的馬寅初已經對《農書》從頭到尾作了一次修改。素以治學嚴謹聞名的馬寅初，在修改稿子的時候，仍然一絲不苟；修改文字一般用藍筆，特別重要的改動則用紅筆。
1966年春節後的一天，馬寅初將全家人召集起來，說：“請你們抽時間幫我把《農書》原稿照抄一遍。這部書現在雖然不能出版，但不等於永遠不能出版。它是我十幾年的心血啊！”
然而，這時“文化大革命”爆發。雖然由於受到特殊的保護，馬宅免於抄家之禍。但是，大“革”文化之“命”的憾事，卻在家庭內部發生了。馬寅初家中幾個年幼無知的孩子，因擔心抄家者會從馬寅初的手稿中搜尋出批鬥馬寅初的把柄，於是乎在半是膽怯、半是盲從的情緒支配下，將馬寅初珍藏多年的來往書信、文物字畫，連同這部《農書》手稿以及其他經濟學資料，統統當作“四舊”而付之一炬，銷燬得一乾二淨。也有人認為是家人根據馬寅初的意見將書稿焚燒殆盡的。
馬寅初當初在撰寫《農書》時，往往寫下後便放起來，並沒有跟家人細談，以至於無人知道《農書》中詳細的內容，給世人留下了永遠的遺憾。
【公案】
魯迅與馬寅出是紹興同鄉，但這兩人關係交惡。不知何緣由，魯迅對於比自己年輕一歲的紹興同鄉馬寅初很少好感。1926年秋，廈門大學一次請來了馬寅初，為此，全校“列隊歡迎，大擺宴席”。因馬寅初是“北大人”，校長還發函叫“北大同人”魯迅及沈兼士去陪。魯迅收到公函後，除了非常憤怒與拒絕外，沒有其他反應，只在公函上寫了個“知”字，意為“不去可知矣”，並說：“道不同不相與謀。”
《關於魯迅的辯護詞》的作者房向東分析，廈大校長林文慶之所以對馬寅初那麼殷勤，主要是學校資金缺乏，希望能從馬寅初這位財神爺身上撈一點油水。而魯迅正是看到了這一點，拒絕與馬寅初接觸。加上馬寅初是當時中國財經界的名流，是個“紅人”，而魯迅向來不喜歡趨炎附勢，因此對馬寅初不僅冷漠，而且熱諷。房向東在《關於魯迅的辯護詞》中還說：“魯迅不參加‘列隊歡迎’的兒戲，是為了逃避無聊；魯迅的‘罵’馬寅初，與其說是‘罵’，不如說是反抗無聊。”
1926年10月20日，正在廈門大學任國文系教授的魯迅，在寫給許廣平的《兩地書》中提到馬寅初：“這幾天此地正在歡迎兩位名人。一個是太虛和尚到南普陀來講經，……一個是馬寅初博士到廈門來演說，所謂‘北大同人’，正在發昏章第十一，排班歡迎。我固然是‘北大同人’之一，也非不知銀行之可以發財，然而於‘銅子換毛錢，毛錢換大洋’演說，實在沒有什麼趣味。所以都不加入，一切由它去罷。”魯迅所謂的“銅子換毛錢，毛錢換大洋”，指的是馬寅初發表在1924年《晨報六週年紀念增刊》的《中國幣制問題》，其中談到了主幣與輔幣的換算問題。
1928年1月28日，魯迅又在自己主編的《語絲》週刊4卷7期化名“楮冠”發表《擬豫言——一九二九年出現的瑣事》，其中公開諷刺了馬寅初：“有博士講‘經濟學精義’只用兩句，雲：‘銅板換角子，角子換大洋。’全世界敬服。”
另據宋運郊在《回憶我們的老校長——馬寅初先生》一文中回憶，1956年秋天，北大文科同學為了紀念魯迅逝世20週年，建議邀請許廣平到北大介紹魯迅事蹟。時任北大校長的馬寅初雖然同意了這件事情，卻“礙於情感方面的因素”沒有出面接待許廣平。
【情誼】
抗戰後期，馬寅初被蔣介石軟禁在重慶歌樂山，蔣不許馬寅初教書、發表文章，段了馬寅初的經濟來源。周恩來獲悉情況後，指示《新華日報》：馬寅初是一位經得起考驗的愛國主義者，有骨氣，有正義感，我們必須給予支援。此後，馬寅初被《中央日報》退回來的稿子都在《新華日報》上發表出來，並給予最高標準的稿酬，這使身處危難之際的馬寅初終生難忘。
馬寅初為新中國的誕生歡欣鼓舞，並積極投身於共和國的籌劃和建設之中。1949年3月25日，在歡迎毛澤東主席、朱德總司令等中共中央領導人從西柏坡遷至北平的儀式上，馬寅初竟不顧會場秩序，跑向周恩來乘坐的吉普車，大聲對周恩來說：“遵照你的指示，我已平安來到北平。”喜悅心情溢於言表。
1959年，全國發起了討伐馬寅初新人口論的聲浪，此時，周恩來找到馬寅初，懇切地要求馬寅初寫一份檢討，馬寅初拒絕。但拒絕後，馬寅初覺得對周恩來有所歉疚。數天後，他為《新建設》雜誌撰文