各府州縣只許保留一所寬大的寺觀，每三年方許發一次度牒，對發行數量嚴加限制。嚴禁男四十歲以下、女五十歲以下出家。原有的僧尼道人允許自由還俗，與僧道雜處的人員一律清理還家。僧道“遊方問道”，必須自備路費，不得向百姓索取。對邪教和不正規的宗教信徒嚴加打擊，等。
明太祖制定的這一整套宗教法規，在我國漫長的封建社會中，是最完備的宗教行為準則和管理制度。以後的明成祖、宣宗、英宗、孝宗等朝，基本是遵照執行的。但代宗、憲宗以降，名器斯濫，制度廢弛，社會宗教生活開始出現混亂。明憲宗既佞佛又篤道，牛鬼蛇神紛紛出籠，可謂社會澆漓、箕裘頹墮了！特別是昏庸皇帝嘉靖，狂熱地崇奉道教，他讓太子“監國”，自己整天蹲在道觀裡同道士們鬼混，煉丹服砂，參罡拜斗，虔誠荒謬到了極點。最後，他可能是因為吞食丹砂出了問題，竟暴死於道觀之中。聯想到《紅樓夢》中的“賈敬”（與嘉靖同音），不管家事，整天在道觀中胡羼，最後吞食丹砂漲死，同嘉靖皇帝如出一轍，似非偶合。
從嘉靖皇帝到萬曆、天啟、崇禎皇帝，明朝最高統治者在宗教問題上統統昏庸