衙役，又在江寧（南京）一帶行醫。嘉慶十一年，回到京城大興老家，由姐夫的介紹加入京畿的榮華會。在不短的時期內，林清的遭遇十分坎坷。在長期的生活磨難中，由於他飽嘗了無數的艱辛、歧視和逼勒，耳聞目睹了社會吏治的腐敗，民不聊生的情景。因此，在榮華會中，幹得格外賣力。
林清親自走街串戶，以行醫治病為名進行傳教活動，向人宣傳學說，只要加入榮華會，就可以做到柴米不缺。他待教徒和藹可親，每當看到有誰不對的地方，都抱著善意的態度予以指出，直到對方點頭承認錯誤為止，從不大聲訓斥，因此很快地贏得了廣大教徒的愛戴。
嘉慶十六年，正當嘉慶帝得意地進行西巡的時候，林清先後三次南下，在河南滑縣會見了九宮教首領李文成、離卦教首領馮克善，商討了成立雙方聯合的重大問題。由於林清的徒弟牛亮臣的積極撮合，很快在七月，三個人在河南道口召開會議，定名為天理教，著手準備起義。他們建立了天理教的最高領導層，決定“八卦、九宮、林、李共掌”；林清為“天皇”、馮克善為“地皇”、李文成為“人皇”，起義勝利時，“約分土地，林取直隸，李得河南，馮割山東”。
早在嘉慶十六年八月，“慧星出現在西水方”。當即，欽天監上奏嘉慶帝稱，慧星出在西北方，將是主兵之象，須得先為防備，方可消弭災禍，可是嘉慶帝向來對所謂的星相之說從不相信。要不是皇后再三勸說，嘉慶帝說不定能把個欽天官給免了職，平白無故地擾亂民心嗎？再說，當時，嘉慶帝剛剛西巡迴來不久，又無他礙，河事出奇地安靜下來，大江大河都馴服得像個綿羊，哪裡能有災兵之說？皇后鈕祜祿氏可是一門心思地相信，再說西巡五臺山的豔遇時，皇后也給了很大的寬容，遂聽了皇后的話，問欽天監，此象應在哪年哪月，要如何防備的法子？欽天監又查核一遍再次奏道：“在嘉慶十八年時的閏八月。避之辦法有，可將該年的閏八月，改為次年閏二月，就可以免卻兵災了。”嘉慶帝當即准奏，又裝模作樣地下了一道諭詔召示天下百官都要各自修省，免遭天譴。在匆匆之間，兩年已過，眼看看將到八月，遠在避暑山莊的嘉慶帝此時正躺在溫柔的夢鄉里呢。
實際上，林清、李文成、馮克善等，也抓住了這一星象，為起義編造“天意”的依據。當時，李文成說：“星射紫微垣，主兵象。應在西之年、戌之月，寅之日、午之時，約定舉大事必成。”
按照推算，應定於嘉慶十八年九月十五日午時起義。這一起義的時間，旋即被十七年正月在滑縣道口鎮的各地散首秘密會議被確定，分頭準備。十七年十二月，李文成親赴直隸大興縣黃村會見林清，約定好，時間一到，林清在京城這邊動手，那邊李文成準時在滑縣舉行。
一場起義的風暴就要到來了。
林清在來皇宮之前就已經驚嚇得出了一身冷汗，仗著對北京的地形熟悉，他再一次逃脫了官兵的追捕。這樣的事對於林清來說已有過二次了。當然不包括林清上元節遇到大順那次。
一次，林清獨自一人趕往紫禁城，尋找基化門的太監劉得財。劉得財是最早拜林清為師入教的一名太監。當時，走在熙熙攘攘的人流中，林清正在急急趕路時，冷不防衚衕裡的一陣大風掀起了林清的玄黑色的前襟，露出了掛在腰間的天理教壩卦腰牌，為眾多行人所見。林清哪裡注意到這一點呢？他正在盤算著劉得財是不是又多拉幾位內廷太監加入天理教，正在想著，應該在第一次給那些教徒們講什麼教理？也擔心劉得財吸引的教徒是否都可靠呢？
忽然，後面一陣急踏的腳步聲向自己緊逼過來。林清一驚，猛地一甩頭望見九門副提督塔思脫率領兵丁朝自己悄悄地靠近。他是何等的機靈，一溜煙似地擠進一家店鋪，順著後牆竄上了天窗，飛也似地逃去。不料，正疾步如飛的林清發覺四下裡全是兵丁。情急之下，竄房簷，逾牆頭一下子消失在紫禁城裡。幸虧天色已晚，就著暮色，他跳進了皇宮，躲在劉得財的屋裡一天一夜沒敢露頭。
再一次，林清與幾位教徒，其中的一位在京城裡開了一個酒館，名為“一品香”。林清的到來使教徒們激動不已，撿了個臨窗僻靜的雅座坐下來喝酒，酒過三巡，菜過五味。林清應承不了教徒們的奉勸，不由得多喝了幾杯，在大講一番天理教教義後，一個不留神，說出了天理教準備在九月動手的訊息，驚駭得教徒們忙著去關窗戶，忙著去下樓探視。幾個教徒剛下樓，就被腰掛寶刀的御林軍給堵了上來。原來這幾位御林軍就在樓下小酌，樓上的喧譁聲不時飄進耳朵，他們警覺起來，耳中模糊地