批准兄弟點名邀請誰到北大講演，就請不要拒絕！”“這個好辦。”馬寅初的話音剛落，毛澤東緊接著風趣地說：“我批准了！馬老校長，我給你這個‘尚方寶劍’！”馬寅初得到這把“尚方寶劍”後，點名邀請了不少黨政領導幹部到北京大學講演，如中共中央組織部副部長安子文、中央財經委員會副主任薄一波、中國人民銀行行長南漢宸，以至周恩來總理。
1951年國慶前夜，馬寅初對即將參加遊行的學生說：“明天遊行，你們走過天安門時，我一定親自指給毛主席看，告訴他，這就是北京大學的隊伍！”馬寅初說到做到。當北京大學學生遊行隊伍舉著紅樓模型透過時，他便指著隊伍對毛澤東說：“主席，這就是北大的遊行隊伍。”毛澤東立刻點了點頭，不停地向北大遊行隊伍揮手致意，並回頭問：“馬老，紅樓還是原來的樣子嗎？”“一切還是原樣，絲毫未損！”馬寅初回答說，“主席與李大釗同志的工作室也對外開放了。”正談著，突然下起了大雨。毛澤東看著遊行隊伍，關切地說：“馬老，您的學生淋雨了，我給您派人打電話，通知學校，讓食堂給大家準備薑湯！”馬寅初感動不已，動情地說道：“謝謝主席關懷！”遊行結束後，馬寅初坐車返回學校，看見學生正在食堂裡喝著薑湯，便興奮地把天安門城樓上與毛澤東的談話告訴大家，並鼓勵學生說：“同學們今後要更加努力奮進，不要辜負毛主席的關懷。”
1957年3月2日，在毛澤東親自到會的最高國務會議上，馬寅初再次闡述了人口問題。毛澤東笑著說：“人口是不是可以搞成有計劃的生產，完全可以進行研究試驗。馬老今天講得很好！從前他的意見，百花齊放沒有放出來。準備放，就是人家反對，就是不要他講，今天算是暢所欲言了。”毛澤東的話使馬寅初倍受鼓舞。於是在4月27日特地向全校師生作了一個“新人口論”的報告。隨後又在這個報告基礎上加工整理成《新人口論》一文，發表在7月5日的《人民日報》上。
此後，主席一聲令下，所有的矛頭全部指向馬寅初。馬寅初被迫辭去北大校長之職。儘管這樣，馬寅初對毛澤東的崇敬，仍是真摯的、純潔的。當他看到學習毛澤東著作的形式主義和庸俗化傾向以及搞毛澤東的個人崇拜時，深感憂慮。在一次會上，有人說《毛澤東選集》四卷一千年兩千年後仍可適用。馬寅初聽了，不禁“毛骨悚然”。他說：“對毛主席的這種恭維，是在搞個人崇拜。這種個人崇拜是毀壞毛主席的‘糖衣炮彈’。”他多次表示，毛澤東是歷史上的偉大人物，要吸取斯大林生前被神化身後被指責的教訓，不要搞個人迷信。他憂心忡忡地說，搞個人崇拜“是害了毛先生”，“我們要愛護毛主席”！
【論爭】
建國後，馬寅初就以警醒的態度審視著和平發展時期的人口問題。他將人口問題列入自己科研計劃的重點專案，矢志不渝地展開攻關，並身體力行進行深入細緻的調查研究，從而掌握了大量的第一手材料。他建議中央人民政府開展人口普查。根據他的建議，1953年，我國進行了第一次全國人口普查。普查結果為，截止1953年6月1日午夜，我國人口為6億。僅僅4年時間，全國就增加了1億多人口。這個數字讓馬寅初感到震驚和不安。
不久，已經年過七旬的馬寅初，帶領一批助手和學生，到全國各地進行人口調查。此時，中央也十分關注全國的人口問題。劉少奇召集有關人士開會，作了《提倡節育》的重要講話。馬寅初參加了這次會議，在會上疾呼：人口問題，千萬千萬大意不得！現在不努力，將來後悔莫及。然而，毛澤東的觀點與馬寅初完全相悖，表現出不以為然的態度，說，中國人口就是增加十億又何妨？既然最高領袖的意見是多生，全國各級政府也就鼓勵生育，個別地方還對生育多的婦女給予獎勵。
1954年，馬寅初以人大代表的身分第三次回浙江農村調查，走訪了10個縣的20餘個農業生產合作社，圍繞人口問題進行全方位的比較分析，寫出了調查報告。這次調查中，他一連喊出三個不得了：“人口出生率高得不得了！人口增長速度快得不得了！這樣發展下去簡直不得了！”為樂喚起更多人的重視和支援，他找到老朋友邵力子、李德全、柳亞子、馬敘倫、李達等商談，言詞懇切地說：“如果不採取措施，我們會犯極大的錯誤，會給國民經濟帶來極大的困難，新中國將會背上一個極其沉重不易擺脫的包袱。”後來，他又寫成《控制人口與科學研究》的長篇論文，提交給1955年7月召開的第一屆全國人民代表大會第二次會議。
馬寅初的提案，