頭城遺址上，架起了手頭僅有的幾門重型火炮，猛烈轟擊清軍聚集的街區。而南京城內的市民，雖然對招致這場飛來橫禍的明清兩軍都深感憤懣，但是相對於熟悉的大明官軍而言，還是留著難看髮辮的女真韃子更加討厭一些，因此一旦尋找到機會，便對這些韃子群起而攻之。
而在極端混亂的巷戰之中，即使是手拿磚塊棍棒的婦女兒童，也有了用武之地。甭管你的功夫再高，丟過來一塊磚頭也能撂倒，看似不起眼的磚塊和棍棒，在小巷裡抽冷子偷襲起來還是蠻有力道的。
於是，隨著大批明軍的陸續入城，還有南京市民的群起圍攻，皇太極麾下的四千清軍儘管竭力廝殺，但還是被一點點地擠到了南京城外。原本被清軍控制的各處南京城門，也是一座接一座地相繼易主。
儘管皇太極不顧自己身為皇帝之尊，捨生忘死地在南京街巷間帶隊搏殺，就連胯下的戰馬都被打翻了兩匹，腦袋和背後更是先後捱了兩個花盆、一塊磚頭和一記悶棍，外加小半鍋煮沸的開水，最終被打得頭破血流、昏迷過去，但這種身先士卒的英勇表現，依然無法挽回清軍及其東林黨同盟者的頹勢。在一天一夜的混戰之後，明軍先是用火炮轟開了洪武門，攻入皇城，奪回了皇宮這個關鍵據點。然後又繼續壓縮殘餘清軍的活動空間，一度將皇太極圍困在神策門附近。當清軍形勢最危急的時候，皇太極本人昏迷不醒，身邊只有不到一百個衛士，左右侍從都已經給他剃了光頭，換上僧衣，準備設法護送他化妝成和尚潛逃了。
然而，由於崇禎皇帝的水師力量相對單薄，無法切斷長江航路，導致之前已經集結在江北揚州的清軍，始終在源源不斷地渡江來援。而皇太極為了奪取江南也是發了狠，一口氣押上了大清帝國的幾乎全部賭本。除了留下多爾袞三兄弟的正白、鑲白兩旗兵馬，負責留守徐州和魯南的後方大本營之外，其餘六個旗的滿洲大兵，還有剩餘的漢軍旗、蒙軍旗等等，以及還肯聽話的各路漢地降兵，統統都被他拉到了江南這邊來！
就這樣，由於明軍沒能在短時間內殲滅皇太極的清軍先頭部隊，隨著一支又一支清軍從鎮江相繼趕到，南京的戰場形勢又漸漸地再一次開始了逆轉。一度形成的神策門包圍圈，又被後援清軍衝開，而皇太極也轉危為安。再接下來，從玄武湖、幕府山、到鐘山的明孝陵，都成了兩軍激烈拉鋸的戰場。
隨著速決戰的妄想破產，毫無章法的混亂戰鬥持續了一天又一天，一座又一座精美的寺廟或宅邸被燒成白地，明軍雖然依舊佔著上風，但始終無法取得全勝，甚至一直不能控制住整座南京城。
由於南京皇宮距離雙方反覆爭奪的戰場前線太近，而且已經在戰火中變得殘破不堪，崇禎帝只得在鐘山的明孝陵設立了御營，一邊祈禱朱元璋的在天之靈保佑自己，一邊繼續指揮這場漫長而艱苦的戰鬥。而皇太極則在幕府山腳下的燕子磯立下大營，對著八旗將士指天發誓，這一次不拿下南京就決不罷休！
需要注意的是，皇太極的清軍雖然是外來的客軍，但在江南這片地方也不是沒有支持者——就像尋死的人，如果一次自殺失敗，通常就沒有勇氣立即開始第二次自殺一樣。原本已經對局勢灰心絕望的東林黨人，看到清軍大舉南下，來找他們算賬的崇禎皇帝似乎未必能坐得上金鑾殿，於是又紛紛心思浮動起來。
其中，此次“借師助剿”的兩個主謀，首輔周延儒和他的學生張溥，一個在南京戰場為清軍指點地理、籌集糧秣，一個在鎮江渡口督促水師船隻，從江北的揚州轉運清軍兵馬。而其他一些還沒有跑遠的東林君子，也紛紛站了出來，雖然南京朝廷下屬的正規軍已經全垮了，但這些人憑著他們在地方上的影響力，還是很快組織起了一票烏合之眾，前來南京戰場上幫助“大清友邦”，順便到南京城裡搶點兒東西。
不過，東林黨固然是江南的地頭蛇，但如今的崇禎皇帝，同樣也不算是外來戶。
在發現這些滿口道德文章的東林君子，居然再一次重新整理了他們的下限，以至於不惜投靠韃子，也要跟自己這個正統天子作對到底之後，這位穿越版的崇禎皇帝陛下頓時暴跳如雷，於是一邊向湖廣和江西的後方催討援兵，一邊立刻召來已經投靠他的南京勳貴，還有倒戈歸順的地方官員，要他們發動鄉民，討伐東林逆黨，所獲財富女子儘可以自取之。結果，就很快導致了戰爭規模和戰爭範圍的急劇擴大化。
——江南的東林黨在這些年固然已經是搞得無父無君、目無朝綱，甚至像同時期的波蘭農莊主們一樣崇尚地主階級自由化。但崇禎皇帝代表的大明朝廷二百年正