自在地選擇自己要讀的著作。
從西方國度歸來，馬一浮開始認真總結及消化西學理論和西方文藝，與少年時代的遊學同伴謝無量一同隱居在江蘇鎮江焦山海西庵。他把塞萬提斯的名作《唐·吉訶德》翻譯成中文，題為《稽先生傳》，刊登在《獨立週報》上。
在國外的兩年，讓馬一浮逐漸認識到，西方思想並不能真正解決中國的問題，希望循著西學之路來解救中國，是行不通的。只有重興中國固有的學術傳統，以心性之學來轉移社會風氣，矯正人們的思想，才是正途。
1905年底，馬一浮到杭州，寄居在杭州西湖廣化寺。他天天到文瀾閣讀《四庫全書》。此期間，馬一浮3年足不出戶，潛心國學，盡讀文瀾閣所藏《四庫全書》。
1911年，馬一浮回國，他贊同孫中山領導的辛亥革命，常撰文宣傳西方進步思想。辛亥革命後，潛心研究學術，於古代哲學、文學、佛學，無不造詣精深，又精於書法，合章草、漢隸於一體，自成一家。
馬一浮青年時，與同鄉馬君武、馬敘倫遊，風華正茂，“各自負以天下為任”，然而不久後，馬一浮“即自匿陋巷，日與古人為伍，不屑於世務。”大約從1912年或1913年起至1937年抗日戰爭爆發之前，他一直在杭州，孑然一身，身居陋巷，潛心研究儒、釋、道等中國傳統文化。
馬一浮曾赴南洋考察，見到當地華僑以儒學為國教，不廢經學，兩相對照，感慨萬千，作《新加坡道南學堂記》。回國後，他愈發埋首國學，並開始涉及佛教。
馬一浮是一位第一流的詩人和書法家。他已出版的詩集有《蠲戲齋詩前集》、《避寇集》附《芳杜詞剩》、《蠲戲齋詩編年集》等，總稱之為《蠲戲齋詩集》。
豐子愷在其隨筆《陋巷》一文中，稱馬一浮為“今世的顏子（淵）”，在記述他1933年第三次去馬一浮居處訪問時的感受（第一次是在二十年前）說：“先生照舊孑然一身地隱居在那陋巷的老屋裡，兩眼照舊描著堅緻有力的線而炯炯發光，談笑聲照舊愉快。”
抗戰勝利後，馬一浮回到了杭州的陋巷，重新隱居林下，唯主持智林圖書館，繼續選刻古書。
解放後，馬一浮擔任過浙江省文史館館長、全國政協委員等職。但遵照周總理的指示，不以俗務打攪，讓他在杭州家中（花港蔣莊）安心著書立說，頤養天年。
1957年，周恩來陪同蘇聯領導人伏羅希洛夫訪問杭州，特意將他帶到蔣莊訪問馬一浮，並向他介紹說，“馬一浮先生是我國著名學者，是我國惟一的理學家。”會見中，伏羅希洛夫問馬一浮：“您在研究什麼？”馬一浮說：“讀書。”又問：“現在做什麼？”回答說：“讀書。”伏氏想請他出去走走，他又以“恕不奉陪”婉拒。
【學說】
馬一浮認為：“國學者，六藝之學也。”這裡的“六藝”是指詩、書、禮、樂、易、春秋，也就是“六經”。但馬一浮更喜歡用“六藝”這一名稱，因為它不僅是呆板地指六部經典，而是廣義地指六類或六個部門的文化學術或教化。他認為：“此（六藝）是孔子之教，吾國二千餘年來普遍承認，一切學術之原皆出於此，其餘都是六藝之支流。故六藝可以該攝諸學，諸學不能該攝六藝。”
馬一浮還認為，“六藝”也可統攝西來的一切學術。簡而言之，“自然科學可統於易，社會科學（或人文科學）可統於春秋”，“文學藝術統於詩樂，政治法律經濟統於書禮”。換一角度說，西方學術文化無非統攝於真、善、美三種價值，這也都包含於六藝之中。“詩書是至善，禮樂是至美，易春秋是至真。”總而言之，“全部人類之心靈，其所表現者不能離乎六藝也；全部人類之生活，其所演變者不能外乎六藝也”。
馬一浮推崇中國文化，他說：“今人捨棄自己無上之家珍而拾人之土苴緒餘以為寶，自居於下劣而奉西洋人為神聖，豈非至愚而可哀！”
馬一浮反覆聲說：“一切道術皆統攝於六藝，而六藝實統攝於一心，即是一心之全體大用也。”又說：“天下萬事萬物不能外於六藝，六藝之道不能外於自心”，“六藝之本，即是吾人自心所具之義理”。因此，在文化、學術上如果“不知反求自心之義理，終無入頭處”。
馬一浮認為，只要“天地一日不毀，此心一日不亡，六藝之道亦一日不絕。人類如欲拔出黑暗而趨光明之途，舍此無由也”。更說：“國家生命所繫，實繫於文化，而文化根本則在思想。”
馬一浮十分推崇《論語》一書。他認為，