遭到康生、陳伯達等人的圍攻和批判：“人不但有一張嘴，還有一雙手，可以創造世界。沒有人還搞什麼革命？還搞什麼共產主義？”他們認為：“社會主義國家不存在人口問題。”馬寅初毫不妥協地說：“我既然發現和認識了這個問題的極端重要性，就一定要堅持到底。否則作為一個經濟學家和人民代表，我就沒有盡到自己對國家和人民應盡的責任。”
1957年春，在最高國務會議上，馬寅初當著毛澤東的面，再一次提出了人口問題。他直言不諱地說：“人口太多是我們的致命傷。1953年普查已經超過了6億，如果按淨增率千分之二十計算，15年後將達到8億，50年後將達到15億。這絕不是危言聳聽……”他並大聲呼喚，“不控制人口，不實行計劃生育，後果不堪設想。”毛澤東說：“人口是不是可以搞成有計劃的生產，可以進行研究和試驗嘛。言人之未言，試人之未試嘛！”
1957年4月27日，馬寅初在北京大學大飯廳發表人口問題的演講。在講演中，馬寅初講述了幾年來調查研究的結果。這個演講稿經過加工整理，成為後來的《新人口論》發言稿。
起初毛澤東對馬寅初“控制人口”的主張表示讚賞。他說：“我們這個國家有這麼多的人，這是世界上各國都沒有的。要提倡節育，要有計劃地生育。”1957年6月，馬寅初將《新人口論》作為一項提案，提交一屆人大四次會議，《人民日報》用整版篇幅全文刊載了《新人口論》，在國內外引起巨大反響。10月，毛澤東在黨的八屆三中全會上說：“抓人口問題恐怕也是三年試點，三年推廣，四年普遍實行。十年不搞，將來又增加到8億。”
隨著“大躍進”的發動，毛澤東在《介紹一個合作社》一文中說：“除了黨的領導之外，六億人口是一個決定的因素，人多議論多，熱氣高，幹勁大。”觀點發生了變化。
1957年，“反右派”風暴颳起，康生等人想利用運動將馬寅初打成“右派”。中央統戰部許滌新為此事請示周恩來，周恩來明確指出：馬寅初這個人有骨氣，有正義感，是愛國的，他是我國有名的經濟學家，國內外都有影響，不能劃為“右派”。馬寅初才得以倖免於難。但據許滌新在一篇序文中揭露，馬寅初仍被打入了“內定右派”的花名冊。
1958年7月，為了迎合“人多是好事”的觀點，康生公開點名批判馬寅初，向《新人口論》發難。1959年10月24日，他召集理論界和有關報刊負責人開會，佈置批判馬寅初，並指示說：“批判他的文章不一定多，分量要重，可以和他過去的理論聯絡起來批判。”還指示有關部門批判完了將馬寅初調出北京大學。接到康生指示後，《光明日報》從1959年11月至1960年1月，共發表了10篇批判文章，《新建設》發表了4篇批判文章，批判馬寅初的“資產階級學術思想”。
於是，一個批判“馬寅初反動思想”的運動在全國範圍內開展起來。據現在檔案資料統計，僅1958年下半年，《人民日報》等全國重要報刊發表的批判文章就達200多篇。馬寅初感到個人遭批判、受委屈事小，國家的前途命運事大。要求會見毛澤東、劉少奇、周恩來三位領導人中的任何一位。然而，他的這一懇請未被批准，沒有一個與他面談。只有毛澤東派人放出話來：“馬寅初先生不服輸，不投降，可以繼續寫文章，向我們作戰嘛！他是個很好的反面教員嘛！”馬寅初公開表露，“為了國家和真理，我不怕孤立，不怕批鬥，不怕冷水澆，不怕油鍋炸，不怕撤職坐牢，更不怕死……無論在什麼情況下，我都要堅持我的人口理論。”
1960年1月，馬寅初在《新建設》上發表了《重申我的請求》。文中說：“《光明日報》和《新建設》所發表的批判我的文章很多。不過，過去兩百多位先生所發表的意見都大同小異，新鮮的東西太少，不夠我學習。11月30日《光明日報》一篇文章說過去批判我的人已經把我駁得體無完膚了，既然是體無完膚，目的已經達到，現在何必再駁呢？但在我看來，不但沒有駁得‘體無完膚’，反而駁得‘心寬體胖’了。”“我個人被批判是小事，沒什麼，不過我想的是國家和民族的大事，我相信幾十年以後，事實會說明我是對的。”
康生看到這篇文章的小樣後，說：“這是猖狂進攻！他的問題已不是學術問題了，而是借學術為名，搞右派進攻。要對他進行徹底的揭發批判。”
《新建設》在發表馬寅初的文章時據此加了按語，說：“他的這篇文章和其他許多文章，資產階級謬論很多，必須進行討