1941年2月，在歐洲戰事對蘇聯的威脅日益加劇的形勢下，蘇聯秘密情報機構在組織結構上又一次發生了變化。國家安全總局再一次從內務人民委員會中分離出來，改名稱為國家安全人民委員會，與內務人民委員會平行分成兩個部，獨立開展工作。但是到了這一年的7月，內務人民委員會和國家安全人民委員會又合併在一起。無論是分，還是合，把持這兩個特別部門最高領導權的核心人物始終是受到斯大林高度信任的貝利亞。然而，促使這次蘇聯政治秘密警察系統再次改組的主要原因，除了迫在眉睫的戰爭以外，以前國家安全總局所管轄的工作過多、過雜也是原因之一。
40年代初，內務人民委員會透過國家安全域性對蘇聯國內的許多重要工業部門實現了相當程度的控制。因為，在這一時期的蘇聯經濟發展政策中，優先進行重點建設的許多大型軍事工業、能源工業和礦藏開發大都分佈在烏拉爾以東的廣大西伯利亞地區，由於這裡是俄羅斯歷史上傳統的流放地，蘇維埃政權建立以來，每次肅反和清洗運動之後，都有大批犯人被遣送到這裡來，從事各種艱苦條件下的工作。對這一大批犯人的看押和管理，從契卡時期起就一直由蘇維埃的特設機構負責。然而，到了這個時期，這一部分與秘密情報工作幾乎毫不相干的任務，越來越繁重地壓在國家安全總局的工作人員和機構的身上，這不僅大大分散了蘇聯國家主要秘密情報機構從事主要工作的精力，而且對內與對外、秘密與公開幾種重要職能的相互混雜，也觸犯了秘密情報工作的大忌。
通往克格勃之路（4）
儘管如此，衛國戰爭時期的蘇聯秘密情報機關在貝利亞的主持之下依然享有極大的權力，其工作所涉及的領域，早已超過了一般國家同等部門的範圍。自1923年蘇維埃社會主義共和國聯盟成立以來，各加盟共和國與中央、與俄羅斯，及至相互之間的關係並非十分鞏固。1941年，德國法西斯入侵以後，各個以非俄羅斯民族為主體的加盟共和國及其各地的非俄羅斯少數民族與蘇聯中央政府以及俄羅斯之間的裂痕被擴大了，一些蘇聯版圖上的小民族出於從沙皇時期起就對俄羅斯人產生的積怨，對德國人的到來並沒有表現出明顯的反感，而且個別地方的少數民族還與德國人建立的傀儡政權實現了“某種程度上的愉快合作”。這種行為自然大大地觸怒了斯大林。結果，在衛國戰爭結束以前，蘇聯內務人民委員會被授權對分別生活在伏爾加河下游地區的卡爾梅克人、生活在西伯利亞地區的朝鮮人和生活在南高加索地區的車臣——印古什人進行了大規模的強制性遷徙。儘管到後來的蘇聯“政治解凍”的時期，這些少數民族都陸續遷回了原來的聚居地，但是，這種民族敵視和民族消滅政策推行的結果，使蘇聯各民族之間，尤其是各少數民族與俄羅斯人之間的心理隔閡，卻再也難以消除，而且愈演愈烈。
為克格勃鋪上最後一塊磚
1941年衛國戰爭爆發之後，蘇聯秘密警察機關和間諜情報組織的工作重點全部轉向了為戰爭的勝利服務。一開始，這一系列工作的最高領導機關都交由內務人民委員會的國家安全總局和總參謀部的情報總局負責。在戰爭時期，針對敵人在蘇聯境內的各種秘密情報和顛覆活動，在貝利亞的支援下還專門成立了一個特別部門——“消滅間諜局”，具體負責對內偵察和對外防止外國間諜組織的滲透與顛覆，對外則一方面負責對敵後進行偵察和破壞，另一方面還負責向敵對國家派出間諜蒐集情報。由於“消滅間諜局”成立的內部背景和戰爭時期特殊的要求，這個組織的所有工作自然帶有濃厚的軍事色彩，並且享有著很大的權力。在衛國戰爭中，“消滅間諜局”在蘇聯軍隊各戰線和方面軍中都設立了派出機構和特派人員，在後方和敵後也活躍著無數為它工作的組織和小分隊。
1942年，“消滅間諜局”的職權經過了進一步分離之後，正式交由最高蘇維埃內務人民委員會國家安全總局領導。這樣，在內務人民委員會的總體指導之下，國家安全總局責成“消滅間諜局”承擔以下幾個方面的職責：
1、深入敵後，組織當地分散的蘇聯軍隊和游擊隊對德軍的指揮、通訊、後勤補給等要害設施進行破壞、干擾行動；調查當地在德偽政權中為敵人效力的蘇聯人，對其中罪惡極大和已經對蘇聯人民構成危害的適時予以處決；消除當前或戰後的隱患，偵察並破壞德軍在當地建立的諜報網。
2、在後方嚴查敵方派遣的間諜和為敵方服務的通敵分子；及時發現敵人空投的傘兵和進行秘密滲透破壞的小股部隊；嚴厲查處逃往後方