該船，交還國旗，嚴罰所有非法之官員，並陳謝此案辦理不善之意，以儆效尤”。
葡公使柏德羅也於十七日照會清廷外交部，指該船被拿，有違葡國所領沿海權，並有礙葡國主權。
最初，中國主張“二辰丸案”由中日雙方按照海關章程進行審理，但日方斷然拒絕。其後，清廷外務部又通知日本公使，擬請英國艦隊司令對此案進行“公斷”，也遭到日方的拒絕。
面對日本和葡國的外交壓力，清廷一再讓步。
二十一日，清外務部照會日本公使，對“二辰丸”上日本國旗被中國士兵扯下一事表示歉意，並答應“將辦事失當之員弁加以懲戒”。但是，日方仍不肯罷休。二十三日，日本公使林權助又向外務部提出解決該案的五項要求：一、立即放回二辰丸；二、在放還二辰丸時，中國兵艦鳴炮示歉；三、扣留的軍火由中國購買，貨價為兩萬四千日元；四、處置對扣留二辰丸負有責任的官員；五、賠償此事件所造成的損失。林權助聲稱，只有全部答應這5項要求，二辰丸案才能和平了結。
終於，清廷於二十六日表示全部接受日方提出的無理條款。(未完待續。)