其終始，實乖大法，衡其功罪，或可相償，可否懇請賜予矜全，曲為寬宥，當玄黃再造之日，延讀書種子之傳，俾光漢得以餘生著書贖罪。……謹此布聞，伏待後命。”
劉師培先是背叛革命，倒向清廷，後又襄助袁世凱稱帝，為時人不齒。蔡元培任北大校長後，力排眾議，聘請劉師培為中國文學門教授，講授中古文學、《左傳》、《三禮》、《尚書》和訓詁學等課程。
關於劉師培到北大任教一事，據與晚年陳獨秀來往密切的臺靜農說：“關於申叔之入北大教授，據我聽到的，還是陳獨秀先生的意思。當袁世凱垮臺後，獨秀去看他，借住在廟裡，身體羸弱，情形甚是狼狽。問他願不願教書，他表示教書可以，不過目前身體太壞，需要短期休養。於是獨秀跟蔡先生說，蔡先生也就同意了。”
劉師培變節後，黃侃對其十分鄙夷。劉師培加入“籌安會”，為袁世凱鼓吹帝制時，曾在北京召集學術界知名人士開會，動員黃侃等人擁戴袁稱帝。劉的話未說完，黃侃即起身嚴詞拒絕：“如是，請先生一身任之！”說完拂袖而去。但劉師培遠離政治，到北大教書後，在北大的黃侃對劉師培再執弟子之禮。章太炎在為黃侃撰寫的《黃季剛墓誌銘》中說道：“自師培附帝制，遂與絕，然重其說經有法，師培疾亟，又往執摯稱弟子。”
劉師培病故後，黃侃作《先師劉君小祥會奠文》悼念老師：“我歸武昌，未及辭別。曾不經時，遂成永訣。始聞凶信，以師表哀。……我滯幽都，數得相見，敬佩之深，改從北面。”後又作《始聞劉先生凶信，為位而哭，表哀以詩》也說：“拜辭既歉闕，聞信翻疑猶。”
【玉折】
1919年11月20日，劉師培因患肺結核，醫藥罔效，病逝於北京，年僅三十六歲。臨逝前，他派人把黃侃叫至病榻前，“十分吃力地在枕頭箱子裡找出一部手抄本遞到黃（侃）的手裡”，並囑咐道：“這是我畢生研究得來的音韻學秘本，今天送給你作為臨別紀念，望你繼承下來，然後把它再傳之後代。”
劉師培與妻子何震曾育有一女，不幸夭折，膝下荒涼，身後極為蕭條。陳獨秀在喪禮上致悼詞，總結劉師培一生功過，在場師生無不為之唏噓。陳獨秀最後引用康有為的詩句悼念劉師培：“曲徑危橋都歷遍，出來依舊一吟身”。
據說，劉師培的遺稿存放在黃侃處；又有說法稱，劉的遺稿由何震交給了劉文典。劉師培去世後，其主要著作由南桂馨、錢玄同等人蒐集整理，編成《劉申叔先生遺書》。
《劉申叔先生遺書》中並沒有收錄劉師培交給黃侃的遺稿。到1928年時，黃侃還承認自己藏有劉稿，但到1934年底便“茫無端緒”了。有研究者認為，此時可能與黃侃藏書遭竊有關。“一·二八”事變發生後，黃侃搬遷，倉促中裝了八卡車書，運到採石磯暫存，不料被當地居民盜出，當作廢紙賣了。有學者猜測，可能劉師培的遺稿也一同被竊。倘若如此，又是學術界一大憾事。
【評惜】
黃侃說起劉師培這位只比自己大一歲的老師時，無限慨嘆道：“真是天才，有清一代有三個天才，都是36歲就去世。前清有孔廣森，中間有戴望，晚清有劉申叔。可惜可惜。”
劉師培在北大所從事的文學史教學與研究活動，尤其是《中國中古文學史講義》的出版，起到了垂之後世的“典範”作用。有人評論說：“在現代中國學界，真正將‘文學史’作為一‘專門學問’來深入探討，而且其著述的影響歷久不衰者，此書很可能是第一部。”
劉師培魂歸道山後，蔡元培在《劉君申叔事略》中無限惋惜地說：“向使君委身學術，不為外緣所擾，以康強其身，而盡瘁於著述，其所成就，寧可限量？惜哉！”
有人說：劉師培在政治上屢次失足，其品行在生前已為人所不齒。而對他在學術上的貢獻，學界評價卻始終如一。
有人嘲弄劉師培一生是“在風雨飄搖的亂世中笑熬糨糊”，這鍋“糨糊”足夠他消化一萬年的了。亂世如狂流，人人好變，人人善變，不少人都在政治追求上反覆無常，區別只在有無高標，有無底線。劉師培善變，總是在汙泥濁水中輾轉其身，最終變得委瑣，變得齷齪，道德學術雙雙受損，遭人鄙棄，關鍵就是他一而再再而三地甘於墮落，根本沒想過要嚴守底線，大有越墮落越快樂的勁頭。
黃侃曾評價老師劉師培曰：“憂思傷其天年，流謗及於後世，貽人笑柄，至可痛惜！”王元化先生評曰：“世人詆訶，多出於道德上的責備，殊少思想上的探索。其實從激