01年，當時禮來公司（Eli Lilly）藉以一舉成名的抗抑鬱藥百憂解（Prozac）的專利到期了。同年，阿斯利康公司（AstraZeneca）失去了Prilosec的專利，這個治療胃痛的“紫色藥丸”在其頂峰時期曾給公司帶來每年高達60億美元的收入。百時美施貴寶公司失去了它最暢銷的抗糖尿病藥物格華止（Glucophage）的專利權。近幾年內，會有多種藥物專利期滿，這種現象非同尋常。對製藥業而言，這意味著巨大的損失；對個別公司而言，可能是滅頂之災。2002年，先靈葆雅公司的暢銷抗過敏藥克拉瑞汀（Claritin）專利權到期之時，該藥物的收入佔整個公司收入的三分之一。克拉瑞汀現在作為非處方藥，價格大大降低。迄今為止，該公司仍無法彌補這個損失，它正試圖讓克拉瑞汀的使用者去使用Clarinex——這種藥與克拉瑞汀本質上完全一樣，只不過仍然可以享受專利罷了。
更糟的是，當暢銷藥物專利期滿之後，流水線上幾乎沒有別的藥物可以取代它們。這正是製藥業現在面臨的最大問題，也是它最不為人知的秘密。對公眾宣揚的所有創新只不過是為了掩蓋這個事實。新藥已經根本接不上趟，而且就算是新藥也根本沒有絲毫創新之處。相反，絕大多數是對舊的暢銷藥的改造——模仿性創新藥。製藥公司將生產線進行整合，或是對同種藥物進行共同推銷，同時不斷地從政府、大學和生物科技公司那裡攫取獲得專利的新藥。但是這些源頭本身也面臨著推出新藥的困難。
2002年，FDA批准的78種新藥中，只有17種包含了新的有效成分，並且只有7種被FDA認為是對舊藥有所改進的。剩下的71種新藥僅僅是舊藥的改造，並且與已上市的舊藥相比，療效不會更好。換句話說，它們是模仿性創新藥。78∶7的比例可不算高。此外，這7種中沒有一種是美國大型製藥公司研發出來的。
失去支援
有史以來第一次，這個行業巨人感到了自身面臨著嚴重困難。就像該行業的一個發言人聲稱的那樣，它正面臨“一場完美風暴”。自然，其利潤仍比其他行業高出許多，但是近來確實有所下降，並且對某些公司來說利潤下降非常之大。這對投資者而言是至關重要的。華爾街並不關心你今天的利潤有多高，它只看你明天的利潤會有多高。一些公司的股價已經直線下跌。不過，製藥業仍在不斷吹噓其光輝燦爛的明天。它寄希望於人類基因組圖譜的繪製以及遺傳學研究的突破能夠催生出大量重要的新藥。不用說，大型製藥公司的創新依賴於政府、大學和小型生物科技公司。這樣的預言聽起來就像是塞謬爾·貝克特的荒誕劇《等待戈多》一樣，兩個男人坐等著某事的發生，不斷地告訴對方下一分鐘事情就會發生了。儘管我們承認遺傳學上的發現會對治療產生影響，但事實上，從基礎研究到製成新藥期間要經過許多年。與此同時，大型製藥公司曾經堅固的基石正在動搖。
隨著麻煩不斷出現以及公眾對高價藥物不滿情緒的高漲，華盛頓對製藥業的堅定支援開始動搖。2000年，議會透過法案彌補了《哈奇—維克斯曼法案》的一些漏洞，並且允許美國的藥店和個人從幾個藥價較低的指定國家進口藥物。特別是，它們可以從加拿大回購那些出口到那裡的、FDA批准的藥物。“再進口”美國市場上已有的藥物，這聽起來十分愚蠢，但是，即使加上運輸成本，這樣做也比在美國本土買藥便宜。但是，該法案要求美國衛生與公共事業部（Health and Human Services，簡稱HHS）部長證明這一行為不會給公眾帶來“額外的風險”，而克林頓政府和布什政府的部長們在製藥業施加的壓力之下，都拒絕做出這樣的宣告。2003年，白宮提交了一項草案，其中不包括上述規定，有很多保守的共和黨人都支援這項草案。眾議院議員丹·伯頓［Dan Burton（R…Ind。）］指出他的妻子每個月治療乳腺癌需要花360美元的藥費，而同樣的藥物在德國只需要60美元，他告訴《紐約時報》，“每一個美國婦女都有權對美國的製藥業憎惡萬分，你可以在報紙上引用我說的話。”但是，該項法案並沒有在參議院上獲得透過。
製藥業還時不時地受到政府的調查以及遭遇民事和刑事訴訟。被控的內容包括非法對公共醫療補助和醫療保險收取更高價格、給醫生回扣、參與到反競爭活動中、與其他公司共謀阻止通用名藥物上市、非法鼓勵藥物的不正當用途、在廣告中誤導消費者以及藏匿證據。有些處罰決定十分嚴厲。例如，製藥